洪武朝堪稱中國歷史上遍設學校之始，興學系元璋一大善政。但元璋只希望造就為己所用之工具，對學生設禁甚多，不但不許議論所謂軍國大事，更規定“生員不得擅入廚房，議論飲食美惡”，敢有犯者，杖擊並充軍。
國子監第一任祭酒(相當於大學校長)宋訥對學生單靠嚴厲立威，伙食很差，學生竟有餓死者。一個叫趙麟的學生受不了虐待，在學校裏貼出一張壁報抗議。按照校規，這是“毀辱師長罪”，應該打一百大板充軍，但元璋卻認為學生向師長抗議，此風不可長，竟法外用刑，把趙殺了，並在學校前立了一根長竿，懸其頭以示眾。
這根血淋淋的竿子一直豎在那兒，居然要等到明史上以荒淫出名的明武宗出場，才被下令撤去。史籍上説，明武宗南巡，到了南京的國子監，看見這竿子感到奇怪，説這是做什麼用的呢?教員回答是掛學生腦袋的，武宗大不以為然，説了一句很樸實的“名言”：學校豈是刑場!撤掉吧。這根血淋淋的竿子一共豎了126年。
把科舉考試的內容限定在幾部經書之內，宋朝王安石是始作俑者。朱元璋的“創造”在於，他和文臣們一起，把科舉考試的文體格式僵硬地固定了下來，文章怎麼起頭，怎麼轉折，怎麼結尾，都必須一絲不苟。這樣一來，文章立意早已是聖賢的，格式又是統一的，逼迫天下讀書人把才思浪費在“八股”這個螺絲殼中，只能在螺絲殼中看誰的道場做得漂亮，徒然耗費青春。
秦始皇怕讀書人厚古薄今，非議朝政，焚書坑儒，唐太宗實行科舉，看到應舉人很多，高興地説，“天下英雄入吾彀中矣”，元璋更進一步，把讀書人限制在八股中，其辦法是唐太宗的“英雄入彀之術”，其用意則是秦始皇的“焚書坑儒之心”。
南北文化水平不一，科考錄取者中南人居多，洪武三十年也不例外。北人不滿，元璋下令徹查的結果證明並無舞弊，這時又有人造謠，説複查者故意把北人中不好的卷子給皇帝看，元璋大怒，立即將複查的多個官員賜死，同時他親自考試，重新選拔了61人，均為北人。“時謂之南北榜”。西方學者所撰的《劍橋中國明代史》在敍述這一冤案時直截了當地評價説：“這種種事件表明了一個人長期患偏執狂後會是什麼心理狀態。”