對於毛利夫婦分居的原因，目前最官方的一種説法就是在柯南劇場版《第14個目標》一話彩蛋處出現的“廚藝分居論”。
大致內容就是因為妃英理忍着傷痛為小五郎做了晚餐，小五郎不但沒有感激反而還斥責飯菜不好吃，其實這裏的小五郎之所以會發脾氣是因為怕英理累着，想讓她快去休息。而英理卻“誤會”這是嫌棄自己的廚藝不好，認為這個男人不解風情和感恩，然後一氣之下便選擇了離家出走。
老實説，對於這個“廚藝分居論”我個人感覺並不是太有説服力，先不説理由動機上的單薄，就單單對於妃英理這個角色的形象上也會造成蠻多不好的影響，難道就因為丈夫無視了下自己的心意，然後就一氣之下拋下自己的女兒小蘭近10年，這明顯不是一個正常母親會去做的行為，所以對於“廚藝分居”這個理由，我個人比較傾向於是一種多年積累矛盾爆發的一個導火索，而非根本原因。
既然把“廚藝不好”作為矛盾主因並不合適，那麼造成毛利夫婦分居的真正原因又是什麼呢？我個人的答案是生活及價值觀上的衝突，
作為柯南本劇中為數不多的“女王”角色，妃英理從小就是一個擁有強勢個性的女性角色，這也就暗示了她的內心深處可能會有一個充滿了“抱負與野心”的精緻價值觀，相反的我們的毛利小五郎則顯得比較隨意世俗很多，在他的觀念裏，努力賺錢讓家人過上更好的生活就好了，並沒有太多其他太遠大的理想。
當擁有兩個不同價值觀的人生活在一起時，也許愛會讓這份矛盾有所緩減，但是卻無法從根源上消除矛盾的存在，除非有人完全做出犧牲或妥協，放棄自己恪守的價值觀理念，否則只會是大問題沒有，小問題一堆的情況。
對於這一點內容的理解，我們可以從小五郎與妃英理每次見面時各種相互嫌棄的對話中有所瞭解，這些看似簡單的拌嘴，其實裏面所説的內容就是彼此之間生活上的矛盾與問題，比如説在TV版《嫌疑犯是毛利小五郎》一話中，毛利蘭在追出門挽留母親英理的時候就曾説過這麼一句台詞“爸爸只要每次一喝醉酒，就是那副德行嘛，這點你最清楚啊。”而至於小五郎到底是什麼德性，我覺得大家應該都清楚吧，你能想象一個精緻女王與一個邋遢酒鬼一起的場景嗎？
所以相愛歸相愛，不同觀念下的矛盾卻也是不爭的存在，當這些累積到了一個點後最後就只剩下爆發了。
不知道大家有沒有想過這樣一個問題，為什麼當時妃英理選擇離開家分居，毛利小五郎卻並沒有太大的反應，更沒有出現什麼“你死我活”極端情緒，反而就很平常的接受了。
對於這個問題，我個人覺得答案就在“青梅竹馬”的默契上，就如在劇場版《第14個目標》中妃英理説知道小五郎向她射擊是為了救自己，因為他們是夫妻，同樣道理的，我們是不是可以把這點也套用在毛利小五郎身上。
假設一下，如果小五郎其實也覺察到了自己與英理之間的矛盾已經越來越多了，而他自己現在卻沒有一個很好的解決之道，再或者説他發現了英理的內心還有屬“抱負與夢想”，那麼作為一個深愛着對方的人，你覺得小五郎會選擇自私的繼續束縛英理呢？還是會藉機讓她有屬於自己的天空呢？
這個其實沒有什麼官宣的資料可以參考，只是我的個人設想，也許現在的分居生活原本就是毛利小五郎與妃英理在某種程度上的情感默契呢？
至於為什麼這麼多年了兩人還沒和好，我簡單的總結下大概就3個主要原因吧。
①作者青山老師感覺他們之間的矛盾還沒有完全尋找到解決之法，所以還需要時間去磨平，也有可能就是為了拖劇情，畢竟現在能留給他繼續發揮的“青梅竹馬”組合已經不多了
②一對“歡喜冤家”之間的相互傲嬌，誰都不肯率先向對方認錯，這裏尤其指妃英理，雖然每次表現出來的都是想原諒小五郎的，可真當小五郎在泳池邊認錯要求請求她回家時，又裝傻充愣，我個人評價“太作”了。
③劇情需要，如果妃英理要是回來了我們的柯南怎麼辦，他繼續寄宿就會尷尬了，暴露身份的機率也變高了。
以上便是我個人對於毛利夫婦“分居”原因的幾個理解與想法，其實妃英理和毛利小五郎都太愛對方了，但他們也太瞭解彼此了，所以在面對生活細節及觀念上的短時間無法克服的矛盾時，他們有了一種特殊的“默契”，那就是將這個難題交給時間，與其讓層出不窮的小問題消磨了彼此的情感，還不如讓時間去磨平矛盾，這也是一種愛。
可能這也是作者想要表達的一種解決情感問題的方式，有時候逃避並不是懦夫的表現，它可能為了你爭取更多思考和解決問題的時間，這裏祝願毛利小五郎早日吃上妃英理的“黑暗料理”。