陳獨秀晚年客居距四川江津市區30多里的石牆院。他坐了五年牢之後，因抗戰爆發而出獄。老友胡適從美國寫信來力邀他去美國，説一家圖書公司請他寫自傳，被他婉言謝絕了。他認為，在國難當頭之際，跑到美國去寫自傳賺錢，拿共產黨人鮮血染紅的旗幟炫耀自己，那無異於褻瀆和背叛。
此時他先後寄居傅斯年家和陳鍾凡家（陳是北大學生），靠朋友資助度日，後又拒絕了託派要他到上海的請求，乃偕夫人潘蘭珍赴武漢。在武漢期間，董必武曾受中共之託探望陳獨秀，爭取他到延安，並提出三個條件，其中之一是要他作書面檢討，陳不同意，現在亂哄哄的時代，誰有過誰無過還在未定之天，不寫，有什麼過可悔。他既拒絕了國民黨的高官厚祿，又拒絕作檢查才能前往延安，從此走向了茫然惆悵、窮困潦倒的漫長之路。1938年7月，陳獨秀從武漢輾轉長沙來到重慶，遇見同鄉、同學鄧季宣，經他又認識了江津名紳鄧蟾秋、鄧燮康叔侄。鄧蟾秋仰慕陳獨秀之名，邀請他來到江津縣，經過一番波折，最後定居於清朝拔貢楊魯丞家——石牆院。
陳獨秀落腳在石牆院，生活一方面靠朋友饋贈，北大學生會是經常支持的，另方面靠賣文、賣字。他的詩、文、書法都屬一流。夫人潘蘭珍為生活所迫，避着陳獨秀典當了首飾，連柏文蔚贈給他的皮袍子也當了。為了補貼生活，在院牆後門外空地種過土豆。陳獨秀還被小偷光顧過。小偷可能以為很多名人來拜訪他，一定是個富户，誰知家徒四壁，小偷偷走了衣物、《小學識字教本》手稿和印章“獨秀山民”。因陳獨秀始終是在國民黨特務監視下度日的，當地警察很快破了案，唯文稿和友人送的印章沒有追回，陳獨秀非常痛心
陳獨秀住在石牆院，雖遠離城市，交通又不便，但前來拜訪的人絡繹不絕，有縣長和當地名紳，還有已做了大官的學界名人傅斯年、羅家倫。至於陳的老友高語罕、鄧仲純等安徽老鄉、北大同學，江津名流，就更多了。陳因坐過五年牢，到處奔波，生活不安定，此時年紀已大，心情又不好，吃飯早一頓晚一頓，熱一頓冷一頓，致患有胃病、高血壓、心臟病等。
周恩來拜訪，勸説陳獨秀，希望他放棄個人成見與固執，寫個檢查回到延安去。陳獨秀説：“李大釗死了，延年死了，……除周恩來、毛澤東，黨中央沒有我可靠的人了，我也落後了，年紀也大了，中央開會，我怎麼辦呢？我這個人又不願被人牽着鼻子走，我何必弄得大家無結果而散呢。”陳獨秀還是老脾氣，是直言不諱的。
陳獨秀自知將不久於人世，向跟隨他多年的北大學生何之瑜交代：“我死之後，喪事從簡，也不要登報。”並説：“小兒松年早已分居獨立(時在一中學任職)，夫人家中無親人可依靠，放心不下，請你務必多多關照。並要囑夫人今後一切自主，生活務自立，我在南京獄中，朋友贈我的五個顯德四年古瓷碗，留給蘭珍。後事料理後，稿費如有多餘，也留給她一部分……”話未説完，心臟病突發，搶救無效，與世長辭，時在1942年5月27日晚9時40分，享年63歲。當時除夫人潘蘭珍、三兒陳松年夫婦、孫女長璋、長瑜、侄孫長文等親屬外，尚有包惠僧、鄧仲純、何之瑜在側。陳獨秀去世後，衣裳、棺木與墓地等均由鄧蟾秋、鄧燮康贊助，社會各方多有支持，捐贈和賻儀總數為33750元，支付38753.01元，超支5000元，由北大同學會撥付。
