疫情期間，市醫藥工會全力扛起關心關愛職工的責任，定方案、促執行，全力投身到這場抗疫鬥爭中去。結合上海市總工會下撥的60萬元防控專項經費，上海市醫藥工會先後配套250餘萬元防控經費，下撥二級工會，用於疫情期間員工關心保障工作。
據瞭解，通過分層分類，醫藥工會特別對堅守生產保供一線、感染新冠病毒、有特殊困難的職工、滬外企業在滬工作員工、勞模先進等做好關心關愛。
對堅守生產保供一線的職工，醫藥工會協助行政做好疫情防護工作，為數千名一線員工提供荊銀合劑、六神丸，連花清瘟、維C泡騰片等預防藥物；尤其在眾多封閉生產保供一線企業面臨生活物資籌措壓力的時刻，將9批50餘噸的蔬菜、牛奶、水果等物資，及時送達封閉生產企業、困難員工等；對感染新冠病毒的職工，集團工會給予每人1000元特殊慰問金；對符合市職保會新冠肺炎互助保障金給付條件的，幫助進行申報理賠。
同時，醫藥工會領導及時深入一線保供企業和市級重大項目支援現場，瞭解員工需求，組織協調數十萬元的飲料、自嗨鍋等補充食品物資，送達員工身邊，給予了抗疫一線員工最温暖、最有力的支持。
對醫藥工會定幫和臨幫員工，考慮到疫情對困難職工生活的影響，醫藥工會決定一次性增加定幫和臨幫的幫扶金50%。同時為降低封閉管理對職工申請流程的影響，簡化原定幫和臨幫申請手續，全部採用線上申請。據悉，醫藥工會分別對42名因病致貧等困難職工進行定幫、對293名臨時發生困難職工進行臨幫，總計發放幫扶金56萬餘元，對遇其他特殊困難的職工及時給予“實物+現金”的幫助，二級工會對288名三類困難員工進行幫扶，幫扶金額45萬元。對集團所屬滬外企業在滬員工，採用“醫藥工會下撥經費、二級工會結對幫助”的方式，及時組織在滬企業工會結對幫助滬外企業在滬員工260餘名，一週內已完成點對點常規生活物資和特殊需求物資的配送。對勞模、五一獎章獲得者、上海工匠，進行點對點了解生活工作情況，克服困難協調物資，對40餘名相關先進進行慰問。
對市級重大防疫項目支援人員，醫藥工會提前準備，聯同所在工會為支援人員準備進艙裝備，在項目人員中成立臨時工會工作小組，根據參與人員情況，醫藥工會經審主任擔任組長，四位二級工會任組員，臨時工作組和醫藥工會後方保障組共同承擔項目期間支援隊伍的服務、保障和關心關愛工作。該批人員支援期間，醫藥工會6次配發數十萬元的自嗨鍋、酒精等補充物資。