隨着魚齡的增大，魚腦和魚皮中蓄積的汞就越多，體內汞含量輕微超標，對成人的危害並不明顯，但能破壞胎兒和兒童的神經系統和認知行為，影響智力，所以，孕婦、兒童和備孕女性一定要注意減少汞攝入。
富含卵磷脂的魚子由於膽固醇較高，“三高”人羣最好少吃。此外，由於魚子外有一層膜，常會“穿腸而過”，營養並不容易被消化吸收。
在所有的烹調方法中，蒸最為健康，烹調温度較低且用油少，能很好地保護魚肉中絕大部分營養不被破壞；煮或燉，魚中的有一部分營養可能會流失於湯水中；燒烤的温度較高，容易產生有害物質，並且烤魚的用油量也不少，破壞了魚低脂的健康特色；油炸含油量更高，對魚營養破壞更大。