距離開幕還有半年之際，東京奧運會再生變故。因公開發表歧視女性言論，83歲的森喜朗迫於壓力於12日宣佈，從即日起辭去東京奧組委、東京殘奧組委主席職務。
2014年，森喜朗被時任日本首相安倍晉三任命為東京奧運會和殘奧會組委會主席。此次，森西朗被迫辭職，是因為他在公開場合發表了歧視女性的言論。在2月3日進行的日本奧委會臨時評議員會上，森喜朗表示：在有很多女性的理事會里，會議要花很長時間。女性有強烈的競爭意識，假如一個人舉手發言，其他人可能會想自己也必須要説些什麼，這樣每個人都會發言。他還表示，若參會女性增加，需要在一定程度上控制發言時間，否則就很難結束。
森喜朗的這一言論被認為涉嫌歧視女性，當即就有批評的聲音要求他辭職。事件發生一天後，森喜朗就在記者會上道歉並表示撤回該言論。日本首相菅義偉也表示，森喜朗的這番言論“不該發生”。對於要求森喜朗辭職的聲音，菅義偉表示“奧運應在諸多理解和歡迎之下舉辦”。
2月9日，390名志願者表示將退出東京奧運會的服務隊伍，還有兩名火炬手放棄了參加火炬接力的機會。東京奧組委的問詢中心收到大量質疑電話和相關郵件。同時，國際奧委會發表聲明，指責森喜朗的不當言論，“東京奧組委主席最近的言論是絕對不合適的，也與國際奧委會的承諾以及《奧林匹克2020議程》中的改革方案相悖”。
東京奧組委在2月10日發表聲明稱，森喜朗已就歧視女性的言論表示了“最深刻的道歉和悔恨”。奧組委12日召開特別會議，所有高管對他的言論進行內部討論。日本三個在野黨達成一致，敦促菅義偉首相要求森喜朗辭去東京奧組委主席一職。森喜朗在奧組委召開的特別會議上宣佈了辭職的聲明，他説：“我的不當言論造成了很大的混亂局面，我希望從今天起辭去主席職務。”
此前據日本媒體報道，84歲的日本足壇名宿川淵三郎最有可能接替森喜朗擔任奧組委主席職務，川淵三郎本人在接受採訪時也同意就任。但反對者表示，川淵三郎是森喜朗一手指定的繼任者，並且再次讓一位高齡者擔任奧組委主席，顯然是閉門操作。有報道説，迫於壓力的川淵三郎已經否認了接任的可能性。
按照東京奧組委的計劃，奧運會測試賽將在3月4日重啓，奧運會火炬接力也將在3月底開始。川淵三郎此前曾表示，如果正式當選主席，將盡其所能讓東京奧運會成功舉辦。
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