自元朝政權退回漠北後，蒙古各部出現分裂，大汗之位爭奪極其激烈，黃金家族統治地位屢受挑戰。從《明史》來看，韃靼取代了北元，後與瓦剌相互迭代。
1368年，元順帝妥懽帖睦爾退回漠北，但國號還是大元，史稱“北元”。北元的劃分有兩種説法，一種是指從1368年元順帝到1634年林丹汗去世的266年間。
第二種是明朝人的劃分，即從1368年到1388年也速迭爾（阿里不哥後裔）弒殺北元后主脱古思帖木兒。也速迭爾繼承汗位，廢除了“大元”國號，改稱蒙古。
這一段時期的歷史記載比較亂，有學者還將第二種劃分延伸到1402年，即瓦剌首領布里牙特·烏格齊（赤力鬼）弒殺坤帖木兒後稱汗，之後廢除“大元”國號。
廢除國號一事是明史中的記載，蒙古史中未見記載，這是出現不同劃分的主要原因。若從也速迭爾算，是韃靼取代北元。若從是赤力鬼算，是瓦剌取代北元。
再看韃靼和瓦剌。按照明朝的劃分，北元之後的蒙古分為韃靼和瓦剌，但以蒙古人來説並沒有這種劃分。韃靼是指成吉思汗嫡系及蒙古東部草原部落的統稱。
韃靼包括察哈爾、土默特、科爾沁、鄂爾多斯等部。而瓦剌自稱是衞拉特，清朝稱為漠西蒙古。瓦剌是明朝人對蒙文稱呼的音譯，瓦剌人源自葉尼塞河上游。
瓦剌人常年在林中居住，以狩獵為主。成吉思汗統一漠北後，派長子朮赤率軍征服“林木中百姓”，而瓦剌就是林中百姓的一部，後投赤朮成為蒙古一部分。
對於也速迭兒取代脱古思帖木兒自立為汗的行為，瓦剌是支持的。在脱古思帖木兒之後的十年間，蒙古出現六位大汗，既有阿里不哥後裔，又有忽必烈後裔。
也可能有窩闊台系的後裔。這種內部的混亂狀況，決定了蒙古各部間的相互爭奪，相互間的取而代之非常正常。下面我們再談一下北元、瓦剌和韃靼的關係。
先説一下黃金家族。黃金家族一直在動態變化，在成吉思汗死後，他的兒子朮赤、察合台、窩闊台、拖雷四人的後代被稱為“黃金家族”，可繼承汗國汗位。
蒙哥（託雷之子）奪得汗位後，黃金家族範圍縮小，僅為拖雷的後代。韃靼可汗達延汗就出自這一系，之後的黃金家族僅限於達延汗子孫，獨享察哈爾汗位。
十四年後的1400年，布里牙特·烏格齊（赤力鬼）弒殺元昭宗的兒子額勒伯克汗，立額勒伯克汗兒子坤帖木兒繼位。兩年後，赤力鬼弒殺坤帖木兒，自立為汗。
赤力鬼徹底廢除了黃金家族，《突厥系譜》中説赤力鬼是窩闊台的後裔，但絕不是直系後裔。赤力鬼屬於西蒙古，不是黃金家族嫡系，也就是明朝説的瓦剌。
赤力鬼是明朝對布里牙特·烏格齊的稱呼，在他之後，瓦剌和韃靼進入互撕階段，也就是西蒙古與蒙古本部及東蒙古的爭奪。最初瓦剌支持的是阿里不哥後裔。
而韃靼則支持忽必烈後裔，後來瓦剌也改為支持忽必烈後裔。這時的黃金家族成員基本都是傀儡，影響力已大不如前。瓦剌一度統一蒙古，後又被韃靼取代。
1368年，元順帝逃離大都，元朝退回漠北。
1388年，也速迭兒弒殺脱古思帖木兒自立為汗，韃靼取代北元。
1402年，鬼力赤殺死元愍宗坤帖木兒自立為汗，瓦剌取代韃靼。
1403年，黃金家族的本雅失裏（元昭宗之孫）復位，韃靼取代瓦剌。
1412年，衞拉特部首領馬哈木擊敗本雅失裏，奪取汗位。
1425年，科爾沁部首領阿台佔領蒙古中東部，殺死本雅失裏，成為蒙古大汗。
1418年，衞拉特首領馬哈木之子脱歡殺死阿台，瓦剌再次取代韃靼。
1439年，脱歡之子也先成為瓦剌首領，控制蒙古各部。
1449年，土木堡之戰爆發，也先俘虜明英宗。
1470年，成吉思汗第十五世孫巴圖孟克（達延汗）成為大汗，之後的一百年間汗位一直被達延汗後代所擁有。
1604年，林丹汗繼承汗位。1634年，林丹汗病死。1635年，林丹汗的妻子和兒子歸降後金，整個漠南蒙古納入後金版圖，蒙古帝國就此滅亡。
北元之後到蒙古帝國滅亡的這一段歷史比較複雜，尤其是蒙古各部對汗位的爭奪，很是混亂，再加上各種史料中的不同記載，給大家的感覺是很難理順關係。
在北元之後，瓦剌與韃靼是一個相互爭蒙古奪汗位的過程，也是蒙古本部及東蒙古與西蒙古間此消彼長的過程。瓦剌和韃靼是明朝人對蒙古各部的稱呼。