水母和櫛水母擁有相似的結構，都是兩胚層動物輻射對稱動物，都有較發達的中膠層，擁有簡單的網狀神經系統和肌肉系統。同時，兩者擁有相似的習性和生態位，漂浮在海洋中，用觸鬚纏繞小型生物，然後送入消化腔中消化掉。櫛水母和水母長期以來被認為是同一類生物，都被劃歸為腔腸動物門，但事實上，兩種生物親緣關係非常遠。通過全基因組測序，人們發現櫛水母是最古老的多細胞動物，而很多結構遠比櫛水母簡單的生物(如海綿生物門，也叫多孔動物門，以及扁盤生物，這些生物都有一定的細胞分化，沒有組織分化，沒有形成胚層，沒有神經系統，沒有肌肉系統)，反而與高等生物關係更近。(進化關係見下圖)
這就會產生另一個問題，櫛水母的肌肉系統和神經系統是怎麼進化出來的呢?這隻有兩種可能：最早的多細胞生物祖先本身就有神經和肌肉系統，但在多孔動物和扁盤動物中出現了退化了;最早的多細胞生物祖先沒有神經系統和肌肉系統，櫛水母和水母發生了趨同進化，兩者獨立的進化出了神經系統。如果第一種情況是真的話，櫛水母和水母的神經系統的基礎機制應該是一樣的。但通過基因組和轉錄組分析，科學家發現櫛水母的神經發育及運作的基礎機制不同於水母。比如説，水母及其他動物中神經系統發育關鍵基因在櫛水母中都不存在。同樣，櫛水母也不使用水母及其他動物常用的神經遞質，如多巴胺，乙酰膽鹼，血清素等。於此同時，櫛水母依賴使用穀氨酸作為最主要的神經遞質，儘管其他動物同樣使用穀氨酸作為神經遞質，但櫛水母中谷氨酸受體基因遠比其他動物的多。總體上看，雖然櫛水母和水母擁有相似的神經系統，但基礎的機制在很大程度上不一樣，説明櫛水母的神經系統是獨立進化出來的。由於其他動物的神經系統都是由原始水母的神經系統進化出來的，擁有與水母相同的基礎機制，因此可以認為櫛水母的神經系統是獨立於其他動物的全新的神經系統。