三十年戰爭使中歐，特別是德國在人口和經濟方面付出了巨大代價。不過，儘管波希米亞的王室領地，特別是西里西亞（ Silesia），也受到嚴重破壞，但奧地利領地很大程度上避免了戰爭災難。但是，這場戰爭對哈布斯堡的發展方向造成了深刻影響。在曲折反覆的戰爭進程中，哈布斯堡謀求政治霸權和宗教統一的雄心有時似乎快要實現，但是，它的推子鋪得太大，而且法國和瑞典在軍事實力上佔據優勢，哈布斯堡在歐洲和帝國的宏偉抱負最終化為泡影。不過與此同時，這場戰爭也增強了哈布斯堡在中歐各領地內部實現此類抱負的能力。
人們對1619年戰爭的潛在意義的理解，與對1914年戰爭之意義的理解一樣少。起初的波希米亞危機是否僅僅是一場內部爭吵，這個問題甚至都不清楚。波希米亞等級會議選舉新教聯盟的首腦、巴拉丁的弗雷德裏克五世（ Frederick V）為波希米亞國王，但此舉並沒有贏得各大新教勢力對波希米亞事業的支持。1619年8月，費迪南德二世被選帝侯們一致推舉為皇帝，其中包括巴拉丁的弗雷德裏克五世。1620年3月，新教的薩克森同費迪南德二世結盟，7月，巴伐利亞的馬克西米連（ Maximilian）領導的天主教同盟與新教同盟締結互不進攻條約，天主教同盟現在可以放開手腳支持費迪南德二世對波希米亞人採取的行動。
費迪南德需要巴伐利亞的幫助，因為波希米亞的反叛只是席捲所有哈布斯堡領地的等級會議反叛的一個部分。1619年夏天，上奧地利和下奧地利等級會議加人了波希米亞人的事業，這裏的領導人物是格奧爾格埃拉斯穆斯馮切爾南布爾（Georg Erasmus von Tschernem-bl），與此同時，摩拉維亞、西里西亞和勞濟茨（ Lusatia）等地的等級會議也紛起仿效，當年冬天，特蘭西瓦尼亞的諸侯加布列爾貝特倫（ Gabriel Bethlen）佔領了匈牙利的哈布斯堡控制區的大部分地帶。1619年，費迪南德成功地遏止了波希米亞人對維也納的進攻，並回絕了下奧地利等級會議的“請願攻勢”，但他的內部地位是虛弱的。他如此急迫地想要獲得外部支持，以致他把巴伐利亞和薩克森佔領的哈布斯堡領地（分別是上奧地利和勞濟茨）作為抵押。他同樣歡迎西班牙的堂兄弟的幫助和指導。隨之而來的戰爭更多的是西班牙在謀求歐洲霸權，對於奧地利哈布斯堡家族來説，它更關心的是自己在各省和帝國內部的地位。
這種外來的幫助，再加上叛亂造成的混亂局勢，為哈布斯堡家族帶來了巨大的成功。在收復上奧地利以後，1620年11月8日，瓦隆人讓切克菜德梯裏（ Jean Tserklaes de Tilly）率領的天主教一帝國聯合部隊在白山（ White Mountain）戰役中半個小時就擊潰了波希米亞軍隊。費迪南德二世並沒有表現出“哈布斯堡的寬大”。1621年6月21日，布拉格一天之內就處決了24名叛亂首領，更多的人則被剝奪財產，被迫流亡。他們的土地被分割成小塊，作為獎賞分給效忠派和外來幫手。等級會議曾緊抓不放的所有特權都被視為無效。反宗教改革運動以最激烈的形式開展起來。根據1627年的“重振省區秩序條例”（ Verneuerte Landesordnung），波希米亞王位改為由哈布斯堡家族世襲，議會的權力被削減到最低限度，成為沒有實際內容的裝飾品。1620年的事件粉碎了波希米亞的抵抗力量。捷克文化和文學實際上消失了，德語成為官方語言；現在的波希米亞已成為奧地利哈布斯堡王朝絕對主義權威的主引擎。
接着，費迪南德二世在其西班牙和巴伐利亞盟友的催促下，把戰爭擴展到整個帝國。他對巴拉丁的弗雷德裏克五世發動殘酷無情的戰爭，巴拉丁人團結新教勢力，將一場國內危機轉變成了帝國範圍的戰爭，荷蘭聯省共和國和丹麥為支持新教的事業而介入戰爭。再加上在匈牙利的戰爭，在瑞士格勞賓根（ Grisons）和意大利曼圖亞（ Mantua）的軍事行動一一以便為西班牙軍隊取得一條從馬德里經米蘭一直通往布魯塞爾（ Brussels）的陸上通道，戰火已經席捲中歐的大部分地區。雖然法國正在逐步卷人衝突，但西班牙和帝國軍隊仍控制着局面，而帝國軍隊現在有了新的首領，這就是華倫斯坦的阿爾布雷希特（ Albrecht of Wallenstein）。到1629年，費迪南德二世似乎成了歐洲的主宰了。
甚至將上奧地利抵押給巴伐利亞的做法也給哈布斯堡帶來了積極的後果。上奧地利公卧領新來的巴伐利亞統治者在發動再天主教化的同時，以極為野的方式徵收沉重的税賦（以彌補巴伐利亞的開支），這種野蠻體現在“法蘭肯堡的骰子”（ FrankenburgerWurfelspiel）中，即農民頭領們被強迫以投骰子的方式決定誰將被處決。這種暴虐統治導致了1626年的農民起義。磨坊區是起義的中心之一，萊昂菲爾登成為起義的主戰場之一，8月30日這裏發生了一場大戰。巴伐利亞和帝國的聯合部隊扼殺了起義，野蠻的鎮壓隨之而來。1628年，當這個地區交還給奧地利時，抵抗運動已經被粉碎，百姓幾乎感激哈布斯堡統治的恢復，雖然後者帶來了反宗教改革和絕對主義的雙重負擔。在奧地利的各個領地中，費迪南德二世只容忍下奧地利存在新教信仰，但這種容忍也僅僅是對效忠的貴族而言。新教在其他地方都被禁止，新教信徒必須作出艱難的抉擇要麼皈依天主教，要麼遷走。
因為勝利而得意忘形的費迪南德二世現在有些自不量力了。他於1629年頒佈復教敕令（ Edict of Restitution），試圖讓帝國重新回到1555年時的宗教狀態。這一次，皇帝權威的聲張太過分了，不僅新教勢力這樣認為，皇帝的同盟者也這樣看。在1630年的選帝侯會議（ Kurfiuirstentag）上，選帝侯們壓制哈布斯堡的權威，並迫使費迪南德二世解僱華倫斯坦。但這個時候，瑞典國王古斯塔夫阿道夫二世（ Gustavus Adolphus II）的軍隊已經在施特拉松德（ Stralsund）登陸了。開始，德國的新教徒對是否歡迎瑞典人蔘戰心存猶疑，因為瑞典受天主教法國的支持，而且它明顯對德國的波羅的海沿岸地區有所圖謀。但是，1631年4月，當梯裏的帝國軍隊縱火夷平馬格德堡（ Magdeburg）後，所有的猶疑都消失了。在不到一年的時間內，古斯塔夫阿道夫二世的軍隊已經控制了德國的大部分地區，布拉格和巴伐利亞也被瑞典人佔領了。
於是奧地利也受到了威脅，費迪南德二世只得再次求助於華倫斯坦，後者現在成為最高統帥（ supremo），負責挽救軍事頹勢。雖然古斯塔夫阿道夫1632年在呂岑（ Litzen）戰死，但瑞典人的戰爭行動仍在繼續，而且法國的作用越來越大，戰爭中的華倫斯坦則實際上變成了一個獨立因素。後來的結局是，根據費迪南德的口頭命令，華倫斯坦於1634年2月被謀殺。效忠於皇帝的帝國將軍們興高采烈地分割華倫斯坦的財富和遼闊的地產，但是殺害華倫斯坦的不光彩的方式對哈布斯堡的威望來説是個嚴重打擊，因為這似乎證實了皇帝家族的卑鄙。帝國軍隊在1634年取得了一系列勝利，而且諾德林根（ Nordlingen）戰役的勝利本來能為哈布斯堡贏得一個有利的和約，如果這時戰爭仍主要是德國的事務的話。但是，1635年5月19日，法國向西班牙宣戰，戰爭進人最後階段，對哈布斯堡家族而言，這是個災難性的階段。1636年底，德國北部再次被瑞典人控制。當費迪南德二世於1637年2月15日死去時，留給他的繼承人費迪南德三世（ Ferdinand I）的是一項艱鉅的任務，這個更講實際的皇帝必須將哈布斯堡的事業從他父親的極端主義釀成的爛推子中拯救出來。