過去的京城，有“內九外七皇城四”的説法。就是説，內城分別由九門司出入，這九門是以皇宮正南為界，左右分佈着各大衙署，我們熟知的六大部、都察院、大理寺都在這裏。而正南就是正陽門，即今天的前門，東西分別是崇文門、宣武門。向北東西對稱，朝陽門對阜成門，東直門對西直門。北邊是德勝門對安定門。內城是國家辦公區。
在康熙朝滿文硃批奏摺中，可見隆科多除完成本職任務外，也辦康熙交給的機密事情，如囚禁大阿哥允禔、廢太子允礽等事。康熙五十九年，隆科多又兼理藩院尚書，仍然擔任九門提督。保證皇帝的絕對安全，是九門提督的首要職責。
隆科多因為什麼與雍親王交結並最終在關鍵時刻倒向雍正？這又是一個謎案。這裏有幾個問題需要釐清。
隆科多倒向雍親王
第一，隆科多什麼時間倒向雍正？
雍正帝即位初，在給年羹堯的硃批中説：
舅舅隆科多，此人朕與爾先前不但不深知他，真正大錯了。此人真聖祖皇考忠臣、朕之功臣、國家良臣，真正當代第一超羣拔類之稀有大臣也。--雍正硃批年羹堯奏摺
有人認為，這是雍正為調和年羹堯與隆科多二人的關係，故意把隆科多拔得很高。但這是雍正即位後第一次與年羹堯的通信，時間是雍正元年正月。雍正即位後與年羹堯尚未見面，當時年羹堯不可能有藐視隆科多的事。而“此人朕與爾先前不但不深知他，真正大錯了”一句，很有深義，説明雍正與年羹堯以前沒有特別注意到隆科多。“大錯了”是什麼意思？因為沒有深知？還是隆科多做出了讓雍正刮目相看的事情？聯繫後面所説的“朕之功臣”，應該含有“悔之晚矣”的意思，正面表達是及早發現才是。這説明，隆科多最終倒向雍正，成為“朕之功臣”，是不久的事情，具體説是康熙去世前隆科多選擇了雍正，而不是其他皇子。
第二，隆科多什麼時機倒向雍正？
雍正與隆科多必須有單獨且密集接觸的機會，而這個機會就是由雍親王領銜，帶領隆科多等人一道盤查京通各倉。清代運抵京師的漕糧，收貯於倉場。……倉場在京城、通州共有十四倉，統稱“京通十四倉”。
這項工作非常瑣碎，經過九天的緊張工作，到十月十八日，眾人將通州西、中、南3倉，共376廒全部盤查完畢，並向康熙奏報。通州盤查完畢後，第二天查弼那外放兩江總督。盤查開始轉向京倉，人員也減少為五人。又經過18天的工作，到十一月初六日，查勘京城海運8倉、清河本裕1倉，共562廒。當天，雍親王帶領查倉人員向南苑行圍中的康熙帝彙報。第二天，康熙帝得病，自南苑回駐暢春園。
以上雍親王奏報與延信密奏，在時間、地點、具體事項，特別是康熙患病時間上，完全吻合。
按常理説，雍親王應該把京城11倉全部盤查完畢，才向康熙奏報。當時還有三倉沒有盤查，就向康熙奏報，是否雍親王提前得知康熙的身體“出了狀況”？
查倉工作由雍親王牽頭，他是負責人，因此他可以利用這一機會，把工作分成兩三個組，分頭查倉，而故意把隆科多分派在自己一組。因此，兩人單獨接觸的機會很多，時間很長。可以推想，隆科多就在此時，在雍親王的威脅利誘下，決定歸附雍親王。研究者認為，他們可能對當時的形勢做了推測，約定以後要見機行事，共同行動。否則，雍親王無法做到在康熙明確下旨，不讓任何人進暢春園請安，甚至連國家政務都明令停止的情況下，能夠每日三番五次到暢春園“請安”，特別是康熙臨終當天，雍親王五次進寢宮，毫無疑問，是隆科多幫助。孟森先生説：“隆科多之侍疾，可以獨承專責，不足怪也。”
第三，隆科多為什麼要背叛康熙？
允禵完成驅準保藏後，回到京城，受到隆重迎接，但康熙並沒有明確宣佈立允禵為皇太子。這可能讓隆科多產生觀望，雍親王乘虛而入。而隆科多在最關鍵的時候背叛康熙，是因為康熙沒有讓他繼承父親的爵位。
康熙五十八年二月，隆科多的父親佟國維去世後，宗人府以其子承襲公爵請旨，被康熙帝留中，直到去世都未指定承襲人。隆科多未能承襲父爵，可能因此對康熙產生不滿。
另外，在重大利益面前，人的選擇大多是趨利避害。可以推想，隆科多擁戴十四子允禵，由於同允禩、允禟等人已有積怨，非但不能換取特殊回報，仕途也不容樂觀，而擁戴雍親王，則會是另外一種結果。孟森説“隆科多獨出此道，以博非常之富貴”，大概也是從時局的判斷得出。
在以上情況下，隆科多最終幫助雍親王入主大內成為一代帝君，他本人也得到非常之回報。
為什麼不招搖的隆科多也受到整肅
在雍正即位後的近三年間，隆科多究竟為雍正做了什麼？由於他參與密忽，跡近卧榻，所做的事情，幾乎很少記載。有傳言説，他經常陪雍正喝酒，雍正酒量極好，經常把隆科多喝得人事不省，雍正方令人把他抬出，而雍正自己還照常處理政務。從雍正即位後第一次硃批年羹堯的話看，隆科多毫無疑問參與機密，他與年羹堯一樣，是雍正初年的台柱子，所以雍正稱他為稀有大臣。但隆科多究竟做了什麼？大概是穩定政局、收拾反對雍正的人。由於他身任步軍統領，又是總理大臣，由此可以想見，他與雍正常常密謀機密事情。雍正給年羹堯的硃批，經常有“除怡親王、舅舅外，再不令一人知道”，就是説的這種情形。
與年羹堯張揚的個性不同，隆科多經歷了太多驚心動魄的事，因此為官謹慎，在給雍正的奏摺中，都用“舅舅奴才隆科多”這樣謙卑的稱謂。以他同雍正的交往和對雍正的瞭解，即便一時受到無比的寵信，他也不相信雍正會永遠信任他。與年羹堯似乎要效力到底不一樣，隆科多與雍正好像只是利用關係，是臨時的合作和組合，因此他早就把財產轉移到西山和親屬家中。他説過“白帝城之日”，就是死期已至之時。
雍正四年正月，年羹堯剛被賜死，隆科多成為“寵臣”中排在第一號的整治對象。但由於除掉允禩等反對力量迫在眉睫，雍正派隆科多去阿爾泰嶺，與策妄阿拉布坦議定準噶爾與喀爾喀的遊牧邊界，之後再與俄羅斯劃定邊界。雍正明確對大學士、九卿説：隆科多有種種罪惡，應置重典，如果此次他能實心任事，朕必寬宥其罪；如果心懷叵測，朕必將他治罪。
雍正給隆科多派的這個“差”是“長差”，也是“邊差”，用意是先把他掛起來，何時需要整治他，再讓他回來。其次，讓他遠離京城，到邊遠之地，隔斷他與朝中的聯繫。再次，就是讓大臣放手揭發隆科多的問題，為將來整治做好準備。雍正的政治智慧確實高超
雍正五年閏三月，“私藏玉牒”案發，這回隆科多躲不掉了。原來，輔國公阿布蘭將玉牒底本交給隆科多，隆科多謄錄了一份清本，收藏在家，被人舉發。玉牒是有關皇族的私密檔案，皇家人的生卒、名封、諡葬等信息，備載無遺。平民百姓叫“家譜”，皇家尊貴，都是金枝玉葉，故稱為“玉牒”。隆科多比雍正年長十歲左右，是康熙朝僅存的幾個老臣之一。由於這個家族與皇室的關係，特別是隆科多在康、雍兩朝的特殊身份，使得他能瞭解並清楚皇家的“根脈”。雍正在清除反對者的過程中，宗室王公大多牽連其中，而雍正不時把這些人開除宗籍，允禩、允禟、蘇努等都是如此。這樣的話，玉牒要及時修改。雍正在這一過程中，難保不把宗室，特別是他懲治的諸位阿弟的重要信息，加以篡改。如我們熟知的，在《清實錄》裏，康熙的第十四子寫作“允”，但在允禩兒子弘旺的《皇朝通志大綱》中，明確寫作“胤禎”。有研究者查閲康熙朝的五修“玉牒”，康熙三十六年、四十五年“玉牒”，十四子寫作“胤”，雍正二年所修“玉牒”，也寫作“胤”，以此“證明”雍正沒有“篡改”。但雍正如果心中沒有“鬼”，何必為玉牒之事大張撻伐？又何以證明雍正沒有篡改？有學者認為，雍正極有可能篡改了玉牒中重要信息，隆科多發現後，將之作為挾制雍正的籌碼。這當然為雍正所不容。
到了十月，順承郡王錫保等遵旨審奏隆科多罪案四十一款，包括大不敬之罪五、欺罔之罪四、紊亂朝政之罪三、奸黨之罪六、不法之罪七、貪婪之罪十六。
對刑部等擬定的罪行，雍正最在意的是康熙去世時，隆科多並不在御前一款。因為如此一來，等於雍正即位是“自立”，因此他特別召議政王大臣、內閣、九卿等，發佈諭旨説：隆科多所犯四十一款重罪，實不容誅，但皇考升遐之日，召朕之諸兄弟及隆科多入見，面降諭旨，以大統付朕，是大臣之內承旨者唯隆科多一人。今因罪誅戮，雖於國法允當，而朕心則有所不忍。隆科多免其正法，於暢春園外附近空地，造屋三間，永遠禁錮。贓銀數十萬，從家產中追完。
雍正為什麼把隆科多囚禁在暢春園？有人認為，這是因為隆科多對康熙有罪，假傳詔旨，雍正要他反省。而這個罪可能就是隱匿康熙遺詔。隆科多監押在暢春園不久，雍正又審理宗室貝勒延信的20大罪，與隆科多在一處監禁。次年六月，隆科多死於禁所。