公元626年，唐朝玄武門喋血，李世民帶領秦王府眾將將李建成和李元吉誅殺於玄武門。而後，李世民有一件大事要做，那就是儘快控制唐高祖李淵和朝臣。關鍵時刻，李世民把這個任務交給了尉遲恭和侯君集，由侯君集帶兵控制外圍的朝臣，尉遲恭手持兵器入宮見李淵，在這種局面下，李淵最終答應立李世民為皇太子，不久，禪位於李世民。
李世民登基後，論功行賞，侯君集因為全程參與了“玄武門之變”的預謀、策劃、執行、善後等環節，被李世民封為左衞將軍、潞國公。一時間，侯君集成了唐朝開國的大功臣。
侯君集在史書中正式出場，是比較浮誇的，《舊唐書·侯君集傳》説：
性矯飾，好矜誇，玩弓矢而不能成其藝，乃以武勇自稱。
他剛投奔李世民的時候，為人輕浮，自稱英勇無敵，卻連弓箭都射不準。後來跟着李世民東征西討，李世民才漸漸意識到侯君集不只會吹牛，還是個狠角色，因此漸漸培養成為秦王府心腹，最終幫李世民在玄武門之變中立下大功。
李世民登基後，侯君集也沒閒着，他先作為李靖的副手，率軍攻打吐谷渾，後來被封為吏部尚書。因為侯君集行伍出身，對政務並不嫺熟，為了更好地開展工作，侯君集還逼自己多讀書。
素無學術，及被任遇，方始讀書……入參朝政，並有時譽。
可見，在李世民看來，侯君集雖然是武將，但積極上進，表現還算優秀。
貞觀十三年，侯君集迎來了人生巔峯，他被李世民任命為交河道行軍大總管，率軍攻打高昌國。高昌國王鞠文泰聽説唐軍要來討伐自己，非常不屑，對自己的臣子們説：“長安離我們七千餘里，還有兩千裏的沙漠，沿途風沙漫天，等他們到高昌早就斷糧了。”
事實上，高昌國王鞠文泰低估了唐朝軍隊，更低估了侯君集。
侯君集以迅雷之勢急行軍到了高昌國不遠的磧口，等鞠文泰看到唐朝的戰旗後，驚懼萬分，竟然活生生被嚇死了。《資治通鑑》雲：
及聞唐兵臨磧口，憂懼不知所為，發疾卒。
高昌國王被唐軍嚇死，他的兒子智盛繼位，率兵抵抗侯君集，最終被侯君集輕鬆打敗。侯君集攻入高昌都城，看到大量的西域珍寶，頓時愛不釋手，於是不顧軍紀，將大量的金銀財寶據為己有。侯君集的手下看到主帥如此貪財，紛紛效仿，半天內，幾乎將高昌國皇宮洗劫一空。
侯君集得勝而返，在給李世民的奏報上寫道：
下其二十二城，户八千四十六，口一萬七千七百，地東西八百里，南北五百里。
攻下敵人22座城池，多麼輝煌的戰績啊。侯君集誇耀自己的功勞，卻對於自己私吞財寶的事情隻字不提。
回到長安後，侯君集麾下的將士們因為分贓不均，最終將此事抖了出來，李世民聽聞後非常震驚，立即下令捉拿侯君集，但是具體怎麼處理侯君集，李世民犯了難。
按理説，侯君集率軍滅掉高昌國，功勳卓著，應該重重獎賞。但侯君集私吞財寶，敗壞軍機，性質惡劣，即使殺了他也不冤枉。最終，李世民沒有殺侯君集，也沒有將他治罪，而是將侯君集釋放，既往不咎。
實際上，李世民當時也想罷免侯君集，但唐朝名臣岑文本勸了李世民一席話，讓李世民茅塞頓開。岑文本的話總結起來有三點意思：
第一，侯君集剛剛攻下高昌國，沒過幾天，你就要懲罰他。這會讓所有人都認為：陛下只會記得臣子的過錯，而忘記臣子的功勞。即：
雖君集等自掛網羅，恐海內之人疑陛下唯錄其過而遺其功也。（《資治通鑑》）
第二，陛下培養將領，主要目的是希望他們能夠打勝仗，不惜一切代價打敗敵人。如果一個將領貪婪，他卻能打勝仗，而另一個將領清廉，卻不能戰勝敵人，你覺得那個武將更合格？陛下要用他的長處，而不要老盯着他的短處。即：
主於克敵，苟能克敵，雖貪可賞；若其敗績，雖廉可誅。
第三，自古以來，武將大多貪財，這是他們的缺點。但有明顯缺點的武將更容易駕馭，因為只有這樣才能顯示帝王的聖德。即：
斯則陛下雖屈法而德彌顯，君集蒙宥而過更彰矣。
岑文本不愧為唐朝宰相，他這番話説下來，李世民頓時覺得醍醐灌頂，立即明白該怎麼做。
於是下旨，釋放侯君集和一眾將領。不久，那些跟隨侯君集一起私吞金銀的將領紛紛請罪，從此對唐朝更加忠心。其他文武百官見李世民如此對待自己的臣子，也紛紛感動。因此可以説，李世民對此事的處理非常高明。
但是，唯獨侯君集的表現不同，自從侯君集被釋放後，他整日抱怨，認為李世民不該捉拿自己，從此對李世民心懷怨恨，最終還是走向了不歸路。三年後，侯君集隨太子李承乾謀反，東窗事發後，李世民看着被捉拿歸案的侯君集，非常心痛。念及侯君集之前的功勞，沒有連累他的妻兒。
人在最得意的時候，往往容易犯錯。唐朝名將侯君集，在取得大勝的時候自以為是，犯下大錯，最終慘遭變故。平心而論，李世民並非是一個喜歡殺功臣的帝王，他處理侯君集事件的時候已經非常高明，但侯君集不思悔改，最終被殺。
明太祖朱元璋曾評價侯君集：
“非唐太宗忘功臣之勞也，由其恃功驕恣，自冒於法耳。”
可見評價之中肯。