據共同社6月17日報道，“陸基宙斯盾系統”部署計劃停止給日本安倍政府擺出難題。報道稱，正因為是在幾度迷失方向後急轉直下做出的決定，在自民黨內部也引起很大波瀾。日本防衞省忙於平息事態，圍繞如何處置鉅額購買合同的對美磋商以及彌補部署計劃的新導彈防禦系統構築工作也接踵而至。由於均涉及日美防衞合作的核心，如果走錯一步，就有可能使對美關係惡化，令政府陷入困境。
“為什麼防衞相河野太郎不來？發表以後就完事兒了嗎？”16日早上，在日本自民黨總部緊急召開了國防小組等的會議，與會議員的怒吼響徹走廊。
河野12日與首相安倍晉三在官邸會面，就停止部署計劃徵得同意。16日現身自民黨內部會議的是防衞副大臣山本朋廣，精通國防領域政策的議員憤然表示：“這樣是跟在野黨一樣的對待。”日本防衞省方面只能不停道歉。
另一方面，要求放棄部署計劃的在野黨方面則傳出歡迎的聲音。來自部署候選地秋田縣的議員寺田學（無黨派）在眾院審議中評價稱這是“英明的決斷”。
報道稱，關於停止部署計劃，河野曾下絕密指令稱“一概不準讓任何人知道”。河野得知圍繞陸基宙斯盾的技術性問題無法解決是在5月下旬，暗自下定決心的河野甚至沒有告訴副大臣，僅有部分人知情。據分析，原因在於如果動向提前暴露，以“日美導彈防禦合作將被推翻”為由，美方等必定謀求重新探討。日本防衞省消息人士苦着臉説道：“知曉此事是在發表當天早上。”
同意停止部署計劃的安倍對身邊人士坦言“陸基宙斯盾難度太高了”。河野也在發表後向周圍人員透露稱“這是或許會被推翻的決斷”。
河野曾參與行政改革的經歷似乎也構成了計劃停止的背景，他在16日的眾院審議中重申一貫主張稱：“行政並非全部正確。有錯誤就必須停止。”
報道稱，日本政府今後還將面對與美方磋商這一道門檻。有關陸基宙斯盾系統，日本政府已與美方簽署了約1800億日元（約合人民幣119億元）的合同，對方或將要求違約金等。如果談判陷入困局，不能排除負面影響波及日美關係整體的可能性。日本首相官邸消息人士擔憂稱：“駐日美軍駐留經費談判在即，時機很不好。”
另一方面，日本政府內部也存在就技術性問題追究美方責任的聲音，如果傳到美方耳中，或導致美國政府和相關企業態度變得強硬。
隨着計劃的停止，探討新導彈防禦網成為當務之急。這是由於由於海上自衞隊以宙斯盾艦為中心的作戰模式存在極限。日本過去曾探討引進美軍最尖端導彈攔截系統“薩德”（THAAD），但與陸基宙斯盾一樣都需要龐大的預算。自民黨內部，認為“應擁有不讓對方發射第2枚以後導彈的反擊能力”等，有關對敵基地攻擊能力的討論迅速復燃，安倍政府內部的防衞爭論也驟然升温。