1864年，轟轟烈烈的太平天國運動被清王朝剿滅，落下了悲壯的帷幕。
在鎮壓太平天國運動的過程中，以曾國藩、李鴻章為代表的一批地方勢力開始崛起。太平天國被鎮壓後，清王朝雖然根基遭到嚴重動搖，但是畢竟擺脱了自己的生存危機，國家的社會秩序重新走向穩定，清王朝的統治權威得以保持。
但是，這些實際上都不過只是表象。在這個重新走向穩定的清王朝背後卻產生了一個巨大的陰影，那就是，隨着地方勢力的抬頭與官僚階層內部的分化，清王朝的統治基礎被地方勢力所蠶食而逐漸萎縮，統治危機正在逐步擴大。
清王朝對地方的控制系統主要是官方的保甲制和非官方的士紳管理系統維持着。
官方的保甲制主要職能是維持社會治安與徵收賦税，而非官方的士紳管理系統主要承擔社會其他功能，比如維持地方秩序，比如承擔地方公益。
但是，隨着清王朝中央政府實力衰弱，地方利益被以太平天國為首的其他勢力過多地侵害，地方士紳階層利益得不到應有的保護，於是，地方就出現了為了自衞而軍事、財政獨立化的傾向。
早在嘉慶時期，清王朝就爆發了大規模的川陝楚農民起義。這次巨大的農民起義運動不僅大大損耗了清王朝的經濟實力，更重要的是重創了清王朝的正規軍系統 ——八旗軍與綠營兵。
導致的結果就是在鎮壓川陝楚農民起義的後期清王朝不得不動員和利用地方武裝，於是“團練”應運而生。
最初的團練一般是在政府監督下由地方名流士紳領導，以村寨為基本點，主要任務是築牆設防，堅壁清野，實行武裝自衞。
團練的出現是清王朝地方武裝產生的開始，也是地方軍事化的前奏。
不過，嘉慶道光時期的地方武裝只有武裝自衞的權力，沒有主動出擊的權力，也就是説權力沒有擴大化，尚不足以影響到中央與地方的均衡關係；而且清王朝的正規軍雖然被嚴重削弱，但仍保留一定的戰鬥力，所以依然是清王朝統治的最主要也是最重要的武裝力量。
但是，太平天國運動的爆發給地方軍事武裝的擴張提供了機會。
在太平軍這支強大的軍隊面前，本來就已經被腐化，被削弱了很多的八旗、綠營兵再次遭受重創，最後變成了一支不堪一擊的老弱病殘軍隊。
太平軍所到之處，廣泛開展思想文化動員，對清王朝的地方社會秩序進行動搖。對於地方士紳階層來説，他們發現地方秩序和自己的利益遭受嚴重威脅，而清王朝卻無能為力。
地方士紳們在對清王朝越來越感到失望的同時，不得不依靠自身的武裝力量來維護地方上的秩序和保護自己的利益。於是，他們利用自己的家族組織或地方勢力組成非官方的地方武裝，以便同太平軍對抗。
在湖南，舉人江忠源率組建了一支武裝力量，以對抗太平軍；在江西，舉人劉於潯利用家族關係也舉辦團練；後來在貴州、江蘇、安徽、河南等眾多地區，一些地方自衞武裝也紛紛建立。
清王朝其實一直對漢人士紳自行組建團練這種地方武裝力量懷有戒心，但是此時的清王朝正忙於同太平軍作戰，根本無暇顧及也無力顧及地方，因此，只能放任地方進行自救。
然而，隨着地方武裝力量的增強，清王朝開始越來越擔憂，迫切希望對地方武裝力量加以控制，於是任命各省在籍官僚負責辦理地方團練，加強對地方武裝力量的監督與管控，這就是團練大臣的由來。
這一時期清王朝在各省任命了許多團練大臣，曾國藩、袁世凱的叔祖父袁甲三就是其中比較出名的團練大臣。
咸豐二年(1852年)曾國藩在家鄉湖南組建地方團練與太平軍作戰。結果被太平軍打的大敗。
痛定思痛，曾國藩吸取經驗，發現太平軍的種種優勢和團練組織的存在種種弊端，決定效法戚繼光，組建一支新型的地方軍隊，這就是湘軍的前身。
地方軍事化的出現改變了清王朝地方的統治秩序，擴大了地方士紳階層的權力。
本來清朝對於地方的控制，主要依靠官方的保甲制和非官方的士紳管理系統兩個控制系統的均衡，但團練等地方武裝力量的日益強大打破了均衡關係，使非官方的地方控制系統日益重要起來，清王朝對地方的影響力與控制力日益下降。
清王朝允許地方進行自衞，實際上等於承認非官方的地方武裝力量的合法性。
太平天國運動失敗後，團練等地方武裝力量取代了官方上的保甲制度，此時的團練不僅是軍事組織，還是地方社會組織，加上厘金的設立，士紳掌握了地方上的兵權、財權和組織權，形成了地方公事，導致清王朝地方政府離開士紳階層就根本無法運轉的局面。
而且地方武裝力量使得地方秩序雖然暫時穩定了，卻促進了地方士紳的軍人化和地方對軍事的迷信，清王朝中央政府長期所保持的文官統治和統治秩序在地方的作用迅速下降，取而代之的是地方的軍事獨立化。
太平天國運動爆發以後，清王朝的統治支柱軍事力量的八旗、綠營兵基本上被全面摧毀，旗人失去了控制國家武裝力量的權力，國家軍政實權漸漸落到地方漢人士紳和官僚的手中。
圍剿太平軍時期，一些地方督撫利用戰爭所提供的特殊機會，不顧原有體制的各種限制，越權採取各種措施，包攬把持軍、財、吏等重要權力，使督撫職能發生了根本性的變化，即完成由和平日常向戰爭時期的轉變。
隨着地方武裝力量的擴張，清王朝中央軍權的下移，地方上出現了軍政合一的局面，這是清朝入關後從未有過的現象，中央對地方的絕對統治局面終於被打破，其主要標誌就是湘、淮軍地方集團的興起。
最開始，湘軍建立的目的主要是對抗湖南地區的太平軍，因此，湘軍在初期也不過是一支地方自衞武裝力量。後來湘軍越出湖南，走向全國，成為對抗太平軍的主力，這樣湘軍就成為維繫清王朝統治的主要軍事力量。
湘軍之所以能成為一股強大的政治軍事勢力，是因為它的組織形態與發展過程的特殊性。湘軍雖然是團練，但不是受清王朝直接指揮的經制之師，而是曾國藩一手創立的私人地方武裝力量，其主要特徵主要是：
一、兵為將有。清廷的綠營兵是世襲兵制，兵為國有。而曾國藩改世兵制為募兵制，規定士兵歸將領所有。大帥挑選統領，統領挑選營官，營官挑選哨弁，哨弁挑選什長，什長挑選士兵，這樣保證了軍隊的戰鬥力，但是兵權不再是國家所有，而是成為各個將領私人武裝。
二、注重私誼。湘軍不是國家經制之兵，都是將領自己招募過來的，將領喜歡招募那些同鄉或同族的士兵，這樣將領與士兵的利害關係是休慼相關的，將領之間也基本上都是同鄉、同年或師生之類的關係，這樣在作戰的時候可以互相配合、互相幫襯，而不是像腐化墮落的經制官兵那樣互相扯皮、互相拆台。
整個湘軍集團都是依靠這種私誼關係來維持的，這就助長了湘軍的派系觀念。其中曾國藩本人就“以身作則”，十分重視私誼關係，無論是調兵遣將還是向清王朝舉薦官員，他都喜歡提拔與他有私誼關係的人。
三、軍餉自籌。八旗兵不用多説，綠營兵也是清王朝的經制之師，兵餉均由清王朝提供。湘軍初建時，軍餉尚由官方提供一些，後來江南富庶之地被太平軍佔領，清王朝中央財政枯竭，曾國藩自知索求無望，於是決定自籌軍餉。所以湘軍軍餉一般都是靠將領自籌分發給士兵們，事後向清王朝中央政府核報。
自籌軍餉進一步增加了湘軍的獨立性。同時也導致了清王朝的户部權力日輕，地方督撫的權力日重。
四、各尊其長。由於士兵為將領所招募、所調用，軍餉也是將領自己想辦法籌到的，所以在湘軍中除非招募、選拔、調用過自己的上司，其他人無論官職大小、地位高低都指揮不動。
所以，不僅湘軍以外的人無法進行指揮湘軍，即使湘軍內部也需要層層下令才能指揮得動，任何將領都很難越級指揮其他將領的下級部隊，比如曾國藩就很難指揮李鴻章的淮軍。
湘軍的這些特點，表明湘軍不僅是有別於八旗、綠營兵，而且具有很大的獨立作戰能力。
對於曾國藩及其湘軍集團的崛起，清王朝從一開始就表現出很不放心。但是在軍事上不得不利用湘軍集團的同時，在政治上對湘軍首領的權力進行多方位限制。
咸豐四年(1854年)，當湘軍攻佔武昌的消息傳到紫禁城的時候，咸豐皇帝是十分開心的。這時當軍機大臣提醒咸豐皇帝“曾國藩以侍郎在籍，猶匹夫耳。匹夫居閭里，一呼，跚起從之者萬餘人，恐非國家福也。”咸豐皇帝才意識到事情的嚴重性，立即收回任命曾國藩為湖北巡撫的命令。
咸豐十年(1860年)，當太平軍第二次大敗江南大營，清王朝的正規軍在南方已經沒有任何戰鬥力的時候，清王朝才勉勉強強任命曾國藩為兩江總督兼欽差大臣，統轄蘇、浙、皖、贛四省軍務，所有巡撫、提督均歸他節制。
這樣，清王朝中央的兵權正式開始下移，湘軍代替八旗、綠營兵成為國家的主力軍的時代開始了。
與此同時，曾國藩本人也由湘軍統帥變為東南各省最高的行政長官，軍權與政權合一，從而邁開了督撫專權的第一步。
為了便於作戰，曾國藩又利用自己的權力，把大批湘軍將領舉薦為封疆大吏，如舉薦李續宜為安徽巡撫，沈葆楨為江西巡撫，左宗棠為浙江巡撫，李鴻章為江蘇巡撫。接着，四省的督撫長官又將自己的部將舉薦為各省的布政使、按察使。
這樣，中國的南方地區就出現了以曾國藩為首的湘軍政治軍事集團，其中包括胡林翼、左宗棠、李續宜、曾國荃、李鴻章等才能出眾、才華橫溢的晚清官僚。
這些人既擁有軍權，又掌握地方行政大權。同時他們控制地方財政，諸如舉辦厘金，改革田賦，甚至扣留解往中央的税收，使清王朝對地方財政的控制能力逐步減弱。而且湘軍集團還排斥異己，任用親信，控制了地方人事大權。
這樣，湘軍集團控制了南方各省的軍權、政權、財權與人事權，上下相應，互相聯盟，成為一股極其強大的地方政治勢力。
清王朝的根本制度，即封建君主專制的中央集權制度，已經在很大程度上為地方督撫所破壞。
清王朝雖然看上去依然高高在上，依然凜然不可侵犯，但實際上，對各省軍政事務起不了任何決定性作用，對地方的徹底失去控制。
清王朝的外重內輕的特殊局面就此形成。