咸豐皇帝在駕崩前，苦思冥想，做了他認為最妥善的安排。他挑選了八位顧命大臣，輔佐年僅6歲的小皇帝；同時賜予慈禧慈安，一人一枚印章，八位大臣草擬旨意，兩宮太后同時加蓋印章，才能夠最終生效。咸豐皇帝希望他們之間相互牽制，任何人都不至於獨攬政權。然而，事情真的像他想象的這麼簡單嗎？
從咸豐的安排看，政治上最後的生死，似乎把持在兩宮太后的手中。然而，母憑子貴的懿貴妃雖然榮升為慈禧皇太后，但是，當時她只有27歲，孤兒寡母，在朝中並無親信，也沒有支持者，處於孤立無援的狀態。以肅順為首的八大臣專橫跋扈，根本不把她放在眼裏。咸豐死後，肅順不顧禮制，常常穿着便服，在熱河行宮大殿上肆無忌憚。遇到太后，肅順一點也不避諱，還常常趾高氣揚地許諾，回京後，我會好好奉養兩宮皇太后的。聽肅順的口氣，彷彿他己經大權獨攬，想怎麼對兩宮太后，全憑他一句話。慈禧變得膽顫心驚，照這樣發展下去，肅順等人架空小皇帝、獨攬朝政只是時間問題。該怎樣抗衡八大臣的強權，又該怎樣保證她們孤兒寡母的安全，慈禧急切地想找到能幫助自己的人。
這時，一個人走進了她的視野，他就是恭親王奕訢。慈禧派親信偷偷送出密詔，聯繫在北京駐守的奕訢，請求他的幫助，剷除肅順等八大權臣。奕訢與慈禧雖然是叔嫂關係，在此之前，二人只是在家宴上見過幾面，並不熟識。慈禧為什麼挑選了奕訢，而奕訢又會不會幫助慈禧呢？
奕訢是咸豐的同父異母的弟弟，有膽識、有氣魄，然而在皇位之爭上，敗給咸豐，成為恭親王。咸豐在位時並沒有重用奕訢，奕訢空有抱負，沒有施展的空間，甚至在咸豐挑選的八大顧命大臣中也將奕訢排除在外。鬱鬱寡歡的奕訢，接到嫂子慈禧的救援密詔，非常驚喜，他感激慈禧這樣信任他。於是，果斷行動，火速趕到熱河，與慈禧秘密商議剷除八大臣計劃。
1861年11月1日，兩宮皇太后跟隨咸豐皇帝的靈柩回到北京，剛一到北京，慈禧和慈安利用手中的兩方印章，頒佈懿旨，除去八位顧命大臣的職位，同時下旨，頒佈肅順等人專橫跋扈的罪名，下令奕訢將肅順等八大臣抓捕歸案。很快，八大臣就被賜死或流放。慈禧和奕訢叔嫂二人以最快的速度，上演了一出驚心動魄的奪權大戰。從此開啓了慈禧“垂簾聽政”的時代。
在幫助慈禧剷除肅順集團後，奕訢從以前不被重用的親王，一下子成為了朝廷的重臣，成了一言九鼎的議政王兼首席軍機大臣。在不到四年的時間裏，奕訢平步青雲，只要奕訢上的摺子，慈禧都會批上“依議”兩個字，表示全都同意。
而同時，一些流言蜚語也傳開了。清同治年間，恭親王奕訢上了一道摺子，請奏設立同文館，也就是要開辦一所外國語學校，聘請外國人作為老師，不僅學習英語、法語、俄語等外國語言文字，還增設天文、算學等西方自然科學。慈禧看了奏章，照樣批覆“依議、欽此”。一時間輿論譁然，朝中以“天朝大國”自詡的王公大臣們，認為奕訢離經叛道，他們上了一道又一道奏摺，彈劾奕訢。
面對彈劾，奕訢理直氣壯，他和大臣們展開激烈辯論。他説：洋人堅船利炮，先進之處，我們必須瞭解，知其虛實，才能自強。莫不如此，近年尚可苟安，數十年後，大清將無可禦敵之力。奕訢侃侃而談，老臣們雖然説不過他，但是人多勢眾，又都是朝中重臣，雙方爭執不下，都請慈禧太后定奪。
慈禧呢，最終將主要的反對大臣倭仁的摺子，交給總理衙門動議。總理衙門的負責人是奕訢，等於是將此事的處理權交給了奕訢，第二天，奕訢在總理衙門恭候倭仁，寒暄之後，奕訢不提彈劾之事，反倒給倭仁派了一個差事，讓倭仁舉薦能教天文算學的中國人，以便免聘洋人。奕訢還説，以後朝廷與洋人交涉，盡由你酌辦。倭仁一聽傻了眼，果真如此，對固執的倭仁而言，簡直生不如死。於是，倭仁以年老為名，請求辭官回鄉。沒想到，慈禧聽了倭仁的請求，説了兩個字“不準”。倭仁沒有辦法，去總理衙門上班的頭一天，倭仁就故意墜馬，摔傷了足踝，以此向總理衙門告了長假，此事才算是最終解決。同治初年，慈禧對奕訢的信任和倚重都在任何人之上，叔嫂配合默契，讓大清朝有了同文館，有了安慶軍械所。雖然規模不大，洋槍洋炮數量有限，但清末也出現了短暫興旺的局面。
大概是因為關係親密，在野史中，一直流傳慈禧和奕訢這對叔嫂關係曖昧。關於這一點，專家認為，在正史中沒有任何這方面的記載。在等級森嚴的皇宮中，是不可能出現這種有悖倫理的事情。那麼，慈禧與奕訢的關係，是不是像傳説中説的那麼好呢？
清朝同治12年，17歲的同治皇帝終於親政了，兩宮太后暫時告別政壇。很快，同治皇帝發現他的母親，對權力充滿慾望的慈禧，變得空虛落寞，經常管大臣們要奏摺看。為了不讓母親再管政事，同治皇帝提出要重修圓明園，希望母親在圓明園頤養天年，自己就可以擺脱限制了。很快，同治皇帝就向大臣宣佈了重修圓明園的旨意，並責令户部儘快撥款開工，奕訢一聽堅決反對重修圓明園。當時清政府正面臨內憂外患，處處都需要用錢，那裏還有錢去重修圓明園呢？同治不聽勸諫，一意孤行，奕訢就請慈禧勸説同治，並勸説慈禧要以國事為重。慈禧貪圖享樂，也一心想重修圓明園，面對奕訢的勸諫，慈禧非常反感，並在心裏開始盤算，如何趁機除掉奕訢。
慈禧表面上不動聲色，表示對奕訢的稟報虛心接受，實際上她並未規勸同治皇帝，反而讚許同治孝順，大肆批評了奕訢的居心叵測。就這樣，重修圓明園的計劃被繼續推進着。第二年，由於購買修建木材，出現了一起特大貪污腐敗案，朝廷損失了二十多萬兩白銀。奕訢知道後，十分着急，再次出面阻止重修圓明園。奕訢帶領反對重修圓明園的大臣們聯合上書，對皇帝提出：停園工 開言路 去玩好等八個要求。朝堂之上，奕訢為了打動皇帝，親自誦讀奏書給侄兒聽。奕訢還沒讀完，同治突然大喝一聲：我這位子讓給你坐怎麼樣，奕訢一聽目瞪口呆。
同治皇帝接着斥責奕訢，離間他們母子關係，把持朝政。同治皇帝親自寫下詔書：恭親王奕訢無人臣之禮，當重處，馬上革除一切職務，交宗人府查辦。此時的奕訢才明白過來，自己中了慈禧的圈套，她借同治皇帝之手除掉自己。
那麼，就是因為反對重修圓明園之事，慈禧就要除掉奕訢嗎？
事情絕非如此簡單，同治初年的慈禧，初入政壇，還無法完全真正掌控政局，她必須依賴奕訢的幫助。然而，垂簾聽政幾年後，慈禧地位穩定了，精明的奕訢就成為慈禧的眼中釘。
據記載，在當時的洋人眼中，大清朝有兩位當權者，一位是慈禧太后，另一位就是議政王奕訢。對於外界這樣的評判，慈禧是無法容忍的。她絕對不能容許，有人與自己平起平坐。慈禧早就將矛頭指向了奕訢。她制定陰謀先後三次彈劾奕訢，最終將奕訢趕出了政局，實現了自己的獨權專政。