二妙丸是用於清利下部濕熱的基本方，是由金元時期著名醫家、中醫流派中養陰派的創始人朱丹溪所制，出自《丹溪心法》。
二妙丸組成簡單，就兩味藥——蒼朮、黃柏。
二妙丸是如何發揮清利下部濕熱作用的呢？二妙丸組成簡單，僅兩味藥。
蒼朮是標準燥濕藥，朱丹溪是這樣描述蒼朮的功效的：“治上、中、下濕疾皆可用之。”明確祛濕為蒼朮的核心功用，認為“散風益氣，總解諸鬱”，因此對於濕邪引起的氣機鬱滯，有治療作用，防止濕鬱化熱。《本草衍義》中記載：“蒼朮其長如小指，肥實，皮色褐，氣味辛烈。”因而其具有芳香化濕的特點，濕為穢濁邪氣，芳香藥則能對抗其濁性，這也是中醫芳香化濕的原理。
從現代研究來看，蒼朮揮發油對金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、枯草芽孢桿菌、酵母菌、青黴菌、黑麴黴菌及黃麴黴菌等細菌、病毒具有很好的抑制作用，不流動或流動性較差的水或潮濕環境是這些細菌、病毒生長繁殖的重要條件，這些也能説明中醫芳香化濕的科學內涵吧。
在《本草綱目》中對蒼朮的記載：“能除惡氣，故今病疫及歲旦，人家往往燒蒼朮以辟邪氣。”《本草正義》中記載：“蒼朮，氣味雄厚，芳香闢穢，勝四時不正之氣，故時疫之病多用之。最能驅除穢濁惡氣，陰霆之域，久曠之屋，宜焚此物而後居之。”古人在傳染病流行的時候，常採用燃燒蒼朮來殺死細菌、病毒等微生物，淨化空氣。古代在端午節這天，人們會在家中燻燒蒼朮來驅瘴避穢。這些都是蒼朮芳香化濕功效的靈活應用。
從蒼朮的生長環境來看，出產於江蘇茅山地區的蒼朮質量最優，被稱為茅蒼朮，是道地藥材。茅山地區的氣候具有高温、雨量充足的特點，從理論上來説，藥用動植物的活性成分有些也可能是在逆境條件下產生和積累的，蒼朮在這種環境下生長就有對抗逆境效應，也就是説蒼朮能夠對抗高温、高濕，這恐怕是它用於清利濕熱的重要原因。
方中黃柏用的是樹皮內層，質地柔軟，顏色鮮黃。黃柏的根結成球塊狀，狀如松樹下結成的茯苓一般，從本草理論來看，植物的根結成球結塊狀，它的能量走向必定下行，且黃柏味道極苦，性寒，能將在下、在內鬱結的火清解。古代本草書中也多次提到黃柏“去火最速”“降火能自頂至踵，淪膚徹髓，無不周到”，這些都是突出它的降火能力。
黃柏還是非常有名的治療口瘡的要藥，也是用了它的降火之性。黃柏色黃，具有“土”性，土能勝濕，因此黃柏具有祛濕的能力。古人很早就運用了黃柏祛濕、殺菌防蟲（因為濕性濁）的特點。比如古人寫字的紙為了防止蟲蛀，多用黃柏染成，所以這種紙就略帶黃色，被稱為“黃紙”。
20世紀70年代，在山西應縣佛宮寺釋迦塔塑像內發現的遼代檔案及在敦煌出土的傳世檔案，雖歷經千載，但仍保存完整。這些紙質檔案能保存至今，與其使用的書寫載體——黃紙，密切相關。古代重要的文件都喜用黃紙書寫，比如在《三國志》中記載：“帝納其言，即以黃紙授放作詔。”採用黃紙運用的就是黃柏祛濕化濁的功效。
中醫理論中有“腎欲堅，以苦堅之”“腎苦燥，急食辛以潤之”的説法，而黃柏味苦能堅腎，微辛能潤燥，符合腎的生理需求。且黃柏其氣下行，腎居下焦，故古人認為黃柏是腎經主藥。
濕邪具有趨下特點，容易影響下焦，當下焦的腎為濕邪或濕熱邪氣侵擾時，就會影響腎的“封藏”能力，造成腎失封藏而引起腎的“不堅”。具體來説，若影響腎氣的封藏，就會出現腹瀉、痢疾、便血、痔瘡、下肢部痿軟無力、小便淋濁、男子遺精滑精及女子白帶等症狀。黃柏因具有清熱祛濕、加強腎氣封藏的能力，所以是下焦濕熱病證的首選藥之一。
二妙丸是清熱燥濕的基礎方，凡是有濕熱的患者，均可以其為基礎用藥。後世在此基礎上，製出了很多衍生方，其中最著名的是四妙丸，是專門用於“濕熱下注，足膝紅腫，筋骨疼痛”的濕熱痿痹方藥。
四妙丸出自《成方便讀》，它是在二妙散的基礎上加入懷牛膝和薏苡仁，共四味藥，故名四妙丸。四妙丸中懷牛膝的運用，一方面是牛膝能引諸藥下行，故牛膝在本方中也作為身體下部疾病的引經藥。植物的根大多數橫生側根發達，而牛膝的根莖獨直下，且長細而堅韌，古人認為它酷似人筋，所以能舒筋通脈。
四妙丸主要針對的痿證與痹證都屬於筋節間病，濕邪趨下，濕邪浸淫筋節為病，發為痹證，濕熱燻灼筋節為病，發為痿證。另一方面，牛膝的命名，與它的外形有關，它的莖有節鼓起，形如牛之膝。通常認為牛多力，比如我們俗話中就有“九牛二虎之力”的説法，可見牛膝的命名中也藴含着古人認為它具有滋補肝腎、強筋健骨的作用。
與之類似的是在我們的膝蓋外側有一個專門用於強身健體的穴位，名為犢鼻穴，所謂的犢鼻就是小牛的鼻子，這種命名方法與牛膝的命名有異曲同工之意。膝為“諸筋之府”，中國武術認為“腰力發於腿，腿力源於膝”，顯然膝蓋與筋骨的發力有很大關係，而牛膝既可以用於濕或濕熱侵擾筋節的痿證、痹證，又可以強健筋骨，使得筋骨功能恢復正常。
薏苡仁也可以算得上家喻户曉的祛濕名藥了。濕邪侵襲筋脈，會使得筋脈脹大，通俗來説就是泡脹了。具體來説，大筋會出現橫脹，筋脈狀態軟短無力，而小筋則表現為伸長而且無力。熱邪侵襲筋脈，也會引起筋脈縱弛無力。薏苡生在水田中，作穗結實於插禾之前，但採收卻在收稻之後，在濕熱環境下生長，具有抵抗濕熱之功。且生長週期很長，古人認為它能治療積漸之病。濕邪具有黏滯之性，病程長，且其浸淫侵襲筋骨引起的痿證、痹證，也是一個漫長的發病過程，用薏苡仁是非常恰當的。
那麼，在什麼情況下，可以使用二妙丸或四妙丸呢？一般來説，二妙丸的功效是清熱燥濕，適於一切濕熱證，是一個基本方，而四妙丸是治療濕熱痿證、痹證的主要方劑。