穆罕默德·阿里王朝以獨立的姿態出現在埃及，這是英法列強和國內曼姆魯克武裝所不能容忍的事實。
於是英國首先勾結土耳其蘇丹塞裏姆三世，以宗主君王的名義壓迫阿里就範。1806年，英國政府向塞裏姆三世建議：廢黜阿里，恢復埃及省督地位；把埃及大權移交給埃勒菲，埃勒菲保證對土耳其蘇丹稱臣，每年納貢1500袋錢。
塞裏姆三世對阿里事實上的獨立正感憂愁，所以滿口答應英國政府的建議，他也希望借英國力量和埃及曼姆魯克武裝把阿里擠掉。
6月中旬，塞裏姆三世下命令調阿里去薩洛尼卡任省督，一面火速派遣載有三千兵力的艦隊開赴埃及。為了配合行動，埃勒菲在英國政府支使下，也率領六百騎兵和六千貝都因武裝人員，從上埃及北上，作內部接應。
7月1日，土耳其軍抵達亞歷山大時，埃及的內外形勢嚴峻起來。
阿里一面假意回覆塞裏姆三世，表示願去薩洛尼卡就任省督，另一方面他和奧馬爾·麥克萊姆等長老們進行緊急策劃。
阿里抓住埃及貴族長老們懼怕土耳其軍隊，並且仇恨曼姆魯克武裝的心理，在緊急會議上慷慨激昂地説：“憑着我對埃及命運的責任和效力於各位貴族長老們的忠誠，我一定留下來與諸位共患難。我有兩個辦法，可以使塞裏姆三世的決心動搖，讓英國人的希望落空。”
奧馬爾·麥克萊姆等一羣貴族長老們一聽，頓時轉憂為喜，請求阿里和盤托出好主意。阿里清了清嗓門説：“請奧馬爾·麥克萊姆長老儘量聯絡埃及各界人士，聯名上書土耳其伊斯坦布爾朝廷，讚揚我阿里在埃及的功績和人民對我的擁戴。同時在上書中大講特講土耳其軍和曼姆魯克武裝的暴行。”
奧馬爾·麥克萊姆當即表示道：“放心，我們回頭就抓緊力、好了。第二個辦法呢？”阿里詭秘地説：“花錢。”阿里立即派了一名心腹，攜帶二千袋錢秘密前往伊斯坦布爾，將大部分錢私下送給塞裏姆三世，並表示阿里今後仍將為蘇丹“效勞”。同時，又讓心腹把小部分錢行賄給蘇丹手下的幾位決定政策的重臣們。
在國內，阿里還派人給在上埃及的巴爾底西送去了一些錢，希望和巴爾底西“重新恢復往日的友誼”，巴爾底西果然見錢眼開，不再配合埃勒菲向開羅進軍的行動了，而是乘埃勒菲上埃及的後方空虛，拼命擴充自己的地盤。
埃勒菲見狀大怒，興兵向巴爾底西問罪，一場曼姆魯克武裝間的互相爭鬥又沒完沒了地開始了。塞裏姆三世看到曼姆魯克武裝四分五裂，看到埃及各界名流的聯名上書，還有大量的金錢在動搖他的信心，幾位重臣不斷地替阿里吹温和的風，於是改變了主意，同意阿里留在埃及，撤回了土耳其軍隊。
至此，英國政府挑唆干涉埃及事務的陰謀暫告失敗，新生的阿里王朝又度過了一次難關。
拿破崙在歐洲炫耀武力，在對英國、普魯士、奧地利和俄國的戰爭中連連取勝，土耳其蘇丹塞裏姆三世公開倒向法國，向英、俄宣戰。英國唯恐法國佔領埃及，於是先下手為強，於1807年聲月派六千英軍在弗雷澤將軍率領下攻佔亞歷山大。
此時，埃勒菲和巴爾底西已經相繼死去，英軍無法得到曼姆魯克武裝的聲援，在進攻賴希德中損失慘重，弗雷澤手下的大將沃科普被擊斃，英軍死傷五百餘人，被俘近二百人。
19世紀初的埃及經濟十分落後，加之內外戰爭連續不斷，農田荒蕪，河渠淤塞，耕地面積只相當於1798年的三分之一。阿里意識到，埃及落後的局面不改變，就無法抵抗外來入侵，無法從根本上改變埃及受欺凌的地位。所以，他決心富國強兵。
阿里在埃及是依靠部分長老和商業貴族起家的，他最初代表這些人的利益執政，在決定重大問題特別是國庫收入的賦税問題時，必須同長老等宗教人士協商，而長老們大多是封建地主，他們主要靠掌管宗教田產、承包土地税，靠剝削農民生活。
奧馬爾·麥克萊姆就是長老們的政治代表，他的地位和影響在埃及已經和阿里不相上下，而且他掌管內政大權，親自過問一切事務，全國四分之三的土地都歸屬在長老和曼姆魯克地主的名下，農民創造的財富大多被他們攫取，政府僅僅只有極少部分。
富國強兵的宏偉計劃是要增加政府收入，阿里的抱負立即和長老、曼姆魯克地主們的利益發生了衝突，阿里決心向長老權貴們挑戰。1809年6月，阿里規定：所有宗教地產不再享有免税權，必須向政府繳納“米里”(國税)，長老們必須在40天內將其掌管的宗教地產證件交政府查驗，違者將取消其地產掌管權。
許多長老因沒有合法證件，私佔的土地被政府收回。阿里從埃及長老和曼姆魯克地主手裏將奪到的大批土地收歸政府，再把土地按王室領地、邊緣地、村長地、酋長地和烏西葉地的形式進行了再分配。
而王室領地就佔了全國耕地的四分之一，阿里表面維護的是名義上的土地國有，實際上是他個人佔有土地。由於阿里用鐵的手腕掃除了埃及長老和曼姆魯克政治勢力，他在埃及推行富國強兵的改革障礙清除了。接下來，阿里首先發展農業經濟作物，特別是根據埃及氣候種植棉花，大批出口。
同時，從國外引進良種、水果、蔬菜和樹木，發展水利設施。到1838年，埃及的農業條件大大改善，全國已有水車五萬多台。隨後，阿里開始在埃及創辦第一批近代機器工業，大力培養本國技師，派留學生出國。
他對留學生許下諾言：“誰首先學成，政府給他們高薪，提拔他們當工長。”阿里還把發展軍事工業放在首位，1820年建立了開羅城堡兵工廠，單槍支車間每月就能生產法國式步槍六七百支。1829年，又建造亞歷山大造船廠，大力建造軍艦。當時，埃及造的軍艦，有的甚至能與法國軍艦媲美。
在對外貿易、國家政治體制，軍事裝備上，阿里均全面推行改革。在他剛取得埃及政權時，他只有一萬左右裝備簡陋、缺乏訓練的雜牌軍。到了1839年，埃及已經擁有23萬名陸軍，1.6萬名海軍，擁有戰艦32艘，成為地中海東部最強大的海軍國家。
