電影《沉默》在一片朦朧的迷霧中開場，陰鬱沉悶的氣氛揭示了電影沉重的主題。故事發生於17世紀日本，講述了葡萄牙神父到日本從傳教到棄教的一個過程。故事雖然簡單，但過程艱難而令人震驚。
導演馬丁·斯科塞斯用影像化的效果呈現了《沉默》的原著，因而電影含有諸多導演的個人思考。對於作為基督教徒的馬丁·斯科塞斯來説，也許他就像電影中的神父那樣，在不斷掙扎徘徊中思考信仰的含義，而他通過電影的故事也表達了他的信仰告白。
值得關注的是，17世紀的世界格局在不斷髮生變化。伴隨宗教符號的輸出，不同的文化也在輸出。那麼從根本上講，電影中的苦難歷程其實也揭示了兩種文化的碰撞;表現着東西方文化差異之下的衝突。
基督教文化
影片《沉默》是一個有關於信仰的故事。電影開始的閃回呈現了費雷拉等神父因傳教而被日本政府迫害的畫面，他們忍受折磨堅持信仰;兩位神父也同樣遭受着精神肉體雙重打擊，依然堅守信仰，併為當地百姓受洗禱告。因此首先需要了解的正是基督教文化存在的內涵。
對於基督徒來説，基督教文化的核心是《聖經》，即神的話語。它藴含了基督教文化的所有哲理思想，同時也包含了基督教的教義。
電影通過讀信方式的畫外音切換着敍事視角。在羅德里格茲神父讀信的時候，他引用了許多《聖經》記載的內容;而他正遭受着痛苦與困境。因此這一層語境暗示了神的話語就是他堅守信仰的信心所在;也説明了教徒遵從《聖經》的必然性。
在《聖經》新約《馬太福音》第28章第19節和20節中這樣説道：“所以，你們要去，使萬民作我的門徒，奉父、子、聖靈的名給他們施洗。凡我所吩咐你們的，都教訓他們遵守，我就常與你們同在，直到世界的末了。”因而在基督教的教義中，福音代表着神的恩賜;作為門徒般的神父，他們傳教即是在遵守教義，為神傳福音。
歷史上，基督教到各地傳教的史實非常多。對於基督教一大教派的羅馬天主教來説，傳教的意義更具神聖使命。在天主教觀念中，沒有基督文化的地方就是黑暗之地，傳教士則揹負了傳遞光明的重任，所以傳教是在踐行信仰的教義。電影中，兩位神父決定前去日本時，畫面呈現高空俯拍的鏡頭，正是上帝視角，其隱喻説明了他們的立場非常堅定。
基督文化雖起源於以西亞耶路撒冷地區，而在中世紀興盛於羅馬天主教存在的歐洲大陸。按照電影文本的歷史語境，基督教文化代表着西方文化的符號。因而神父到日本傳教從本質上來説，是西方文化向東方文化輸出的一種表現，而在信奉東亞主流文化的日本看來，基督教文化為代表的西方文化不僅是陌生的，並且，表面上宗教文化的傳入，也許就是一種文化的入侵。
日本視角的觀念
影片《沉默》是一個有關於尋求的故事。電影根據原著主題展開，展現了“島原起義”之後的故事，從而全面表現17世紀由德川幕府當局的日本對這種外來信仰的迫害。從某種意義上來講，故事從一開始就為羅德里格茲神父埋下了巨大阻力，通過羅德里格茲在整個過程中的變化展現基督教文化在這片土地上被強行否定。導演展現日本政府的殘酷行為，在一方面肯定了這種暴行的惡毒;另一方面，並不意味全面否定日本文化;相反，羅德里格茲在這片土地上堅持尋找真理，尋找光明的同時，揭示的是，文化差異產生的錯誤觀念。
如果説如電影背景所敍述的，日本政府壓迫這種外來思想，是在極力維護日本當局封建制度下的專制統治;那麼更為重要的是，他們不認同基督教教義，也許是根本上的不理解。
這種不理解如吳念真導演的電影《太平·天國》英文名《Buddha Bless America》一般，直譯為“佛祖保佑美國”，説明了外來文化在一定程度上，因本土文化的語境缺失，而很容易被本土文化的原本觀念所誤定義。所以值得探討的是，《沉默》中那羣信仰天主教的日本信徒，他們是否真正理解基督教教義、是否完全明白基督教文化。
電影中最為特殊的一個人物便是幾次向羅德里格茲神父贖罪、又幾次出賣信仰的吉次郎。如果説他的性格複雜多變，那麼從根本上講，他也許就不曾進入天主教教徒信仰的世界。當羅德里格茲神父第三次來到吉次郎的面前時，他問道：“你來這裏是為了得到主的赦免嗎?你到底懂不懂什麼叫赦免?”
然而吉次郎卻怪罪自己出生於錯誤的年代，認為如果沒有迫害，他就會成為一個虔誠的教徒;但他不明白的是，在基督教的教義中，怪罪命運本就是種不信。也許在他看來，只要神父肯替他禱告，那麼他就會得救。這種觀念是錯誤的，他並未真信。
一方面電影表現了信仰基督教的本土百姓為了這種信仰而犧牲;另一方面通過他們與神父的交談，也體現了他們對於這份信仰的陌生。羅德里格茲神父來到村落分發信仰符號的實物時，他們是極度渴望的。從另一種角度來看，他們看待信仰符號的實物如同東方宗教觀念裏面的“護身符”一般，而護身符的含義卻是背離基督教教義實質的。
正是本有的宗教觀以及文化語境的缺失導致了本土百姓們在信仰上的錯誤認知，在無形中造成了基督教文化傳播的巨大阻力。加上政府的壓迫，這些阻力對於神父來説也許就是一種磨難的試探，是使他們信心開始動搖的重要因素。
文化信仰的衝突
影片《沉默》是一個有關於救贖的故事。主人公羅德里格茲一面找尋費雷拉;一面見證了當地百姓受到迫害的苦難。他在不斷地禱告中，祈求神的救贖，祈求着神蹟。而電影中還包含了一個重要的隱喻——關於基督教核心，救世主耶穌的受難歷程。羅德里格茲在困苦中幻想着耶穌的影子、幻想着神的指示，甚至他在最絕望的時刻，誦讀着《聖經》中，耶穌遇害前一天晚上於客西馬尼園的那段話語。他將自己比作了耶穌，徘徊在忍受苦難與放棄教徒身份中。
如果説費雷拉放棄了教徒的身份，一定程度上象徵了西方文化核心中天主教的信仰危機，那麼也説明這是羅德里格茲在絕望中動搖信心的最關鍵因素;暗示了他最終的命運。
翻譯官第一次見到羅德里格茲的時候，曾對其説，他的英文是從費雷拉那裏學來的，但是作為神父的費雷拉卻不會日語，甚至不願意學習日本文化，總是將自身的文化與信仰看得很高。導演試圖表明日本當局將基督教傳教的行為視為文化上的入侵，那麼在這個因文化信仰而導致立場上對立的衝突中，包含着正義與非正義的手段。日本人用殘暴的手段來根除文化上的危機正如羅德里格茲所説，真理與信仰在這片土地上是扭曲的，這顯然是不正義的。這種深刻的矛盾性卻揭示了基督教信仰上的隱喻——耶穌不是為了忠誠信仰的人犧牲，他是為了醜惡、非正義降臨到世上，為罪人而犧牲。
因而對於基督徒來説為苦難犧牲是必然的。但羅德里格茲沒有因酷刑與不義而犧牲，他踩踏了聖像，放棄了教徒身份，走上了與費雷拉同樣的道路。而這看似不符合天主教信仰的選擇其實旨在將兩種文化的強烈衝突化為對摺磨羅德里格茲精神上的痛苦，外化他內心的衝突。
當費雷拉告訴他這些被穴掉的人，不是因為沒有放棄宗教而被折磨;他們如同吉次郎一般放棄了無數次，只因神父的存在而被掉在這裏。説明日本的信徒也許並不理解救贖的真正含義，他們對於基督教信仰的真諦是模糊的;而日本政府同樣以“消除文化之根”的主觀觀念，運用非正義的手段讓神父在形式上違背教義，自動放棄教徒的身份。這一切的巨大壓力促進了羅德里格茲內心的絕望。
畫面對準耶穌聖象的眼睛特寫後，羅德里格茲再次產生幻覺。他在最為痛苦的時刻聽到了神的聲音，就如同耶穌被釘在十字架上忍受眾人羞辱時，望向天空期盼上帝的聲音。導演通過影像化的手段展現了這種幻覺背後神蹟的顯現，並在充滿神秘的畫面中揭示了犧牲正真的含義——為了信仰而放棄信仰正如同耶穌為了罪人而替罪人受罪，不是因為他向邪惡屈服了，而是因為他同樣愛着有罪的人。
羅德里格茲選擇了踩踏聖象。那一刻畫面聲音消失，深刻揭示了神父選擇了沉默。這種沉默表明的是信徒身份榮耀的褪去;是深受質疑中因信仰而平靜的內心。導演在電影結尾處以這般平靜的節奏來展現羅德里格茲後半生平淡而飽受爭議的處境與舉措，實際上説明了兩種文化的衝突與人物內心個人的衝突以人物內心得信的救贖而化為了全然的平靜。
所以電影表面是在展現因文化地域差異而導致羅德里格茲從傳教到棄教的過程，但實際上卻包含着導演對於基督教信仰的主題思想揭示，以昇華羅德里格茲的人物形象來説明無論文化、地域、語言是何其不同，質疑的言語多麼激進，只要內心堅信，神蹟則正是平凡生活中的真諦。在如今全球化時代的世界中，面臨多樣性的文化，也許導演借用《沉默》正是想表達，當今的宗教信仰更需要面對的是自我的內心。