《神奇動物：鄧布利多之謎》於4月15日在北美上映，首週末票房數據十分慘淡，粗報為4300萬美元，這一數據遠低於前作《神奇動物：格林德沃之罪》的首映表現，為三部“神奇動物”系列電影最低（前兩部北美開畫成績依次為7400萬和6200萬）。
海外票房方面，週末再攬7170萬美元，其中表現好的海外大票倉包括德國1710萬美元、日本1690萬、英國1670萬、中國內地1470萬等。助力影片全球累計票房達1.934億美元。
報道稱，該片耗資2億美元拍攝，但口碑和票房均不敵前作，能否收回成本成了華納頭疼的問題。而此前也有消息稱，華納對這個IP的未來前景不太看好，因新作表現不佳、吸金能力下降，以及約翰尼·德普、J·K·羅琳、埃茲拉·米勒的各種問題狀況，華納或將提前終結《神奇動物》系列。