股權轉讓業務，涉及的税種是印花税和所得税，其中，個人股東轉讓繳納個人所得税，企業股東轉讓繳納企業所得税。
在股權轉讓業務中，印花税由於金額不大，也沒什麼籌劃的空間，大家一般不太在意。通常來説，轉讓方會特別關注如何降低或延遲繳納所得税。常見的股權轉讓都是圍繞着所得税來進行籌劃的。籌劃的方法主要有以下幾種：
滿足上述條件下的企業股東股權轉讓，轉讓方可以適用特殊性税務處理，暫不繳納企業所得税。
財税[2014]109號《關於促進企業重組有關企業所得税處理問題的通知》規定：“三、關於股權、資產劃轉。對100%直接控制的居民企業之間，以及受同一或相同多家居民企業100%直接控制的居民企業之間按賬面淨值劃轉股權或資產，凡具有合理商業目的、不以減少、免除或者推遲繳納税款為主要目的，股權或資產劃轉後連續12個月內不改變被劃轉股權或資產原來實質性經營活動，且劃出方企業和劃入方企業均未在會計上確認損益的，可以選擇按以下規定進行特殊性税務處理：
1、劃出方企業和劃入方企業均不確認所得。
2、劃入方企業取得被劃轉股權或資產的計税基礎，以被劃轉股權或資產的原賬面淨值確定。
3、劃入方企業取得的被劃轉資產，應按其原賬面淨值計算折舊扣除”。
如果股權轉讓雙方滿足文件中規定的前提條件，劃轉股權可以適用特殊性税務處理，暫不繳納企業所得税。
企業股東再轉讓股權之前，可首先將目標公司的盈餘公積轉增為股本，轉增行為無需繳納企業所得税。另外將未分配利潤予以分配，也不需要繳税。
政策依據：《中華人民共和國企業所得税法》第二十六條規定，“企業的下列收入為免税收入：（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益”。
經過上述操作後再轉讓股權，可以降低股權轉讓價款，降低税負。
《關於企業所得税若干問題的公告》（國家税務總局公告2011年第34號）規定，“五、 投資企業撤回或減少投資的税務處理 投資企業從被投資企業撤回或減少投資，其取得的資產中，相當於初始出資的部分，應確認為投資收回；相當於被投資企業累計未分配利潤和累計盈餘公積按減少實收資本比例計算的部分，應確認為股息所得；其餘部分確認為投資資產轉讓所得”。
轉讓方減資收回投資中，相當於初始出資、盈餘公積和未分配利潤的部分都無需繳納企業所得税。但此方案的缺點是公司法對於減資有嚴格要求，程序比較繁複。
《國家税務總局關於貫徹落實企業所得税法若干税收問題的通知》第三條規定，“ 企業轉讓股權收入，應於轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本後，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額”。
轉讓方完成股權變更手續才確認收入實現，所以對於分期支付股權轉讓價款的情況，可以約定付清大部分價款後再辦理股權變更手續，以實現延遲繳納所得税。
為了招商引資，發展中西部地區的經濟，國家及地方層面都出台了一系列的區域性税收優惠政策，多數經濟開發區都出台了財政返還政策。企業提前搭建持股平台，將持股平台註冊至具有區域性税收優惠政策的地點，轉讓持股平台的股權或份額以實現對目標公司股權的轉讓，可以有效降低税負。
《股權轉讓所得個人所得税管理辦法（試行）》（國家税務總局公告2014 年第 67 號）第十三條規定，“符合下列條件之一的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
1.能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
2.繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關係證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
3.相關法律、政府文件或企業章程規定，並有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
4.股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形”。
比如，企業因政策原因被政府要求關停並轉，相關轉讓方可以借用上述第一條進行籌劃；對於家族企業內部股份轉讓則可以通過第二條進行籌劃；尤其值得關注的是第三條，具有很大的籌劃空間，可以通過修改公司章程、相關協議進行“內部”低價轉讓；第四條則賦予了税務機關很大的自由裁量權，也為部分企業提供了一定的籌劃空間。需要提醒的是，該籌劃方法的運用，依然面臨實質課税被納税調整的風險。
67號文第十一條規定了核定股權轉讓收入的四種情形，並明確了核定的具體三種方法；對於轉讓股權原值，第十七條規定：“個人轉讓股權未提供完整、準確的股權原值憑證，不能正確計算股權原值的，由主管税務機關核定其股權原值。”
但是，對於核定方法，沒有給出具體的規定，實際上是把權限給了各地税務機關，從之前的各地實踐來看，比如，陝西省税務機關會結合驗資報告、銀行詢證函、銀行存款日記賬、實收資本(股本)賬面記錄、公司章程、等進行審核對比以核定原值，海南省按申報的股權轉讓收入的一定比例（15%）核定計税成本。
因此，對於部分近年來迅猛發展的行業而言（如房地產等），如果按照上述方式進行核定的成本大於實際成本，可以適用這一方法進行税務籌劃，以降低應納税所得額。然而，由於核定適用情形通常是在會計賬冊、相關計税憑證不完整的情形下，被轉讓股權公司面臨相關會計制度、税收徵管法處罰的風險。
上述只是一些常見的籌劃手段，實踐中還有很多更為複雜的方法。總的來説，企業進行税收籌劃一定要有法可依，儘量符合税收優惠條件或政策不夠明朗的區間。而不能採取陰陽合同，虛假申報的方式，這就屬於偷税而非籌劃，最終是得不償失。