張騫開通西域以來，兩漢在此經營數百年，有很多駐軍和屯墾的漢人在西域紮下了根，並不斷繁衍壯大。隨着漢朝的衰微，這些漢人漸漸聚集到西域最適合農耕的高昌國，今天的吐魯番高昌區。
吐魯番的海拔低、灌溉豐富、土地肥沃，能夠出產足夠的糧食，既控制着絲綢之路，又距離河西走廊較近，能夠得到中原王朝的援助，因而成為漢人在西域最後的據點。
西晉滅亡後，中原進入五胡十六國的混戰局面，河西走廊也自立為多個“涼”政權。高昌是涼政權的後方，也是他們的避難所，河西走廊失守後，他們都會逃到高昌暫時蟄伏。
公元460年，鮮卑人建立的北魏基本統一北中國，柔然代替鮮卑成為塞外大漠的主人。北魏多次與柔然激戰，終於在花木蘭等眾將士的努力下，打敗柔然，迫使其踏上西遷的征程。
路過西域時，柔然順手滅了殘存在高昌的北涼政權，然後扶立闞伯周為高昌王，協助柔然統治此地的漢民。闞伯周原先是高昌的郡守，在當地有不小的勢力，被北涼政權迫害，不得不投靠了柔然。
中原板蕩，根本無力西顧，高昌的漢民只有依靠自己的力量，才能在這片胡族遍佈的土地上生存下來。闞伯周向柔然稱臣納貢，換取高昌的一方平安，漢民才得以延續自己的文化和風俗。從一點上講，闞伯周對高昌漢民有再造之恩。
但是，高昌的穩定和安樂只維持了二十多年，闞伯周死後，高車汗國打敗柔然，控制了高昌。他們也扶植了一個漢人大族張孟明為王，作為自己的傀儡和代理。
高昌人對張孟明的統治很不滿，沒幾年就把他殺了，重新擁立馬儒為高昌王。馬儒害怕胡族會毀滅高昌，主張全體內遷，回到北魏的統治下。
馬儒的想法固然不錯，但涉及到的利益太過重大，很多家族在高昌經營數百年，擁有大量的良田和財產，豈肯拋棄這一切，千里迢迢逃回中原。公元501年，馬儒被刺殺，高昌人擁立麴嘉為高昌王，內鬥這才平息下來。
從此以後的一百多年裏，高昌倒也平靜，安心種地做生意。由於地處絲綢之路的要衝，高昌商業發達，收入頗豐。而中原經過一輪又一輪的淘汰賽，終於決出了李唐政權，這是一個比漢朝更有進取心、更強大的王朝。
據文獻記載，高昌國在唐初時只有3.7萬人口，顯然實力並不強，面對強大的胡族政權，靠的主要還是納貢稱臣，破財免災。高昌王與隋朝的關係不錯，還娶了隋朝的公主為妻。唐朝建立後，高昌王麴文泰一開始也向唐朝示好，親自來朝拜賀，建立了良好的關係。
玄奘大師西行時，路過高昌，對此地留下了深刻的印象。西遊記裏的一些情節就發生在高昌，連女兒國的故事裏也有高昌的身影。他的著作也使後人能夠了解這個西域唯一的漢人國家，高昌還保留了很多中原制度和風俗。
但是，在西突厥的脅迫下，麴文泰疏遠了唐朝，同時他也擔心高昌在絲綢之路上的地位會被取代，不但不理睬李世民要求他入朝的命令，還阻止西域各國的使者前往唐朝，他的錯誤決策終於為高昌國招來了滅頂之災。
既然如此，李世民決意用武力搬掉開拓西域路上的第一個障礙——高昌。公元640年，李世民命侯君集掛帥發動了西征。麴文泰以為高昌距長安有7000裏之遙，又有2000多里的戈壁沙漠，再加上有突厥為其撐腰，因而沒有把唐軍放在眼裏。
沒想到，唐軍的強悍超出了麴文泰的想象，侯君集率大軍快速通過旱海沙漠，出其不意地出現在高昌邊境。麴文泰得知唐軍如同神兵天降般地殺到眼前，驚懼而亡，臨死前把王位讓給了兒子麴智盛。
高昌據説有一萬兵馬，但他們在唐軍面前毫無抵抗之力。侯君集一個猛攻，便奪取高昌都城，抓獲麴智盛。至此，立國180年的高昌國滅亡了。唐朝在此地設西州，作為經營西域的主要據點之一。
有人説，作為西域唯一的漢人國家，唐朝滅了高昌很是可惜。可事實上，高昌沒有中原王朝的支持，被胡族滅亡只是個時間問題，後來的歸義軍便是如此。
只要西域出現一個強大的胡族政權，肯定不會容忍類似高昌、歸義軍這樣的漢人政權。除非他們完全放棄漢人文化和傳統，但這樣一來，也就稱不上是漢人政權了吧。