本作遊戲圍繞爭奪一柄稱為西安匕首的中國上古神器，傳説將其插入心臟就可以獲得神龍之力。對於為什麼叫西安匕首，咱實在不敢問也不敢想，另外該匕首長度看着應該達到短劍長度了。
遊戲開場動畫，秦軍在一頭巨龍（遊戲設定秦始皇）的領導下在長城與貌似女真人的西藏僧侶打仗，巨龍揚起脖子攻擊長城時候被一名僧侶偷襲拔掉了腹下的匕首，巨龍隨即化成一堆白骨，然後僧侶又把匕首藏回了長城內的密室封印起來，這劇情背景簡直莫名其妙。不禁讓人聯想起一部叫《木乃伊3》的電影，電影裏的秦始皇卻是被石化了，兩部作品都散發出了典型的“東方主義”氣息。
遊戲正篇開始，主角勞拉乘坐直升飛機來到了長城，英姿颯爽的一路闖關進入了長城隱秘的內部，並且來到了之前埋藏西安匕首的密室前。一個惡毒的幫派人員突然出現攻擊勞拉，但反被勞拉踢倒並撞到門上，惡徒大喊為了罪惡和巴託利的大業後，直接飲毒自盡。勞拉通過對方遺留的筆記本電腦找到了線索，在威尼斯的卡拉韋利街一個叫巴託利的傢伙。
勞拉來到威尼斯一路掃蕩幫派成員破關，來到這個巴託利的藏身卻撲了個空，但不耽誤勞拉小姐姐開心地炸燬了巴託利的窩點建築。勞拉接着又追到了一個歌劇院，但這回不小心吃虧被抓獲了。
巴託利帶着昏迷的勞拉乘坐水上飛機來到一處海上鑽井平台，勞拉恢復知覺後發現自己被困在一間囚室內，之後在主角光環加持下逃脱並找回武器，勞拉自然接着去找對方算賬，在潛水區遇見了一個被槍擊傷了的張姓僧侶，交談後得知僧侶家族世世代代守護着西安匕首。巴託利父親乘船時候在此處，被僧侶的父親出手炸沉在此處，連同西安匕首封印的鑰匙也沉入了海中。巴託利前來就是為了打撈出鑰匙，繼續完成其父親的偉業。此時巴託利突然出現在上方，並且直接開槍打死了僧侶，勞拉則穿上潛水服跳入海中。勞拉隨着潛艇下沉，一路水中潛行到瑪利亞號的殘骸和敵人周旋，之後又一路追趕回了海面，接着勞拉駕駛水上飛機前往西藏搜索。
勞拉駕駛飛機在接近目的地前不幸發生故障，幸好及時跳傘脱離。隨後來到西藏的印經院追尋，一路闖過陵墓在冰殿找到了開啓長城內部埋藏匕首神奇的鑰匙，此行西藏的冒險結束。
勞拉又回到長城內部，在廟宇破解了一系列機關裝置，終於來到存放匕首神奇的大殿，但是卻被巴託利捷足先登，並將匕首插入到了自己的心臟，巴託利隨後被其手下帶走。勞拉追了上去，在神殿中心區擊敗兩尊復活的石像武士阻攔後，在深處巨大殿堂中央的石台上，看到了躺着的巴託利。突然幾道一道強光閃出，巴託利化身成了一頭好似巨型蜥蜴的神龍，雖然會噴火挺嚇人的，但是其行動極其緩慢。勞拉使用手中的現代兵器直接招呼上去，幾下就輕鬆將其打倒，勞拉上前拔出匕首，巴託利也融化變成了一堆巨大白骨。接着勞拉上演了一段神廟逃跑劇情逃離了坍塌的長城，最後安然帶着我們的國寶回了家。
勞拉回到英國的克勞馥莊園還沒等洗個熱水澡，就重新端起武器跟闖入的不速客們火拼了一番，消滅最後的小頭目後，勞拉才終於衝上了熱水澡。開始於萬里長城，又到水鄉威尼斯，從海上油井到潛入海下沉船，從西藏又回到萬里長城，最後在克勞馥莊園被襲，遊戲探索解謎戰鬥的內容要遠多於故事情節，二代的主線劇情完結撒花。
1999年官方發佈了二代的黃金版《古墓麗影2黃金面具》，由於之前的故事BOSS已經涼透了，這部DLC與先前的劇情完全沒有任何關係，可以看成是獨立的章節內容。勞拉在這次來到一座位於白令海峽的小島，遊戲開始菜單的背景可以看到一張已經褪色的照片，一個愛斯基摩人手裏拿着一個遠古黃金面具。旁邊是一份1945年的舊報紙，有篇文章介紹了阿拉斯加因為發現黃金而引發了衝突，另外還有一個位於礦山的隱秘軍事基地剖面圖，以及兩份平面地圖。勞拉這次目標是傳説中愛斯基摩眾神之王的黃金面具，神話中面具擁有復活佩戴者的神力。勞拉一路從冰川踏入神秘黃金城，又進入到神秘原始森林，打傭兵又鬥怪獸，最後尋寶成功。