雖然是萬乘之尊，可命運還是公平地懲治了他的放浪行為，他死時幾乎全身潰爛，惡臭遠播，人人敬而遠之，他空洞而絕望的眼中滿含眼淚。他是中國歷史上唯一一個死於性病的皇帝，他的死是大清皇朝一段羞於啓齒的瘡疤，也是他荒淫生活的一個總結，卻是慈禧重掌朝政的一個契機。
同治帝的放浪形骸很快受到懲處，他有輕微的淋巴結腫大和下體紅腫現象，可他不以為意，也羞於啓齒，照樣行為詭異地周旋於皇宮和花街柳巷，大約三週左右，病毒已經侵入他的五臟六腑。直到同治十三年(1874)十月二十一日，同治帝駕幸西苑時受涼，剛開始只是身體有些不適，一兩天後病情加重，卧牀不起，太醫們全體出動，集體會診，可大家各執一詞，難有定論，由於病情惡化較快，御醫們必須輪流值守，以備不時之需。十天後的一個午後，同治帝的病情突然加重，四肢無力，渾身痠軟，發熱頭眩，皮膚上出現沒有凸起的疹形紅點。慈禧大驚失色，難道是天花?順治帝因天花而英年早逝，康熙帝因得過天花而被選為皇嗣，大清朝對天花已經產生了強烈的恐慌心理。太醫不敢言明，其實他們早已明白，這是比天花更可怕的病——梅毒。這種通過性傳播的疾病根本沒有治癒的可能，而且死相悽慘。慈禧下令施以治天花的藥物，氣急敗壞的同治帝對着母親吼道：“朕根本沒得天花，你存心置朕於死地!”御醫們滿腹狐疑，卻不敢多言，只是照慈禧之命行事。
皇宮不會把這種讓大清國蒙羞的事公諸於眾，兩宮太后對外宣稱同治帝得了天花，皇宮忙着送痘神娘娘。慈禧命令將痘神娘娘迎到養心殿，宮內鋪上紅地毯、貼上紅對聯，營造出一片喜氣。兩宮太后整日叩拜祈福，期望痘神娘娘早點將撒下的天花收回，供奉三天後，又舉行了隆重的送別儀式，恭送痘神娘娘於大清門外，用紙紮的龍船、金銀玉帛舉火焚燒，使痘神娘娘在飛騰的烈焰中昇天而去，由此帶走同治帝滿身的水痘，平安度過劫難。同治帝並未得到痘神娘娘的神佑，同治帝身上的疹形紅點開始化膿，朝廷內外心急如焚。幾日後，兩宮太后一起到景山壽皇殿祈求祖先神靈賜福，保佑兒子平安無事。
此時的同治帝已經無力再處置朝政，可放眼百官臣僚，個個以太后馬首是瞻，值得信賴和託付的人幾乎沒有，他權衡再三，將閲折權和批折權完全交給了帝師李鴻藻和親王奕。皇權下移必然引來風波，李鴻藻和奕自知深處險境，有意謙退，以免惹火燒身，一時出現了權力真空。退居幕後達一年之久的慈禧早已按捺不住內心的狂喜，她不能坐視大權旁落，她要到前台來，二度垂簾聽政，怎樣才能不着痕跡，讓大臣們心服口服地請她到前台主持朝政?這需要一番精心準備才行。不久，由她導演的一場好戲即將上演。
十一月初八上午，兩宮太后在同治帝御榻前召見了軍機大臣和御前大臣，慈禧持燭讓大臣們瞻仰聖顏：同治帝容顏憔悴，目光微露，身上佈滿紅色斑點。所有大臣都明白了一個事實：同治帝的病是短期內治癒不了的。從同治帝寢宮出來，兩宮太后請大臣們就政事裁決拿個妥當主意。大臣們立即心領神會，一齊請求太后以天下事為重，再度垂簾聽政。慈禧暗喜，一切如她所願，可她覺得這還不夠，她要讓大臣們覺得非她不行。當天下午，太后再度在同治帝御榻前召集羣臣。同治帝氣色稍有好轉，聲音飽滿有力，可臉上紅疹迭起，個別處還有膿汁溢出。大臣們再度面請太后代閲一切奏摺，慈禧稍示推託，大臣們再請。同治帝此時已焦躁不安，親政一年，還未享受到唯我獨尊的滋味，大限之期就要到了，他心有不甘，卻萬般無奈，此時他如萬箭穿心，只求大臣們快快退出，他將佈滿紅疹的手高高舉起，讓大臣們看個清楚。大臣們雖不願再次女主臨朝，可事已至此，他們不得不再提垂簾聽政的請求，慈禧再次忸怩作態，假意勉為其難地接受了大臣的請求。跟兒子爭了一年多的至高皇權再次回到她的手中，慈禧的心中只有掩飾不住的得意。
十一月二十日，同治帝的病情似乎得到了緩解，紅疹逐漸消失，潰爛處也開始結痂脱落，但太醫稱“餘毒未盡”，其中的潛台詞不言自明。同治帝依然動彈不得，全身劇痛，腰腹部紅腫，不久病情來得更加兇猛，腫處潰爛，潰爛處越來越多，膿血流出體外，惡臭漸漸散佈整個宮殿。太醫們用“外用拔毒膏”反覆擦拭，膿腫處不斷增多，不斷擴大，從腰腹到四肢，到頭部……毒性蔓延全身，膿腫也隨着蔓延全身。太醫們還在用天花的藥物，當然這是慈禧吩咐的。慈禧依然對外宣稱同治帝得的是天花，只是病情漸重的消息，她都會直言不諱地通報羣臣。同治帝漸漸精神不濟，連坐起來都困難了，大臣們也漸漸失去了信心。
自從同治帝病倒以來，失去了保護傘的皇后處境更加兇險，慈禧指責皇后不賢德，將皇帝的病和荒廢政務全歸罪於她，宣佈未經她的允許不準皇后靠近皇帝一步。皇后委屈，但無處可訴。聽説平日相敬如賓的同治帝病毒已侵佔五臟六腑，因餘毒的蔓延，同治帝連牙齦都呈黑褐色，皇后擔心同治帝熬不過這場劫難，可咫尺之遙卻無緣見面。皇后費了千辛萬苦，買通了太監，終於得到一次偷偷探望的機會。皇后走向同治帝的寢宮，當她見到病榻上的丈夫時，雖然已有心理準備，可她還是嚇了一跳，同治帝就像一隻爛透了的桃子，滿目瘡痍。夫妻四目相望，淚濕雙頰，雙手相握卻一時相對無言。同治帝怨恨母親已不是一天兩天的事了，這次生病，母親的態度更讓他傷心透頂，他還期盼自己有康復的那一天。他試圖拭去皇后臉上的淚珠，可他舉手無力，只是用力握住皇后的手，勸慰皇后：“你暫時忍耐，總有出頭的日子!”
説者無心，聽者有意，這短短的一句話卻被慈禧的耳目聽到了。
慈禧正處理完朝政回宮，聽到宮人的報告早已怒不可遏，衝到皇帝的寢宮，揪住皇后的頭髮，迎面就是一個耳光。同治帝氣得癱倒在牀上，雙手握拳，滿面紫紅，卻喊不出來。皇后一向小心翼翼，不敢忤逆慈禧，一時受了這樣的責罰，也不知如何應對，情急之下説了一句：“哀家是從大清門進來的，請給媳婦留一點體面。”慈禧自己是偏妃出身，一直引以為憾，皇后的話無疑揭了她的傷疤。大清門進來的就要高人一等?慈禧要給這個不知天高地厚的媳婦一點顏色瞧瞧。慈禧叫人立即杖責皇后。刑不上大夫，何況是母儀天下的皇后，杖責在宮中是隻對出身低賤的宮女和太監才會用的刑，現在卻要用到皇后身上。皇后哭喊開來，同治帝聞訊卻無力阻止，氣得一時暈厥過去，御榻前一陣慌亂，慈禧這才下令免了皇后的刑罰。到了這份上，母子關係早已蕩然無存，兒子的病已回天乏術，慈禧也不再憐惜他，她不會讓他再折騰，她必須把皇權牢牢掌握自己手中。
同治帝的病已經到了秋末葉落的時候了，經過這番驚嚇愈發衰弱，已經是朝不保夕了，他必須保全皇后。同治帝設法支開所有的侍從，偷偷傳來皇后和師傅李鴻藻。同治帝擔心自己死後，母親會從皇族中擁立一個年幼的孩子，繼續執掌朝政，便命李鴻藻擬遺詔立已經成年的多羅貝勒載澍為皇太子。
洋洋數千言的遺詔草稿擬好後，同治帝命李鴻藻回去好生潤色，第二天拿出正式文本來見自己。
臨終受遺命，李鴻藻明白這其中的分量，他也想念及師徒情深。他一宿未眠，反覆掂量，權衡利弊，第二天一早還是將遺詔送到了慈禧手上。慈禧看完遺詔後，鐵青着臉，立刻把遺詔扔到了火盆裏，遺詔在火光中灰飛煙滅。
李鴻藻的一去不回，也讓同治帝感到了事態不妙。慈禧對兒子只剩下恨，她下令斷了同治的一切醫藥飲食，所有宮娥太監撤出乾清宮，沒有她的命令不得出入。慈安也想幹涉，只是早已有心無力，既然慈禧連自己的親兒子都下了狠手，自己何必去趟這渾水。同治帝恨自己生在帝王家，他不敢想象慈禧會對皇后下什麼狠手，可他只熬了一天，便懷着對皇后的無限擔心駕崩了，時間為同治十三年(1874)十二月初五，離他過二十歲生日還有將近半年。
慈禧給了他生命，卻又無情地摧殘了他的生命。同治帝一死，慈禧就成了太皇太后，再也沒有理由垂簾聽政了，掌權的應該是阿魯特氏。可如今的慈禧已不是十幾年前的懿貴妃了，翻手為雲、覆手為雨的伎倆，慈禧已練到了爐火純青的地步，她不會允許皇權就這樣離自己而去。
同治帝一死，慈禧把這麼多年來母子間的、婆媳間的積怨全部發泄到阿魯特氏的身上。阿魯特氏得知同治帝駕崩後哭得死去活來，終日以淚洗面，可慈禧不讓她到靈前拜祭，不讓她出宮中半步，她在大臣們面前就像憑空消失了一樣。崇綺痛心疾首，卻對女兒的處境愛莫能助。阿魯特氏私下派人去詢問父親的意見，他送給女兒一個空食盒，暗示要女兒絕食而死。
阿魯特氏明白，自己是婆婆掌權的一個絆腳石，慈禧不會給她活着的機會……連父親都來催她上路了。阿魯特氏並不怕死，可她發現自己已經懷上了同治帝的遺腹子。萬一是個阿哥，同治帝不就有後了?一個母親的護子天性讓阿魯特氏變得堅毅而決斷，她盡力吃下所有能得到的食物，盡力掩飾自己懷孕的事實。可皇宮實在太小，任何微小的變動都逃不過慈禧的法眼，很快慈禧也得知了她嘔吐的跡象，這是一個危險的信號，慈禧已經被權欲衝昏了頭腦，哪怕自己唯一的孫子也不行，只要是阻擋她攬權的障礙，她一個不留。慈禧乾脆斷了阿魯特氏的飲食，兩個月後，阿魯特氏才吐出了胸中的最後一口怨氣，帶着未出世的孩子離開了人世。
既然她已經不能對慈禧的垂簾聽政構成任何威脅了，慈禧也賞賜她一點點哀榮來顯示自己的寬宏大量和不計前嫌，她封她為“嘉順皇后”，下諭旨表彰她為夫殉節的壯烈之舉。慈安是在咸豐帝駕崩的當天封為太后的，慈禧是在咸豐死後第二天封為太后的，而同治帝已經死了七十五天，這位從大清門進來的皇后卻連一個太后的封號都沒有。慈禧專門為已故的同治帝皇后下了兩道懿旨，來表彰她的嘉德懿行，還將她與同治帝合葬在惠陵地宮，他們終於可以不受太后的干擾同穴而眠了。
同治帝和皇后的死不過是皇宮裏的一個插曲，很快波平浪靜。當一切煙消雲散，當夜深人靜時，慈禧還是會懷念兒子，會心痛兒子的英年早逝，時常跟慈安聊起兒子的頑皮和可愛，不過那都是他童年的故事。
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