靈谷寺在南京的鐘山景區內，因其地形被命名為“靈谷寺”，靈谷寺建造在明初，規模宏大，佛塔林立，後來大部分損毀，現在的靈谷寺是清朝在明朝靈谷寺原址基礎上選址建造而成，規模雖然不如從前，卻也有可觀之處。
靈谷寺倘若再往前追溯，可以追溯到六朝時，南朝梁武帝偏愛佛教，敬仰當時的寶誌和尚，寶誌和尚去世後，梁武帝將其葬於鐘山，並興建浮圖塔，後在塔前建了座開山寺，北宋時又更名為太平興國寺，慶曆年間改名為十方禪院，到明初改名為蔣山寺。後來朱元璋為了在南京建造孝陵，便將蔣山寺、竹園寺、悟真寺、寶公塔等廟宇建築，全都搬到鐘山東面，合為一體，朱元璋賜名為“靈谷禪寺”，其規模空前浩大，説是當年的第一寺也不為過。
但後來因為種種原因，靈谷寺屢遭損毀，又屢次重建，如今只剩下了山門、天王殿、大雄寶殿、觀音殿、無量殿、寶公塔、靈谷塔等建築。山門入口處可見一花壇，四季常青。從山門步入大殿的這條路上，可見一景——“靈谷深松”。路的兩旁都是六朝古松，山門半途，可見一亭林立於台階之上，此為靈響亭，與周邊環境相映成趣。
紅山門南面有放生池，是當初朱元璋巡幸靈谷寺時，命人挖掘建造的，名為“萬工池”，是一萬名工人一日之功。後來在裏面種了荷花，養了魚，成了今天的放生池。紅門山乃是正門，外牆是紅色，因叫紅門山。
靈谷寺西邊有迎駕橋，迎駕，迎的是康熙，當年靈谷寺住持率眾僧就是從此橋迎接康熙帝的，此處橋下泉水淙淙，經年不覺，令人見而忘憂。大殿兩側有牡丹池，池中種植着名貴的牡丹，每年穀雨季節，前來觀賞牡丹的遊客便絡繹不絕，其堆霞疊錦之象令人流連忘返。
無量殿中供奉着無量壽佛，人們又叫它“無樑殿”，因為殿中沒有一根樑柱，也不用寸木寸釘，全用巨磚堆砌而成。當年一場大火，其他殿宇均被燒光，唯有無樑殿沒有損毀。無樑殿前以銀杏點綴，兩兩排開，稀鬆對稱，更襯得無樑殿大氣。
在無樑殿後方，是一處半圓形的花壇草坪，原來是明朝靈谷寺五方殿的舊址，民國時期成為陣亡將士的公墓，墓地有碑柱，東西兩端各有一個，是紀念碑。除了紀念碑外，還有紀念館，紀念館名為“松風閣”，位於公墓的正後方，建築前是高大的喬木，在松風閣台階兩旁是綠籬，兩側還種植了桂花。
寶公塔前曾有三絕碑，但這三絕碑只是清朝乾隆以後刻制的仿品，真跡已不知所蹤。三絕碑上曾有吳道子畫的像，李白的詩，顏真卿的字和趙孟的十二時歌，珠聯璧合，實屬精品，但今人已經看不到了。
寺內的靈谷塔外呈八角形，由九層鋼筋混泥土構成，登上高塔，滿目盡是羣山起伏之景，底下是無盡的松海，景象十分壯麗。寺內另一面的舍利塔共有七級，是供奉三藏法師玄奘的，其檐角勾勒出飛挑的角度，整個頂部都是由檀香木構成，非常精美。
總而言之，靈谷寺的整體環境是十分清幽的，康熙皇帝南巡時，賜給“天香飄廣殿,山氣宿空廓”的對聯，由此可見一斑，其幽靜使得整個寺院染上了一股禪意。寺院雖歷經滄桑，但風景不改，仍然是一處幽寂安逸的好去處。