塑造過偉績，也曾留下爭議，真實的評價留給後來人去説。
國乒女隊史上，有兩位主教練留下的爭議最大，一位是施之皓，一位是孔令輝，施之皓與孔令輝是一前一後國乒女隊兩位主教練，所以當時國乒女隊中不少國手，兩人都曾執教過。
比如郭躍、李曉霞、劉詩雯、丁寧等。
其中，郭躍是唯一一位受到施之皓和孔令輝雙重“打壓”的國手，因為郭躍的性格原因，施之皓不喜歡，所以直言不諱的道出郭躍文化程度低，聽不懂話。
到了孔令輝時代，郭躍因為訓練不積極，時常遲到，外加狀態有所下滑，孔令輝直接將郭躍調整出了國家隊。
可以説，孔令輝的鐵腕手段，比施之皓還猛。
孔令輝將郭躍調整出了國家隊，當時是比較受爭議的，但這並不是孔令輝一件備受爭議的事情。
2016年裏約奧運會結束後，劉詩雯因為臨時退出了女乒世界盃賽事，導致16歲的平野美宇擊敗中華台北一姐鄭怡靜奪冠，因為以前的世界盃女單冠軍都是國乒隊奪得的，這一次卻被日本隊半路奪走，雖然原因始於國乒隊無人蔘賽，但本肩負着奪冠重任卻臨時退賽的劉詩雯，成了被懲戒的對象。
孔令輝當時對外告知，劉詩雯因為消極比賽被禁賽。
雖然並未道出消極比賽的詳情，但肯定跟那場世界盃賽事有關。
但劉詩雯是幸運的，因為她沒有遭遇郭躍那樣的命運，也只是禁賽了幾個月，主動檢討反省被解禁，只不過缺席了年終總決賽而已。可劉詩雯真的就錯了嗎？
打完奧運會，大家都很累，劉詩雯心態出現變化，難道身為女隊主教練的孔令輝沒責任嗎？
教練的職責是什麼？疏導隊員心理也是必不可少的責任吧。
除了開除郭躍禁賽劉詩雯，施之晧還曾稱讚過日本女乒打法先進，當然他稱讚的對象是當時狀態火熱的平野美宇，平野美宇奪得世界盃女單冠軍，後又擊敗丁寧、陳夢、朱雨玲奪得亞洲盃女單冠軍，成為國乒女隊最強對手，而時任女隊主教練的孔令輝表示平野美宇打法先進，給予高度認可。
稱讚平野美宇，並非是孔令輝抬高對手貶低自己，而是未雨綢繆的安排年輕選手模仿平野美宇打法，最終找到了完全剋制平野美宇的方式。
相較於開除郭躍和禁賽劉詩雯，壓制平野美宇一事，孔令輝做得還是很不錯的。
孔令輝本可以繼續自己女隊主教練生涯，奈何卻因為賭博風波隱退，如今也不知身在何處，在做何事，是否婚配，是否心繫國乒？
不過，還是有不少球迷希望孔令輝可以復出。
雖然李隼擔任女隊主教練眾望所歸，但孔令輝迴歸，可以擔任主管教練的身份，可以像當年壓制平野美宇一般，制定並找到專門剋制伊藤美誠的辦法。
孔令輝的執教能力毋庸置疑，只是，他還能回來嗎？