作為世界三大飲料之一，咖啡既深得喜愛又頗受爭議，喜愛源於它是重要的精神激活劑，可提神醒腦，爭議在於它是否會增加心血管疾病與腫瘤的發生風險。
那麼，長期喝咖啡，對健康到底是利，還是弊？
不少朋友喜歡飲用咖啡，或許是留戀於咖啡香醇的口味，或許是為了去除睏倦以提高工作效率，但咖啡有利也有弊，部分人長期飲用獲益匪淺，部分人飲用後適得其反。就神經系統而言，咖啡提神醒腦功效顯著，也可能引起焦慮而失眠，但是利是弊取決於三方面因素，一是飲用咖啡的量，研究顯示每日飲用1-4杯咖啡恰到好處，不建議大量飲用；二是飲用咖啡的時間，作為精神激活劑，飲用咖啡後大腦無疑會處於興奮狀態，但通常在飲用的4小時內作用顯著，因此睡前4小時避免飲用咖啡可減輕對睡眠的影響；三是對咖啡的耐受性，咖啡中的咖啡因是重要的精神活性物質，部分人對咖啡因尤為敏感，即使少量飲用也可能出現心悸焦慮等不適，若因此不耐受，建議夜間避免飲用咖啡。
相比於神經系統，中老年朋友更關心心血管系統。咖啡可刺激分泌多巴胺，多巴胺不僅可收縮血管升高血壓，還可增加心肌收縮力，因此飲用咖啡後血壓會輕度升高，但持續時間通常短暫，部分人飲用後會出現心悸，不過長期飲用可耐受，即便如此，從遠期效應來看，多數研究認為咖啡對心血管具有保護作用，也就是説咖啡可能不會增加冠心病、腦卒中等疾病的發生風險，重點在於適量，而適量的標準如前所述，每日1-4杯即可。同時咖啡還會對胃腸道產生影響，一方面會增加胃酸分泌、鬆弛賁門括約肌，有胃潰瘍、胃食管返流的人羣應慎飲咖啡，一方面咖啡會影響食物中鈣、鐵、維生素B6的吸收，與進餐時間間隔半小時以上可減少影響，老年人由於易出現骨質疏鬆因此應注重鈣流失，若喜愛咖啡，可增加攝入含鈣豐富的食物有利於減輕對鈣的影響。
提到了心血管系統，就不得不提腫瘤。既往有研究認為咖啡會增加腫瘤的發生風險，但新近研究發現咖啡中的部分活動物質具有抗氧化與抗炎作用，這些作用與腫瘤的發生發展呈負相關，同時咖啡具有抗血管生成作用，因此可延緩腫瘤的生長。以肝臟為例，適量飲用咖啡不會增加肝癌的發生風險，反而可降低肝纖維化從而延緩肝硬化，一定程度上可減少肝癌的發生。以結直腸癌為例，相關研究發現每日飲用2-3杯咖啡，結直腸癌患者總體壽命更長，病情惡化風險更低，因此咖啡具有一定抗腫瘤的作用，但這些獲益是建立在適量飲用咖啡的基礎上，因此不建議大量飲用咖啡。當然，腫瘤性疾病的發生與多方面因素有關，遺傳因素與生活方式均參與其中，因此我們不能寄希望喝咖啡來降低腫瘤的發生風險或預防腫瘤。
此外，咖啡對部分代謝性疾病可能會產生正向作用，以高尿酸血癥為例，適量飲用咖啡可促進尿酸排泄，並降低痛風的發生風險，因此高尿酸血癥與痛風患者適量飲用咖啡有益；以糖尿病為例，糖尿病早期血糖升高多由胰島素抵抗引起，而咖啡可增加組織對胰島素的敏感性從而可減輕胰島素抵抗。當然，咖啡畢竟屬於飲料，雖然對部分疾病可發揮一定作用，但僅能作為輔助治療，且咖啡對不同的疾病影響不同，因此飲用咖啡後利弊的權衡因人而異，但總體而言，普通人羣每日飲用1-4杯咖啡利大於弊。需要注意的是，不建議妊娠婦女飲用咖啡，咖啡可進入胎盤屏障並進入胎兒的體循環中，長期飲用可能會降低胎兒體重並增加流產風險。