台產疫苗二期臨牀試驗尚未完成，民進黨當局卻已採購1000萬劑。面對種種質疑，防疫指揮官陳時中反覆改口更增添了島內民眾的疑慮。
台灣《中國時報》6月1日稱，民進黨當局計劃自產疫苗不須經三期臨牀試驗即給予緊急授權，並提供給民眾接種。防疫指揮中心指揮官陳時中5月31日辯解稱，目前市面上知名疫苗如莫德納、輝瑞等第三期試驗也未完全做完。不過有島內網民翻出境外網站數據質疑稱，莫德納二期臨牀試驗做了9次，光前7次就有8200多人，BNT更做過13次二階段試驗，對象超過1萬人。陳時中6月1日又改口稱，國際疫苗當初在申請緊急用户許可證時，是完成完整的第二期，“但我也説過大家都做了第三期”。民進黨還為他辯護稱，根據媒體向全球疫苗官網查證的數據，莫德納二期試驗目前僅有一組660人完成收案，證實陳時中所説數據“確實無誤，還給指揮中心公道”。
對此，台大醫院感染科前醫師林氏璧稱，陳時中沒有説清楚的是“人家是第三期已經做到一定程度，有了初步成果才給緊急授權”。國民黨“立委”賴士葆6月1日稱，陳時中説這些國際級疫苗“沒做完第三期”，很容易讓大家誤解為“沒做第三期”，這兩者有天壤之別。如今高端、聯亞是連第二期未完成、第三期都沒做，與莫德納、德國BNT做第三期是“天與地的差別”。對此有評論批評稱，“好一個‘尚未完成三期試驗’……‘已核准’到底是在二期結束，申請三期之際，還是快結束要收尾，距離終點只有一步距離時”，要求陳時中説清楚時間點。
親綠的美麗島電子報董事長吳子嘉直言，陳時中現在的任務就是要讓自產疫苗上線，而這背後涉及龐大利益。據台灣《新新聞》雜誌披露，高端疫苗備受民進黨當局的“特別關愛”，蔡英文上任以來已兩度親自視察高端疫苗公司；前“副總統”陳建仁夫婦也接受高端疫苗第二期老年組的人體試驗，因為陳和高端試驗計劃召集總主持人林奏延熟識。在他們的“加持”下，高端疫苗從今年年初到現在股價暴漲了10倍，儘管大盤下跌，高端卻逆勢連續漲停多日。“中廣”董事長趙少康和前“衞生署長”楊志良接連批評蔡英文幫高端疫苗炒作股票。相較之下，聯亞生技股票並沒有上市，聯亞疫苗的人體臨牀試驗執行醫院是台“三軍總醫院”，召集人為感染科教授張峯義，張曾在2003年“非典”流行期間擔任“衞生署疾管局局長”。文章稱，選擇要打哪支疫苗是一門政治學。島內盛傳高端疫苗是“綠營高層”加持，聯亞疫苗是有“非綠專家”的擁護。只是台灣疫情正在持續，自產疫苗要等到7月底緊急授權上市，台灣有辦法等那麼久嗎？