39集團軍前身是紅25軍1935年9月長征到達陝北後與陝北紅26、27軍軍組成紅15軍團。1937年8月改編為八路軍第115師344旅。
1939 年9月擴編為八路軍第2縱隊。1940年6月後開赴蘇北，與新四軍第6支隊等合併，先後改稱八路軍第4、第5縱隊。
1941年1月"皖南事變"後重建新四 軍，第5縱隊被改編為新四軍第3師。
1945年11月第3師開赴東北，1945年9月改編為東北民主聯軍第2縱隊，司令員劉震，政委吳法憲，下轄第4(原 第8旅)、第5(原第10旅，即第344旅)、第6師(原獨立旅)。
1948年11月改編為解放軍第39軍，軍長劉震，政委吳信泉，下轄第115、第 116、第117師。
1984年，陸軍第39軍正式改編為陸軍機械化第39集團軍，轄步兵第115師，第117師，步兵第116師改編為機械化步兵師，並編入坦克第3師、炮兵旅(原炮兵第7師)和高炮旅，並繼第38集團軍之後於1988年3月第二個組建陸軍集團軍直升機大隊。
原屬第39集團軍的步兵第117師於1996年改為直屬武警總部的機動師。
1998年後，坦克第6師與高炮旅分別改編為裝甲師和防空旅，直升機大隊擴編為陸航團。
原屬第64集團軍的步兵第190師改屬第39集團軍建制。
2003年，190師改編為機步第 190旅。
陸軍第39集團軍下轄：軍直部隊： 軍直通信團：軍直工兵團：軍直防化團：陸軍航空兵第9團特種兵大隊裝甲第3師 裝甲9團裝甲10團裝甲12團炮兵團機械化步兵第116師(駐遼寧大石橋) 346團：347團：裝甲團炮兵團高炮團摩托化步兵第115師(駐遼寧蓋州) 343團：345團：裝甲團炮兵團高炮團機械化步兵第190旅(駐遼寧本溪)炮兵旅防空旅(駐遼寧撫順)。
