大多數王朝的皇帝一般埋在同一個地方，比如漢朝的皇帝埋葬在陝西，明朝的大多數皇帝就埋在北京的天壽山。在這座山上，埋着十三位朱明皇帝。而陵墓的區域被稱為明十三陵。這座山原本只是一座普通的土山，就連名字也很普通，就叫做黃土山。朱棣登基之後，才將這座山定為明朝皇帝安葬的地方，併為它改名。不但朱明皇帝會在這個區域下葬，一些得到寵愛的嬪妃、皇子甚至太監也會在這個區域下葬。
朱明王朝的皇帝不僅有十三位，而是有十六位，其他三位因為各種原因沒有埋葬在這個區域。那麼，這三位皇帝都是因為什麼原因沒有在這個區域下葬呢？他們分別都在哪裏下葬呢？
一、明太祖朱元璋
朱元璋幼年貧窮，曾經當過乞丐，因此，很多人都覺得他從乞丐到皇帝的經歷非常傳奇。他推翻了元朝的殘酷統治，令百姓從沉重的壓迫中解脱出來。在明朝正式建立以後，他嚴懲貪官污吏、積極修建水利工程、減少百姓的賦税，並採用科舉制度從民間選拔人才。在他的治理下，明朝的經濟、軍事都進入了鼎盛的狀態，百姓能夠過上難得的安穩日子。朱棣沒有登基以前，明朝的首都一直是南京。所以，他沒有在天壽山安葬也就很正常了。
古代皇帝都很重視陵墓的建造，他也不例外。在公元1381年，他讓人進行陵墓的修建工作。1382年，他的皇后去世，就埋葬在了這座陵墓。在皇后下葬後，這座陵墓終於有了正式的名字，那就是孝陵。説起“孝”字的含義，一些人説是他要表示以孝治天下，而另一些人則表示跟馬皇后的“孝慈”諡號有關。1398年，朱元璋駕崩，繼任者將其埋葬在孝陵。在他也下葬之後，孝陵的建造工作還沒有完成。明成祖朱棣登基之後，還在進行孝陵的修築工作。直到1413年，孝陵的建造才徹底完成。
由於建造時間長，孝陵的規模十分龐大，期間有樓閣、寺廟等建築。據史料記載，孝陵在建造時，將幾十座寺院包圍進來，並有五千多名士兵守護。在明朝，孝陵具有很高的地位。每當明朝有大事發生，不少勳貴、臣子都需要到這裏祭告。
二、建文帝朱允炆
建文帝朱允炆是明朝的第二位皇帝，是朱標之子。朱標死後，他哀痛不已，甚至出現因為傷心過度而消瘦的情況。見他如此，朱元璋也非常感動，就更加喜歡他了，決心傳位給他。他認為朱元璋制定的法律過於嚴苛，登基後就對某些法條進行了改動。可能是因為曾經當過僧人的原因，朱元璋對佛教和道教很寬厚，允許他們的某部分土地不需要交税。而朱允炆看不慣這一點，就採取了限制佛寺和道觀不需要交税的土地的數量。之後，他又採取了削藩的措施。前兩項改革措施都沒有威脅到他的皇位，而這一項措施就觸及到了藩王們的利益。
在藩王之中，有幾位藩王是實力比較弱的，所以他很輕鬆地就限制住了這幾位藩王。燕王朱棣的實力較強，而且在與朱棣對決的過程之中，他選擇了能力低下的將領以及錯誤的策略，導致自己丟失了皇位。在燕王朱棣攻入皇宮後，他就下落不明，埋葬地就也不明瞭。關於他的去向，目前有多種書法。第一種説法是不知所蹤，這種説法來源於《明史》。在明史當中，寫明皇宮燃起大火，而燕王及其軍隊沒有找到他的蹤影。第二種説法是自焚而死。這種説法來源於《明實錄》。根據這本史書的記載，他因為自焚而死亡。
第一種説法又衍生出了出家為僧、當道士這兩種説法。根據明朝中後期編撰的《錢塘縣誌》，他在逃出皇宮之後，就在東明寺當了僧人。而《東明寺志》也有他曾經到此當僧人的説法，並將他稱為“應能問道老佛”。據個別學者考證，他並沒有當僧人，而是去了江西當道士。因為不能確定他究竟是死在大火之中，還是逃出皇宮，所以不能確定朱允炆究竟埋葬在何處。
三、景泰帝朱祁鈺
1449年，明英宗被俘，瓦刺逼近北京，不少臣子都非常緊張，個別人甚至打算將自己的家人送到別的地方。就在這種危急關頭，朱祁鈺上位了。在上位之後，他任用於謙等人擊退了瓦刺，並將明英宗接回。相比於李世民等皇帝，他的性格比較温和，不會用肉體消滅的手段來除掉自己的政敵。在明英宗迴歸之後，他並沒有對明英宗下殺手。不過，這也為後來的奪門之變埋下了伏筆。1457年，朱祁鈺重病。某些人就有了異心，打算擁護明英宗復位。
同年的正月，石亨、徐有貞等人衝進了南宮，讓明英宗復位。在明英宗復位之後，石亨等人讓宮人敲響鐘鼓。聽到鐘鼓之聲的時候，等候在午門外的眾臣都十分吃驚，接着，徐有貞就走了出來，表示明英宗已經復位了。聽到鐘鼓聲的時候，還處於重病狀態的朱祁鈺也吃了一驚，問：“于謙耶？”他身旁的宮人一聽，急忙否認了，表示是明英宗復位了。他聽了之後就表示“哥哥做，好”。明英宗復位的一個月之後，他就過世了。一些人認為他是因為疾病而死，而另一些人認為是明英宗暗害了他。
明英宗重新登上皇位之後，廢了他的帝號。在他死後，將他的諡號定為“戾”，根據明朝親王下葬的禮儀安葬在北京的西山，後人稱為景泰陵。明英宗去世，明憲宗登基之後，一些臣子為他不平，覺得給他上“戾”的諡號，實在對他不公。他上位之後，讓明憲宗從太子的位置下來，讓自己的兒子上了這個位置。明憲宗雖然和他有私人恩怨，但也明白他對國家的功績。1475年，明憲宗恢復了他的帝號，並按照明朝皇帝陵墓的規格重新修整了朱祁鈺的陵墓。明世宗登基之後，去了一趟景泰陵，認為這座陵墓的規格與帝陵不符，再次修整了陵墓。