北交所的設立進一步完善了中國多層次資本市場，而作為重要中介機構的券商除了在業務端着力推進有關工作外，在投資端也着手提前佈局新三板公司。
粵開證券研究院策略組負責人陳夢潔向《證券日報》記者表示：“從近期不少掛牌公司的公告中看到明星投資機構的參與身影，機構提前進場‘掘金’北交所。未來具有特色的企業以及轉板預期較高的企業或將更受機構投資者青睞。”
當前，券商從一級、二級市場全方位佈局新三板。Wind資訊數據顯示，自北交所成立官宣以來，已有18家券商現身20家新三板掛牌公司新股配售對象名單（包括定增），累計獲配1679.88萬股。其中，江海證券在僅僅兩個多月的時間裏，就參與了9家新三板公司的新股配售（全部為戰略投資者），累計獲配433.36萬股，投入金額達4806.74萬元。
此外，聖兆藥物同時吸引了東北證券、紅塔證券、湘財證券、首創證券、太平洋證券5家券商參與認購股份；明遠創意同時吸引了中山證券、首創證券、民生證券、開源證券4家券商參與認購股份。
記者注意到，在新股配售名單中，目前江海證券、首創證券、開源證券、安信證券等中小券商參與新三板公司佈局尤為積極，而大型券商目前僅有中信證券、廣發證券參與。
從機構持股看，在新三板精選層掛牌公司中，截至三季度末共有23家前十大流通股股東名單中出現券商身影，合計持有6124.95萬股，持倉市值約為21.79億元。其中，中金公司新進持有連城數控805萬股，持倉市值約9.5億元，併成為其第三大流通股東及第六大股東。而觀典防務、長虹能源均同時吸引了4家券商重倉持有。
當前，券商資管也正在積極佈局投向新三板產品。Wind資訊數據顯示，在目前有淨值數據的93只與新三板相關的券商集合理財產品（投資範圍為新三板股票或部分為新三板股票）中，僅今年以來新成立集合理財產品就高達25只。從業績表現方面來看，93只產品成立以來的平均收益率為9.71%，有12只產品收益率均超50%，其中3只產品收益率均超100%。
北交所或將為機構投資者帶來跨層次的投資機會。申萬宏源研究所首席市場專家桂浩明在接受《證券日報》記者採訪時表示：“北交所成立剛好補齊了多層次資本市場短板，更好地為中小企業服務。未來，各交易所的發展各有側重。而北交所將起到承上啓下的作用，且鋪平‘基礎層-創新層-北交所’層層遞進的發展路徑意義重大。”
同時，陳夢潔向記者表示：“北交所總體平移精選層各項基礎制度，以市值為核心，圍繞盈利能力、成長性、市場認可度、研發能力等設定了四套進入條件，我們認為與專業化、精細化、特色化、新穎化的要求有異曲同工之處。新三板精選層企業將成為北交所第一批上市公司，從目前精選層企業行業分佈來看，主要集中在工業、信息技術、材料、醫療保健四個行業，部分企業處於細分領域龍頭地位。因此北交所設立後，新三板精選層法律地位將顯著提升，獲得機構投資者的青睞。”