9月16日，哈爾濱工程大學官網發佈訃告稱：中國共產黨優秀黨員，久經考驗的、忠誠的共產主義戰士，原哈爾濱船舶工程學院院長，哈爾濱工程大學終身榮譽教授鄧三瑞同志，因病醫治無效，於2020年9月15日下午13時30分不幸逝世，享年91歲。
鄧三瑞的遺體告別儀式定於2020年9月17日早7時在東華苑二樓德政廳舉行。
公開資料顯示，鄧三瑞生於1929年10月19日，湖南寧遠縣人，漢族，1951年1月參加工作，1953年12月加入中國共產黨，1998年9月退休。他先後在中國人民解放軍軍事工程學院、哈爾濱船舶工程學院、哈爾濱工程大學工作，歷任助教、講師、副教授、教授，歷任中國人民解放軍軍事工程學院海軍工程系造船科教研室主任，哈爾濱船舶工程學院副院長、院長。
鄧三瑞曾任國務院學位委員會第一、第二屆學科評議組成員，中國造船工程學會第三屆理事，黑龍江省造船工程學會第三屆理事長，曾擔任黑龍江省第七屆人民代表大會常務委員會委員、黑龍江省科技經濟顧問委員會主任。
訃告稱，鄧三瑞淡泊明志、寧靜致遠、不計名利、兩袖清風，是深受教職工愛戴的好領導，深受師生愛戴的“大先生”。他長期從事船海領域高層次人才培養和海軍艦船研製工作，先後承擔潛艇結構、潛艇設計學、系統工程等課程的教學工作，為國家培養了許多船舶工程、海洋工程、系統工程等方面的專業技術人才。
鄧三瑞學術造詣精深，知識淵博，講起課來旁徵博引，妙趣橫生。他的“教師應當是火花，應當是春風”思想影響至深，他的教學理念廣受推崇，1995年獲全國優秀教師榮譽稱號，2005年被授予哈爾濱工程大學“終身榮譽教授”。
據哈爾濱工程大學官網介紹，作為中國共產黨培養的優秀科學家，鄧三瑞一生“為船、為海、為國防”，主持、參與了若干船海領域的“共和國第一”，被譽為“中國潛艇之父”。1956年，他參與制定了全國科技十二年發展規劃的潛艇規劃；1958年，領導主持新中國第一艘試驗潛艇的設計與研製；1959年，領導主持我國潛艇首次自行設計的技術設計工作，其後擔任我國第一艘核潛艇設計總體顧問，是我國潛艇事業的先行者。
由鄧三瑞作為總負責人研製成功的我國第一艘實驗潛艇。該艇長15米、重約30噸，1959年底在旅順海試成功。
20世紀70年代，鄧三瑞轉入海軍系統工程研究，著有《系統工程與控制導論》等著作；1984年，被聯合國聘為海軍軍備競賽研究專家組專家，進行全球海軍軍備競賽諮詢研究，他憑藉高超的學識和學術水平，與人合著的《海軍軍備競賽》一書1985年由聯合國出版，為這項研究做出的貢獻受到聯合國的讚譽，獲得的報酬為哈船院購買大量原版的海軍和船舶工業方面的專業書籍，餘下的5000美元都悉數交給了學校；20世紀90年代初，他開闢了軍用智能水下機器人研究方向，領導主持了我國第一台軍用智能水下機器人的研製工作，是我國軍用智能水下機器人的開創者。
2017年，83級校友畢業30週年返校，83－712班校友向母校捐贈陳賡院長和鄧三瑞教授的肖像畫，鄧三瑞上台接受捐贈。
哈爾濱工程大學坐落黑龍江省哈爾濱市，學校前身是創建於1953年的中國人民解放軍軍事工程學院（簡稱“哈軍工”）。1970年，以海軍工程系全建制及其他系（部）部分幹部教師為基礎，在“哈軍工”原址組建哈爾濱船舶工程學院。1994年，更名為哈爾濱工程大學。學校先後隸屬於第六機械工業部、中國船舶工業總公司、國防科工委，現隸屬於工業和信息化部，是工業和信息化部、教育部、黑龍江省、哈爾濱市共建高校。