一、清朝已對鄭氏政權擁有壓倒性優勢
公元1681年，已平息三藩之亂的康熙皇帝獲悉，控制枱灣的延平王鄭經病逝。
恰巧在此前一年，清軍經過長期對峙和拉鋸，終於佔領了作為鄭氏集團發源地的廈門和金門兩島。如今獲悉對手的內部出現不穩定因素，便立即着手製定那許多人期待已久的最後一擊。
兩年後，台灣鄭氏集團的最後精鋭部隊，就在澎湖列島的熊熊火焰中全軍覆沒。
僅從國力反面來看，此時的清朝已對鄭氏政權擁有壓倒性優勢。整個大陸的豐富物產，足以讓退居海島的前朝殘餘忌憚不已。
何況，鄭氏在台灣島上的實際控制區域，也僅限於荷蘭人當初完成開發的地方。由於人力資源有限和技術水平更加落後，甚至連早期西班牙殖民者留下的北部沿海都掌控不住。
同時，對外貿易經濟的蕭條也讓鄭氏集團的財政瀕臨崩潰。
二、維繫鄭氏財力的多邊貿易， 在後期已趨於完全停止
早期的鄭氏能富可敵國，主要是以金廈兩島作為貿易基地。向西聯通葡萄牙人聚居的澳門，向南坐等荷蘭或西班牙商船貿易，自己又向東派遣商團接觸日本，最後是靠着北面的大陸提供主要物產。
但在明亡清興的歷史劇變中，以上這些有利因素也先後斷絕。清朝對其實施的海禁封鎖，使得轉手貿易所必須的物產基本告罄。已經接受現實的澳門，不再對其商人開放。台灣之戰的結果，也讓荷蘭和西班牙都對其敬而遠之。
所以，儘管鄭氏在入主台灣後曾嘗試重新招商引資，卻已經對西洋商人失去了吸引力。唯有當時還不夠強大的英國商人會偶爾會造訪島上，卻也發現根本無利可圖。
三、資源不足所引發的內鬥，也讓鄭氏實力受損
同時，這些屈指可數的外來訪客，也對當時台灣的現狀非常清楚。
在他們眼裏，以第二代首領鄭經為核心的統治精英，實際上根本沒有任何戰略突圍措施。除了偶爾與大陸方面進行小規模走私，幾乎被周遭所有勢力所冷落和斷絕。
受此影響，不少人員嘗試叛逃到清軍一邊謀生。留下的人也時刻處於不滿狀態，只是攝於延平郡王的兵權而不敢公開造次。
這個時刻面臨政變危險的地方集團，幾乎沒有任何未來和希望可言。
四、鄭氏的武裝力量在入島後也出現嚴重退化
在軍事層面，經濟衰退自然讓鄭氏引以為傲的艦隊也大面積縮水。
在來自西方的有限技術斷絕後，其最好的戰艦已退化為大號鳥船。炮兵手裏的西式寇菲林炮，也因無力增補而被更多質量堪憂的大號發熕替換。
受此影響，鄭氏集團的晚期軍事策略，就是以澎湖列島作為最後陣地。
在堆砌了所剩不多的可戰之兵後，又將大量民船徵用過來填充水師。一旦這個基地遭到攻陷，那麼位於本島的直轄區就無兵可守。
五、澎湖成了鄭氏自保的最後陣地
1682年6月10日，整軍經武的清軍主力水師已開始在銅山島附近集結。
但以當時的技術條件，要大部分船完整橫渡台灣海峽，還是非常具有挑戰性的事情。
台灣海峽自身風急浪高，在冬季又常刮東北風，夏季盛行西南風。
一旦選擇渡海時機有誤，艦隊就很容易遇上高發的可怕颱風，在抵達戰場前就折損過半。
六、原屬鄭氏集團的水師將領施琅投奔清軍
負責“解放台灣”指揮的大將施琅，原屬於鄭氏集團，對於鄭氏集團的內情絕對知曉，對福建沿海的水文地理形勢都有詳細瞭解。
隨着從鄭氏政權那邊來投降的官員增多，施琅又獲得了許多關於海峽風向潮汛的一手情報。
經過反覆斟酌，施琅決定一反慣例的在夏季出發，利用夏季西南風直奔澎湖水域。不僅可以規避冬季強風，也能讓澎湖的守軍都疏於防備。麾下的238艘大小戰艦，雖然質量未必高於鄭氏，但無疑在數量方面佔有巨大優勢。
七、龐大的國力支撐，讓清軍很容易擴張水師規模
1683年7月8日，在康熙皇帝的連番督促下，施琅率領清軍水師從銅山島出發。
船隊沿途沒有遭遇大風浪阻撓，在第二天就順利抵達屬於澎湖的外海島嶼。主力選擇在八罩島位置停泊，準備稍作休整後就展開進攻。
首批派出的23艘前鋒哨船，也由前鄭氏降將指揮偵察。他們快速掠過諸島，發現了守軍的陸上部隊分開駐紮。其中那些扼守進入娘媽宮水道的島嶼，還都修築了炮台。
水軍船隻都停泊在娘媽宮主島海灘旁，隨時等候清軍來戰。
八、攻打澎湖，清軍船隊首戰不利
7月10日，清軍以速度較快的鳥船為先鋒，向娘媽宮島展開猛攻。
羣島守將劉國軒，則是一個從清軍陣營叛逃者。他自己坐鎮娘媽宮港口，不斷派小船為主的艦隊去截擊對手。
由於風向不利，清軍各船遲滯難行，只有擔任先鋒的7艘戰船衝入鄭軍陣線之中。施琅急忙率後隊增援，卻又被鄭軍船隊從兩翼進行了反包圍。
期間，兩支艦隊又都遭遇漲潮影響，不少船隻被海狼推着擱淺岸上。施琅就在混戰中受傷，而鄭軍的前鋒指揮官也被清軍火炮打斷右腿。
施琅就利用這個混亂的窗口期，把船隊地撤退回八罩島修整。
九、鄭氏集團艦隊缺少正規軍支持
第二天劉國軒親自率領鄭氏集團艦隊進攻八罩島，但很快就被清軍打退。
但因為是遠道而來，清軍所攜帶的彈藥和糧食都非常有限。如果不能速戰，則容易在晚些時候就自行潰退。
鄭軍卻有陸地炮台支持，並不急於馬上展開決戰。施琅分析完戰場形勢後決定，在抵達澎湖的第三天全力向鄭軍船隊發起最後攻擊。
這次，施琅將清軍的總攻兵分三路：
中路是有56艘戰船的8個分隊組成，由自己親自率領進攻娘媽宮。
左右兩翼各有50艘船負責夾攻。最後還有80艘戰船充當預備隊，隨時準備應對鄭軍反撲。
鄭軍在前期中損失不多，大約還有200多艘熕船、鳥船、趕繒船和雙帆船可供調遣。但其中的大部分都參差不齊，戰鬥力強的新船較少，舊船較多且普遍修繕較差。
鄭軍戰鬥意志較強的心腹部隊也就2000多人，其餘多為強制徵發的壯丁，只期望自己生還而戰鬥早點結束。
鄭軍唯一的勝算還是來自氣候。依靠戰鬥初期的上風位置，一度對清軍展開激烈壓制，甚至開炮擊斃了清軍總兵朱天貴。
但鄭軍孱弱的火力配置，終究不能幫劉國軒對清軍各分隊造成決定性損傷。
十、鄭軍戰敗，清軍“解放”台灣
中午過後，澎湖海面的風向開始倒轉。先前的西北風停歇，而有利於清軍的南風忽起。
原本處於弱勢的他們，隨即開始佔據上風位置。不僅讓艦船速度變快，投射武器的有效殺傷也獲提升。
施琅的戰艦開始按平日的訓練的展開隊形，以所謂的“五點梅花陣”開展局部圍攻。其核心思維，就是用多艘船包圍壓制單艘敵艦，頗有後世足球教練的搶逼圍戰術。
類似的做法，雖然在當時的各強國海軍中以趨於淘汰，但對於缺乏海戰傳統的東亞仍舊非常好用。
劉國軒方面的大部分士兵 都是被強徵的壯丁。原本就靠拉壯丁撐起的鄭氏艦隊，很快就因這種更加強硬的戰法而露出疲態。
劉國軒方面許多船隻在上午的交戰中已消耗大部分彈藥。此時又遭清軍的合圍絞殺，根本無力靠本船兵力支持太久。於是在半天時間過後，被鄭家視為最後屏障的澎湖水師就全部瓦解潰敗。
鄭家部分島嶼的守軍依然嘗試抵抗，但有限的火炮和弓箭，都沒能擋住清軍水師的逐島圍殺。任何不成規模的反擊，都很快被大兵壓境所徹底壓垮。
劉國軒本人也只能無奈的向對手投降。
在這場為期三天的激戰中，清軍總計打死打傷鄭軍超過12000餘人。加上俘虜的5000餘人，基本上是消滅了鄭氏的最後有生力量。
至於清軍自己則僅僅陣亡300多人，輕重負傷1800多人。此前的清軍水師，從未獲得過如此巨大的單方面勝利。
而位於台灣本島的少主、鄭成功的孫子鄭克爽，也在晚些時候選擇投降。