1908年（清光緒三十四年），清德宗光緒皇帝駕崩，但實質今日，關於這個苦命天子的死因仍舊是個謎團，雖然在光緒的遺骸中發現了氰化物殘留，但是否他的死因與慈禧有關，還真的不好説，如果把這個罪責強加給慈禧的話，顯然是不尊重歷史的。
眾所眾知，光緒皇帝因為“百日維新”而被慈禧囚禁在瀛台之中。後來，正值盛年的光緒帝突然駕崩於瀛台涵元殿，年僅38歲，而就在他死後一天的時間裏，慈禧老佛爺也殯天歸西。兩個相互敵對的人，死的時間如此接近，這不得不讓人有種種猜忌。
在《清史稿》中記載了光緒的死因，前面的鋪墊為德宗自幼患有腸胃疾病，素來虛弱。庚子西狩之後，更是時常犯病，加之此時與太后之間有了隔閡，時常被太后訓誡，因此身體更加不堪。光緒三十四年之時，已經病入膏肓，因此駕崩。
雖然《清史稿》有所記載，但歷史學者們認為可信度不高，畢竟這是一部在光緒死後編寫清廷記錄，真實性有多大還不好説。
第二種説法不論在民間還是學術界，都比較廣泛。那就是慈禧謀害光緒之説，持這種觀點人認為光緒帝在“戊戌變法”之時的激進表現和忘恩負義的做法徹底激怒了慈禧。慈禧對他那份關愛之心此時已經蕩然無存。雖然光緒被軟禁在瀛台，但是那些保皇派們卻極依靠他，康有為等人還在國外成立“保皇公司”並印發報紙，要求華人捐款，自己回國擒殺慈禧，救出皇帝。這些報紙源源不斷流到大清國，慈禧也看過了這些大逆不道的妄言。因此，慈禧變本加厲的懲罰光緒。
到了自己快要日暮西山之時，慈禧知道自己時日不多，若是不除去這個孽障，早晚有他東山再起之日，到那時自己或許被他從陵寢中挖出，暴屍荒野也不足奇。於是她決定加害光緒。
曾擔任過光緒起居住官的晚清大臣琿毓鼎在清朝湮滅之後，寫過一本《光緒外傳》。他在其中記錄了光緒帝臨終前的狀況：光緒三十四年秋，突傳病重消息，傳召御醫攜京城名醫診視。此時，德宗仍可自己書寫病情。入診後，御醫宣稱德宗身體尚健，並且開具一些温補之方。不幾日後，德宗果然面有紅潤。十月初十，太后壽旦，德宗出瀛台，替太后祝壽。某親眼見德宗活動筋骨，為跪拜大禮做準備。十九日，宮廷大亂，侍衞持刀而立，稽查出入，此時有傳聞流出“帝已駕崩！”次日，宮中恢復平靜，午後傳載灃監國、宣統帝（溥儀）入宮教養之命。皇后（隆裕）入瀛台探視，德宗早已氣絕，太后聞言後嘆息幾聲，不再言語。
琿毓鼎這本小冊子印刷之後，坊間紛紛猜測，大致認為光緒被人害死。而大多數人則認為毒害光緒之人，正是李蓮英，因為他是慈禧的心腹，由他來幹最合適。此時，早已離開宮中的晚清格格裕德齡，則對外明確指明毒死光緒者就是李蓮英。
但很快在恩濟莊中居住的幾個老太監則表示，李蓮英毒死光緒之説純屬無稽之談。並且指出，光緒被囚禁瀛台之後，對他最關心的就是李蓮英。而且光緒逢人便説，對自己最好的莫如李安答（光緒稱李蓮英為安答）。這幾個老太監還指出，在光緒駕崩後，根本就沒人打理他的遺體，隆裕皇后到了後，見到硬邦邦的屍體，一滴眼淚都沒掉，催嚷着找件乾淨衣服臨時做壽衣。最後，找了件太監穿的白麻小褂權且暫代。可衣服換了一半兒的時候，宮內傳信，老佛爺快要不行了。隆裕皇后轉身就走，光緒皇帝就被冷冰冰的晾在一邊。多虧李蓮英及時趕到，一邊哭一邊親手給換了壽衣，而且後面的大葬全是他一手操辦。
這幾個老太監聲稱自己親眼所見，不會有假。並且一致認為，光緒並非死於毒殺，而是活活餓死的。因為光緒患有腸胃病，一直不好，加之受了驚嚇，身體更加不堪。但除此之外，再無其它大病。御醫來看過，開具的也不過是些去火保肝的藥。然後，就在光緒皇帝死前，這些太監就接到光緒已經駕崩的消息。當時，負責在瀛台伺候光緒的共有六個小太監，其中兩個就是因為飢餓而死，剩下的四個見皇帝不受待見，自己溜出去找吃的，才沒人管皇帝餓不餓。有時候給皇帝的飯菜本就不多，他們還要先吃一些。到了皇帝那裏，就剩可憐的一點點了。皇帝也不敢問，怕傳到太后耳朵裏，太后又罵自己不知道先帝爺入關時的苦楚，不懂得節儉就是個昏君。後來，剩下的四個小太監，其中三個“因餓失血者又凡三人”，最終就剩下一個小太監伺候他。
光緒死前，讓這個小太監找來一個姓周的太醫，這個周太醫寫過的日記後來被後人展示出來，其中寫道“帝仰卧冷炕之上，雙目瞪如牛，滿是血絲，四次用手指口，周某知帝餓急，然身邊未帶食物，無奈只好請罪，帝見如此，便不再語。不多時，氣息全無......”
依照恩濟莊的幾個老太監和周太醫的説法，光緒皇帝是因為飢餓而死，而不是謀害致死。為了找尋到光緒真實的死因，在2008年之時，研究人員對光緒皇帝的遺骸進行了檢測。事後在“清光緒皇帝死因報告會”上給出答案，稱光緒骨骼中殘留劇毒成分，屬於砒霜中毒。但至於下毒者是誰，這個就沒法研究了。
但很快，有清史學者給出答案，認為不應該是慈禧下毒，而真正下毒者是袁世凱。因為袁世凱獲悉慈禧快要殯天的消息後，便提前下了毒手。因為他被人懷疑是因為他的告密才導致戊戌變法的失敗。如果慈禧殯天，光緒還政的話，那麼第一個要剷除的必定是自己。於是一不做二不休，先下手為強，趕在慈禧的前面把光緒害死。另外，袁世凱當時主管北洋軍隊，他有這個條件謀害光緒皇帝。