壓迫新四軍，“設法使其與中央部隊自相火併”
1940年末，鑑於兩軍摩擦甚多，國民政府命新四軍在1940年內撤往黃河以北之冀、察兩省。至1941年初，國共軍隊遂在皖南發生劇烈衝突，是為“皖南事變”。關於事變之前因後果，學界已有較充分之研究。唯日軍在該事件中扮演了何種角色，似鮮少被言及。
就事變發生之前而言，在新四軍方面有一種很大的憂慮，即認為國軍有可能借日軍之手消滅自己。
如1940年12月，劉少奇、陳毅在給毛澤東的電報中説：“我江南部隊準備即日北移，因國民黨人大肆宣傳，致敵已增兵封鎖掃蕩，渡江困難，而李品仙又派三個師……聲言要消滅新四軍於江北……”後來的軍史更將這種憂慮“坐實”為國民政府的“陰謀”：“在新四軍正欲開動之際，他們故意泄漏新四軍北移時間和北移路線，實際上不啻向敵人告密，使日軍在新四軍北移路線上加強了封鎖。”並指“國民黨頑固派精心策劃的陰謀”，是要“同日偽軍夾擊消滅”新四軍。
但在國民政府方面，其對日軍的擔憂，與新四軍大不相同。據1940年12月蔣介石侍從室獲得的一份日軍情報，“滬敵軍部參謀長櫻井”晉見中國派遣軍司令官西尾壽造，曾商議壓迫新四軍的計劃，“對散駐京滬杭地區之新四軍，決迫其向皖南退卻，並設法使其與中央部隊自相火併”“對散駐長江北岸皖豫邊境之新四軍，決動員第一五、第一一六等師團之一部兵力進襲掃蕩”。換言之，日軍更願意通過壓迫新四軍，造成其與國軍火併的態勢。
1939年，周恩來(右三)在皖南新四軍軍部與葉挺(右一)等合影。
依據國軍經驗，日軍掃蕩有周期可循，通常每季度一次。國軍要進攻新四軍，就必須抓住兩次掃蕩的間歇期。上官雲相在此期間做了如下部署：“第二游擊區抽出第四十師後，其餘各守原防，儘量多控置機動部隊，準備應急使用。第二十五軍的五十二師和一〇八師，各僅留少數的一部對日寇監視守備，抽出主力準備對新四軍作戰。第五十軍的一四四師、一四五師以及新七師之第二旅，各留一部仍歸該軍部指揮，對日寇監視守備，抽出主力由劉副總司令雨卿指揮，準備對新四軍作戰。”可見國軍在“圍剿”新四軍前，對周邊日軍進行了謹慎防範。
有資料説，皖南事變期間，“日寇看到蔣軍防線有隙可乘，曾從南京抽調一部兵力，前鋒到達蕪湖、灣址以南的九里山地區，另有一股由高淳向郎溪(原四十師防區)進擾”。日軍“及至聞悉蔣軍在圍攻新四軍，當又退回原防。”也就是説，日軍並未趁皖南事變發動攻勢。
攻擊國軍，“蔣介石要驅逐華中共產軍去華北，破壞日本利益”
毛澤東一度曾判斷認為，皖南事變之目的，是國民政府想通過“反共”，使日軍停止進攻，“日本會坐山觀虎鬥”，等“拖過幾個月，希特勒就會迫令日本南進，中國就太平了。”
但這種判斷很快就被證明是錯誤的。蔣介石取消新四軍番號後僅僅幾天，日軍就發動了豫南會戰，目標是正在與新四軍對峙的湯恩伯部。緣故之一乃是：在日本陸相東條英機看來，“蔣政權內部打架固然不能抗戰，但日本決不依賴國共糾紛，而是依靠自己力量解決中國事件”“華北是日本的根據地，蔣介石要驅逐華中共產軍去華北，破壞日本利益”。為不使蔣介石得逞，日軍遂決定出兵阻止國軍這一“陰謀”。
同期，中共中央也指示，“必須以長期的游擊戰來堅持華中陣地，決不能退讓，也決不能向華北、華南轉移”。同時命原新四軍彭雪楓、張雲逸、李先念三部“利用日蔣矛盾及目前日寇向豫北、豫西進攻機會”，發展力量。其中彭雪楓“待湯(恩伯)、李(仙洲)、何(柱國)大部向西應戰淮西空虛時，渡過淮河，向淮河、平漢間發展”。“如敵軍打湯、李、何後，移向在大別山集中的桂軍主力進攻，張(雲逸)、鄧(子恢)就可將主要發展方向移至皖西”。李先念的任務則是在鄂西、豫西“隨着日寇的進展向前推進”。
國民政府宣佈取消新四軍番號的做法，也產生了反效果。中共中央命令彭雪楓等“恢復新四軍番號，如將來華北部隊南進，亦用新四軍番號”，同時“新四軍現在是被蔣介石宣佈為叛軍了，他可不受任何法律拘束(國民黨元老中有憂慮浙、贛、皖、豫將遍地皆匪者)。”
簡言之，日軍雖未直接介入皖南事變，但其不可忽略的存在，於事變前，曾嚴重影響了國共雙方的決策;於事變後，更曾竭力阻止新四軍被迫入華北。
依次為袁國平、粟裕、陳毅、王集成、周恩來、鄧子恢、項英，在新四軍雲嶺軍部