在明代歷史中，神宗經常被過度地描寫成一個荒唐、好色、懶散的皇帝。從萬曆三大徵看來，神宗絕不是一個平庸的皇帝。雖然，我們可以説他是好大喜功，但是不要忘了，他在給朝鮮國王的信中始終強調朝鮮要力求自保的事實。實際上，神宗對於每一次軍事行動，似乎都充分認識到其重要性。而且，在戰爭過程中對於前線將領的充分信任、對於指揮失誤的將領的堅決撤換，都顯示了神宗的膽略。當然，神宗的荒怠、好色，也是不容否認的。晚年的神宗，對於朝政的興趣，顯然沒有對斂財的興趣濃厚。在他親政的後20年，他基本上是一個不理朝政的皇帝。因此，萬曆後期朝政的混亂，直接導致了萬曆四十七年(1619)明朝軍隊在與努爾哈赤軍隊的薩爾滸一戰中喪師10萬，從而喪失了明軍對後金軍隊的優勢，間接導致了明代最終被清朝取代的結局。
孟森在他的《明清史講義》內稱神宗晚期為“醉夢之期”，並説此期神宗的特點是“怠於臨朝，勇於斂財，不郊不廟不朝者三十年，與外廷隔絕”。那麼，神宗是什麼時候從一個立志有為的皇帝變成一個荒怠的皇帝呢?又是什麼東西讓皇帝墮落得如此厲害呢?雖然，按照晚明的一位名士夏允彝的説法，神宗怠於臨朝的原因，先是因為寵幸鄭貴妃，後是因為厭惡大臣之間的朋黨鬥爭。但是，學者們也以為，神宗之怠於臨朝，還因為他的身體虛弱的原因。當然，身體虛弱的背後，是酒色財氣的過度。
萬曆十七年(1589)十二月，大理寺左評事雒於仁上了一疏，疏中批評神宗縱情於酒、色、財、氣，並獻“四箴”。對皇帝私生活這樣干涉，使神宗非常惱怒。幸好首輔大學士申時行婉轉開導，説皇帝如果要處置雒於仁，無疑是承認雒於仁的批評是確有其事，外面的臣民會信以為真的。最後，雒於仁被革職為民。在處理這件事的過程中，神宗曾召見申時行等人於毓德宮中，“自辨甚悉”。神宗對內閣大學士們説：“他説朕好酒，誰人不飲酒?……又説朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕只因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉，委的勤勞。……朕為天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財。……人孰無氣，且如先生每也有僮僕家人，難道更不責治?”看來，神宗根本不承認雒於仁的批評。的確，明末社會好酒成風。清初的學者張履祥記載了明代晚期朝廷上下好酒之習：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又無羣飲之禁，至於今日，流濫已極。……飲者率數升，定陵出土的皇后鳳冠
能者無量。……飲酒或終日夜。朝野上下，恆舞酣歌。”意思是説，明代後期對於酒不實行專賣制度，所以民間可以自己製造酒，又不禁止羣飲，飲酒成風。喝酒少的能喝幾升，多的無限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不過是這種飲酒之風的體現罷了。神宗在17歲的時候，曾經因為醉酒杖責馮保的義子，差點被慈聖太后廢掉帝位。這件事他倒是承認。至於説到好色，神宗雖然似乎不及他的祖父，但卻一點也不遜色於他的父親。他在萬曆十年(1582)的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了“九嬪”。而且，神宗竟然還玩起同性戀的勾當，即玩弄女色的同時，還玩弄小太監。當時宮中有10個長得很俊的太監，就是專門“給事御前，或承恩與上同卧起”，號稱“十俊”。所以，雒於仁的奏疏中有“幸十俊以開騙門”的批評。這一點，神宗與當初荒唐的武宗有一點類似。至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了。他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪錢財，他派出礦監、税監，到各地四處蒐括。
酒色的過度，使神宗的身體極為虛弱。萬曆十四年(1586)，24歲的神宗傳諭內閣，説自己“一時頭昏眼黑，力乏不興”。禮部主事盧洪春為此特地上疏，指出“肝虛則頭暈目眩，腎虛則腰痛精泄”。萬曆十八年(1590)正月初一，神宗自稱“腰痛腳軟，行立不便”。萬曆三十年(1602)，神宗曾因為病情加劇，召首輔沈一貫入閣囑託後事。從這些現象看來，神宗的身體狀況實是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下面傳遞。萬曆三大徵中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大徵結束之後，神宗對於大臣們的奏章的批覆，似乎更不感興趣了。所以，神宗荒怠的情形，還真有前後兩個階段：前一階段是不願意上朝聽政;後一階段是連大臣們的奏章也不批覆，直接“留中”不發。但是，按照明朝的制定陵寶城度，皇帝是政府的惟一決策者。一旦皇帝不願處置但又不輕易授權於太監或大臣，整個文官政府的運轉就可能陷於停頓。到十七世紀初期，由於神宗不理朝政，官員空缺的現象非常嚴重。萬曆三十年(1602)，南、北兩京共缺尚書3名、侍郎10名;各地缺巡撫3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的編制，南、北二京六部應當有尚書12名，侍郎24名，這時總共缺了近三分之一。到萬曆四十一年(1613)十一月，南北兩京缺定陵方城明樓
尚書、侍郎14名。地方的行政管理，有時必須由一個縣的知縣兼任鄰縣的知縣。由這樣的情形，我們可以想見萬曆後期政府運作的效率。神宗委頓於上，百官黨爭於下，這就是萬曆朝後期的官場大勢。官僚隊伍中黨派林立，門户之爭日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。整個政府陷於半癱瘓狀態。正如梁啓超説，明末的黨爭，就好像兩羣冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。這樣的惡果，未嘗不是由神宗的荒怠造成的。所以，《明史》對於明神宗的蓋棺論定是這樣表述的：“論者謂：明之亡，實定陵地宮亡於神宗。”
萬曆四十八年(1620)七月二十一日，神宗朱翊鈞病逝，十月葬於定陵。300多年以後，他的墳墓定陵被髮掘。1958年，在考古學大師夏鼐的指揮下，神宗的梓宮(棺槨)被開啓。在厚厚的龍袍下面，掩藏着神宗的屍骨。屍骨復原後的結論是：“萬曆帝生前體形上部為駝背。從骨骼測量，頭頂至左腳長164米。”1966年8月24日下午，“地主階級的總頭目”神宗的屍骨被砸爛、焚燒。這位曾經統治中國48年的駝背皇帝，終於化作一縷青煙遠去。
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