康熙帝當政61年，無論對內對外都為中國歷史留下了值得書寫的篇章。對內而言，宋元之後，中原帝國逐漸開始走下坡路，漢唐光景不再。而到了康熙時代，由於他的勵精圖治，中國形成了一個疆域遼闊、民族眾多、強大統一的國家，帝國的經濟、文化，此時又發展到了一個新的頂點。對外禦敵，最值得稱道的就是抗擊俄國侵略，奠定東北版圖了。
俄國原本只是莫斯科附近金帳汗國屬下一個附屬小國（莫斯科公國），後來趁汗國內亂脱離了蒙古人控制。立國之後，便開始四面擴張，至明末清初，俄國的勢力已延伸至西伯利亞。
17世紀中葉，俄國開始侵佔中國領土。俄軍侵佔了尼布楚和雅克薩，並在當地築堡立寨，綁架人質，逼迫當地民眾向俄國納税。此時，康熙帝正忙於平定三藩之亂，無暇北顧，俄軍又不斷向黑龍江中、下游擴張。
康熙二十年（1681年）十月，清軍攻破昆明，三藩之亂徹底平定。康熙二十一年（1682）春，康熙帝到盛京（今瀋陽）謁陵，並視察東北邊防，當年9月，他派副都統郎談、一等公彭春等人，以捕鹿為名，到雅克薩附近偵察地形。
歷時數月之後，郎談等回京報告，他們認為只要發兵3000即可戰勝俄軍。康熙大帝則認為，僅僅從軍事單方面考慮遠遠不夠，必須先在璦琿（今愛輝）和呼瑪爾建城駐軍，儲糧修船，屯田開路，不僅要保證戰勝俄軍，而且要保證取勝之後，有條件守住那裏。
康熙二十二年（1683年）夏，清帝國任命副都統薩布素為黑龍江將軍，並調3000軍隊駐守璦琿，保護黑龍江流域，準備剿滅入侵的俄軍。
不聽警告俄軍頑抗 都統彭春奉命剿滅
但是，“兵者，兇器也；爭者，事之末也”（《國語?越語下》），熟讀聖賢之書的康熙，並不是窮兵黷武的戰爭狂人。大清帝國在做好軍事準備之時，還在盡力爭取用和平方式解決雅克薩問題。
清軍多次送信給盤踞在雅克薩的俄國侵略軍，要他們退回俄境，並警告他們不要侵擾清帝國居民，否則大清軍隊會將其剿滅。但俄軍不僅不聽勸告，反而向雅克薩增兵添將。
康熙帝在幾次勸告俄國侵略軍無效後，決定出兵剿滅之。康熙二十四年（1685年）6月，都統彭春奉命率兵進抵雅克薩，他首先派人送去康熙帝致俄國沙皇的信和他自己給俄侵略軍最後的警告信，要求俄軍退出大清領地。
6月23日，清軍統帥部到雅克薩城下，再次試圖和俄軍對話，俄軍反而出言不遜。當最後一絲和平的希望破滅時，俄國人將看到，大清帝國可不是隻會“譴責”、“抗議”的。
6月24日，清軍包圍雅克薩。第二天，一隊俄軍順黑龍江而下，企圖衝進雅克薩，被清軍攔擊，俄軍死傷40餘人。之後，清軍猛烈炮轟雅克薩城，俄軍傷亡慘重，魂飛魄散，城內俄軍頭目托爾布金只好投降。清軍受降後，沒有為難他們，而是准許700多俄國人經額爾古納河歸國。
托爾布金帶殘部退回尼布楚後，其侵略之心未死，此時，彼頓率600名援軍到達尼布楚，托爾布金的賊膽又壯起來了。他打探到清軍在戰勝後，並未留兵駐守雅克薩，已全軍撤回璦琿，於是，立即夥同彼頓率軍再次侵佔雅克薩，並加緊構築工事，籌集糧草。
康熙帝聞信，令黑龍江將軍薩布素等，對這夥俄軍速行撲剿，以免他們積糧堅守，圖之不易。康熙二十五年（1686年）7月底，薩布素率所部2000餘人圍困雅克薩，勒令沙俄侵略軍投降，托爾布金不理。8月，清軍開始攻城，到9月底，托爾布金被擊斃，俄軍傷亡慘重。
俄國東西交困 沙皇赴京求和
在此期間，康熙帝為了徹底解決俄國侵擾，多次寫信給沙皇，譴責其侵略行徑，並建議他撤軍和談。
此時的俄國有點焦頭爛額了。此前，為了與波蘭立陶宛聯邦爭奪目前烏克蘭和白俄羅斯這片土地進行了長達十三年的戰爭，兩個強鄰——瑞典王國、土耳其奧斯曼帝國，和俄羅斯的關係也很緊張，兵疲財乏，本來想在東方撈點便宜。可是雅克薩一戰，俄軍又吃了憋，俄國人這才發現，原來大清帝國也不是好惹的。俄國政府最終確定要暫時避免和大清帝國發生軍事衝突，並設法和大清貿易，以獲得商業利益。於是，在雅克薩一帶受挫之後，文紐科夫和法沃羅夫帶着一批俄國信使，從莫斯科晝夜奔馳，於1686年11月到達北京，向康熙帝遞交沙皇的信函，請求清帝國停止攻打雅克薩，並允諾派戈洛文使團來華議定邊界。
剛剛平定了三藩之亂的康熙帝，也不願意大量用兵對外作戰，同意了沙皇的請求。11月底，清軍停止進攻，此時，雅克薩800多俄軍只剩下66人。歷時兩年多的雅克薩戰爭至此結束。
中俄簽訂尼布楚條約
俄國雖然提出談判解決領土問題，但並不想輕易放棄侵佔黑龍江流域。沙皇在發給戈洛文的訓令中指出：
一、應力爭俄中兩國以黑龍江為界；如果中方不同意，則爭取以牛滿河（今俄羅斯聯邦境內佈列亞河）、精奇里江（今俄羅斯聯邦境內結雅河）及其以西的黑龍江為界；如中方再不同意，則爭取以雅克薩為界，俄國人得在黑龍江、牛滿河、精奇里江漁獵。
二、如中方不接受上述劃界方案，俄國使臣爭取締結臨時停戰協定，並做好準備，進行戰爭。
同時又指出，為了達到這一目的，大使應不惜贈送任何禮物，向中國使臣行賄。這一訓令表明，當時俄國仍企圖取得黑龍江以北的全部或部分中國領土；如果談判桌上無法達到目的，就準備再次用戰爭手段強佔。
清帝國對黑龍江流域的主權歸屬十分明確。康熙二十七年（1688年），侍衞內大臣索額圖被任命為與俄國談判的全權大臣。康熙帝指明，尼布楚是中國茂明安部遊牧之地，雅克薩是中國達斡爾族的居所。因此，尼布楚、雅克薩、黑龍江上下和通此江的一河一溪，都是中國的領土，一分都不能讓俄羅斯佔去。如果俄國同意，就和它劃界貿易。否則，不與它議和。康熙帝的要求很明確，即收回包括尼布楚在內的被沙俄侵佔的中國領土，並建立正常的外交通商關係。
康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日），中俄兩國往返交涉達16天之後，終於在一切重大問題上全面地達成協議，簽訂了第一個邊界條約——《中俄尼布楚條約》（俄方稱《涅爾琴斯克條約》），共六款，明確規定從黑龍江支流格爾必齊河到外興安嶺直到海，嶺南屬於中國，嶺北屬於俄羅斯。西以額爾古納河為界，南屬中國，北屬俄國。雅克薩地方屬於中國，拆毀雅克薩城，俄人遷回俄境。
俄國事實上承認侵略中國黑龍江地區為非法，同意把入侵這一地區的俄軍撤回。《尼布楚條約》，從法律上肯定了黑龍江流域和烏蘇里江流域的廣大地區都是中國領土，明確劃分了中俄兩國東段邊界。在條約簽訂後，使黑龍江流域在150年間沒有發生重大的邊界衝突。