目前來看，是總理的權力更大
世界上大多數共和制國家基本上都是有總理和總統的（也有例外，美國就沒有總理），而且所有國家的總統都是本國元首，行政級別是高於總理的。
但是在施行議會共和制的國家中，總理的實際權力大於總統的，例如新加坡、以色列、意大利、印度、德國。在這些國家中，總統僅是虛位元首，沒有實權，政府大權都握在總理手中。
巴基斯坦在剛剛獨立的時候，施行的也是議會制，總理是權力是更大的。
但是在1958年—1972年、1977年—1985年、1999年—2002年這三個時期，總統的權力則大於的總理，並且這三個時期都是軍人當政。
自從獨立之後，巴基斯坦的文官政府和軍人就一直鬥爭不斷。由於在建國初期與印度之間關係緊張，國家對軍方依賴比較大，因此軍方更為強勢。
1958年，巴基斯坦陸軍司令阿尤布發動軍事政變，自任為總統，巴基斯坦總統首次壓制總理。
（阿尤布，巴基斯坦第二位總統，也是首位軍人總統）
不過由於在第二次印巴戰爭中的不佳表現，迫於國內壓力，1969年阿尤布將總統職位交給了陸軍司令葉海亞。1972年葉海亞將權力交還給了文官總理，巴基斯坦第一次軍政府時代結束。
但是就在僅僅五年之後，1977年前陸軍總參謀長齊亞·哈克再度發動軍事政變，施行軍法管制，部分暫停實行憲法，將大權收歸總統，開啓了第二次軍政府時代，總統權力又一次壓倒總理。
1985年在齊亞·哈克準備還政與文官政府，但是在他的推動下，巴基斯坦通過了憲法第8修正案，授予總統解散國民議會和聯邦內閣、任免軍隊首腦和法官的權力，巴基斯坦成為半總統半議會制國家。
1988年齊亞·哈克因為空難逝世，文官政府徹底接管權力，總理重新成為巴基斯坦的政治中心。
（齊亞·哈克）
到1997年4月，時任巴基斯坦總理謝里夫政府在議會通過憲法第13修正案，取消總統解散國民議會和聯邦內閣的權力，並將解散省議會和省內閣、任免省督、三軍參謀長和參聯會主席以及最高法院法官的權力歸還到總理手中。
不過文官政府的舉動很快便遭到了軍人的反制。
1999年10月，時任參聯會主席兼陸軍參謀長的穆沙拉夫發動軍事政變，宣佈解散總理謝里夫政府，暫停實施憲法。穆沙拉夫同時解散國會，併成立了國家安全委員會和有自己統領的內閣，他自任國家首席執行官。
2001年6月20日穆沙拉夫宣誓出任巴基斯坦總統。2004年1月1日，穆沙拉夫通過了國民議會、參議院和四個省議會的信任投票，其總統的地位得到確認，任期至2007年11月。
（穆沙拉夫）
在穆沙拉夫執政期間，他頒佈了憲法第17修正案，重新擴大了總統權力，總統再度成為巴基斯坦的最高實權掌握者。
雖然穆沙拉夫的奪權頗受西方的非議，但是在他上台後，他進一步加強與美國合作，支持小布什政府的反恐戰爭，為美軍攻打阿富汗提供軍事基地和後期保障，因此獲得了美國的大量援助。而在此期間，巴基斯坦也成為美國“非北約主要盟國”。同時，穆沙拉夫也繼續保持與中國的友好傳統，中巴兩國在軍事上的合作不斷深入。此時的巴基斯坦同時獲得兩個大國的支持。
穆沙拉夫的執政一直持續到2008年，最後迫於國內壓力辭去總統職務，並於次年出國“自我流放”，此後他一直住在倫敦和迪拜。隨後總理吉拉尼上台，成為巴基斯坦的新掌舵人。
2010年4月，巴基斯坦議會通過總理吉拉尼推動的憲法第18修正案，廢除了穆沙拉夫頒佈的憲法第17修正案，取消總統解散議會的特權，同時宣佈解除總理不能擔任三屆的禁令，總統的諸多權力將被轉移至總理和議會。
同年12月22日，巴基斯坦議會又一致通過憲法第19修正案，賦予總理任命高等法院和最高法院法官一定的決定權，並由總統對決定結果進行最終認可。
到2012年2月20日，巴議會通過憲法第20修正案，取消了由總統任命看守政府總理的權力，改由總理和反對黨領導人協商確定。至此，巴國總理又回到了權力的巔峯。
穆沙拉夫在下台後前往英國避難，2010年他在英國組建新政黨“全巴基斯坦穆斯林聯盟”，仍舊希望返回巴基斯坦政壇。
2013年3月，穆沙拉夫在得到不會被逮捕的承諾後返回巴基斯坦。但是就在他回國之後，他立即被安全部門帶走。隨後巴基斯坦檢方對他發起了謀殺、叛國等多項指控。
2016年3月16日，因穆沙拉夫身體原因請求保外就醫，巴基斯坦最高法院同意穆沙拉夫的出國就醫申請，撤除對他的出國限制。兩天之後，穆沙拉夫乘飛機前往阿聯酋迪拜就醫。