對於科研人員來説，論文的寫作與閲讀一項核心技能。實際上，能否發表論文已經成為評判科研人員能力的標準，並預測着他們未來的成功之路。在論文的產生與消費中，有多方人士參與其中，然而，每一方都有他們自己的目的和偏好：編輯希望你的論文意義重大；審稿人需要判斷文章的結論是否證據確鑿；讀者則希望能快速理解主旨，以決定是否深入研讀文章細節。對於作者自身而言，則是一方面儘可能地向廣泛的受眾傳遞文章的重要貢獻，另一方面説服專家認同研究成果。為了實現所有的目標，你需要將文章在多個方面都組織得盡善盡美 —— 從句子、段落、章節到相關材料。
對於更加廣泛的科學事業來説，清楚明確的交流也不可或缺，因為 “概念遷移” 成為了交叉學科發展的阻礙。特別是在生物學科與其他學科的交叉過程中，產生了龐大的、高度互聯的次級學科網絡。隨着研究人員愈加專業化，強化概念間的聯繫變得愈加重要，但也愈發困難。跨學科的交流僅能建立在文章具有可讀、可信、可記憶的基礎之上。
因此，我們給出了十種簡單的規則來規劃論文結構。
第一條規則：文章要有一個明確的中心思想，並要出現在文章的標題中。
第二條規則：為那些不清楚你工作的有血有肉的人們寫作。
第三條規則：堅持背景-內容-結論（CCC）的結構組合。
第四條規則：優化你的邏輯流：避免曲折，使用平行敍述。
第五條規則：在摘要中講述完整故事。
第六條規則：在介紹中解釋清楚為什麼這篇論文至關重要。
第七條規則：用多個邏輯相關的陳述句（可輔以圖表）給出支持論文中心思想的結果
第八條規則：討論空缺如何被填補，説明詮釋中的限制及同領域的相關性
第九條規則：將時間分配到重要的部分：標題、摘要、圖表和提綱
第十條規則：獲取反饋，然後簡化、重新使用、再次構造這個故事
前四條規則可以應用於一篇論文的所有部分，甚至是其他形式的交流，如會談和海報等。中間四條規則涉及論文每個主要部分的主要目標。最後兩條規則為有效構建論文原稿提供了過程啓發式的指導。接下來就隨我們一起，瞭解論文寫作的奧義。
文章要有一個明確的中心思想
並要出現在文章的標題中
寫作即是交流。因此，讀者的體驗至關重要，所有的寫作都應為這一目標而服務。當你寫作時應當時刻將讀者銘記在心。下面四條規則將會幫助你避免讀者的流失。如果你的讀者在一年之後，仍能向他們的同事描述你文章中的中心思想，那表明你的溝通工作卓有成效。
雖然我們需要在文章中描述大量的創新點，但是着眼於一條單一的信息更加重要。同時關注過多的貢獻會使得文章缺乏説服力，並變得難以記憶。
標題是文章中最重要的要素 —— 想一想你所閲讀的標題與論文數量的比例吧。標題作為讀者第一眼看到的東西，直接決定了他們是否會繼續花時間閲讀摘要。標題不僅傳遞文章的中心思想，同時還不斷地提醒你，要在文章內容中處處傳達這個思想。畢竟，科學就是從複雜數據中提取出抽象的簡單原理的過程。因此，標題應該濃縮論文的核心思想。提早考慮給論文一個標題，邊寫邊琢磨如何改得更好 —— 這不僅有助於你的寫作，同樣有助於實驗設計和理論發展。
第一條規則成為對論文優化中最難的一條:你將會為平衡多方面的結果，最終合成一條中心思想而努力。舉個例子來説，一篇關於技術的文章可能會同時描述使用該技術產生的生物學結果，而統一這兩個方面的橋樑，便是清楚地描述新技術如何應用於新生物學之中。
為那些不清楚你工作的
有血有肉的人們寫作
你是世界上最瞭解你所做工作的專家，因此你也成為了最不合格的讀者，你無法從不瞭解你工作的讀者角度去評判你文章的人。在這一困境中產生的最為多數的寫作錯誤是從一個設計者的角度進行思考 --- 決定你想在每一個元素上對人們產生的影響，然後努力實現這一目標。
試着站在一個 “懵懂的” 讀者角度去思考這一論文，讓讀者更輕鬆的快速且不費力的抓住信息。
人類心理學的廣闊知識同樣在論文寫作中十分有用。舉個例子，人類擁有工作記憶的限制：他們只能記住少量項目，同時對起始和結束的部分印象深於對中間部分的記憶。利用你自己的心理學知識，以 “懵懂” 讀者的視角去引導寫作的進程。在下面的原則 10 中，我們將對在寫作過程中從 “懵懂” 的試驗性讀者那裏得到反饋從而獲得的效益展開講述。
堅持背景 - 內容
- 結論 (CCC) 的結構組合
大多數廣為傳播的故事都有着類似的結構。開頭為故事背景的設置，主體部分（文章內容）展開故事，向結尾推進，最後得出文中問題的結論。這樣的結構可以減少讀者產生疑惑的機率，他們不再會問：“為什麼會這樣”、“所以呢？”
講故事的方法多種多樣，C-C-C 結構作為其中一種，更適用於有耐心、決定花時間理解文章的讀者，但這種結構對沒有耐心的讀者並不友善。好在當代科學文章的結構解決了這樣的問題，標題與摘要使讀者可以快速瞭解文章內容。因此，看完引言的讀者很可能會被吸引，並有着足夠的耐心繼續閲讀文章。而且，過於注重 “內容優先” 的科學論文還會產生另一個風險：讀者在閲讀過程中會忽視一些段落，這些段落可能是鞏固文章可信度的重要部分，從而使他們質疑你的文章。因此，我們建議將 C-C-C 結構作為科學文獻的默認結構。
C-C-C 結構在多個尺度上定義了文章的結構。從整篇文章來説，引言設定了背景，實驗結果是文章內容，討論得出結論。從段落來説，首句定義了主題或背景，主體部分提供引發讀者思考的新穎觀點，末句則為讀者提供需要記住的結論。
不按照 C-C-C 結構寫作的論文往往難以閲讀。在科研生涯中，我們在科研內容上花費了過多時間，從而忽略了其他方面。我們按照科研的時間順序來記錄與組織文章，殊不知對於讀者而言，他們並不關注這些細節，他們僅僅對最終的結論與支撐結論的邏輯感興趣。
優化你的邏輯流：
避免曲折，使用平行敍述
文中只有中心思想應該多次被提及。此外，為了減少主題改變的次數，每一個主題僅需提及一次即可。相關的句子與段落應該連貫，避免被不相關的材料打斷。類似的觀點應該緊密相連，例如應當相信某件事的兩個原因。
同樣地，對於連續的段落或句子，平行的信息應該使用平行的形式來闡述。平行方法使讀者更加熟悉結構，使文章更易閲讀。舉個例子來説，如果有三個獨立的原因讓我們更偏向某一解釋，我們應該使用相同的句法表達，這樣的表達對於讀者而言清晰明瞭，使他們更加專注於內容。需要避免使用不同的詞語指代同樣的概念，因為這樣做會使讀者對不同詞語的意義產生疑惑。
圖 1. 論文三個重要部分的結構總結。Note：摘要是其中最特別的，它包含所有三個要素（原因、內容和結論），所以包含了所有三種顏色。
在摘要中講述完整故事
論文的各個部分 --- 摘要、介紹、結果和討論 --- 有着不同的主題，因此整體結構和段落結構稍有不同。對於大多數讀者們來説，摘要是論文中唯一會被閲讀的部分。這意味着摘要中必須有效呈現論文的所有信息。為實現這一目標，摘要的結構必定是高度保守的。每一個 C-C-C 元素中均有兩個部分，細節如下。
背景必須解釋清楚文章即將填補的空缺。第一句話通過介紹該研究所處的廣闊領域對讀者進行引導。隨後這一背景縮小到該研究所要回答的待解決問題上。通過表述 “文獻中缺失部分”（例如，特定的空缺）和 “為何這很重要”（例如，這一特定空缺和論文起始的廣闊背景之間的聯繫），一個成功的背景章節能夠為從現有技術水平中分辨出論文所表述的貢獻打好基礎。
這裏我們所説的內容首先描述的是能夠讓你回答這一空缺 / 問題的新穎方法或者途徑。隨後你呈現出 “血肉”--- 獲得這些結果的執行概要。避免使用含有高度科技含義的詞彙（術語 --- 這些詞彙會讓你失去讀者們），儘可能少使用含有精妙含義的詞彙。
最後，結論會通過闡明結果從而回答在背景章節最終部分提出的問題。隨後，尤其對多數擁有廣闊讀者羣的 “常規” 科學雜誌來説，通常結論會有第二部分，突出講述該結論如何推動廣闊領域繼續前進（例如，“更廣闊的重要意義”）。
這一結構能幫助你避免最為普遍的摘要錯誤：在讀者們準備好理解它們之前便談論結果。優秀的摘要通常多次反覆進行提純細化從而確保結果能夠完整填補空缺部分，就如同鎖和鑰匙一般。這種寬闊 - 狹窄 - 寬闊的架構方式能夠讓你同廣大讀者們（通過廣度）進行交流，同時保持你結論聲明的可信性（這通常是基於一套有限 / 狹隘的結果）。
在介紹中解釋清楚
為什麼這篇論文至關重要
介紹突出體現了存在於現有知識或者方法中的空缺和它為何如此重要。這通常是由一系列漸進的更為精確的段落來完成，這些段落最終會以對文獻中缺失部分的清晰闡述而結束，另一段落會緊隨其後，對文章如何填補空缺進行總結。
舉一個空缺漸進的例子，第一段落也許解釋了為什麼細胞分化是一個重要的課題以及這一領域中還未解決到底是什麼觸發了它（領域空缺）。第二段落則闡明瞭某一特定細胞類型如星形膠質細胞分化過程中的未知問題（子領域空缺）。第三段落也許提供線索，一個特定基因或許驅動星形膠質細胞的分化，隨後聲明該假設尚未得到驗證（將要進行填補的子領域空缺）。這種空缺敍述引起讀者對這篇論文想要傳遞思想的期待。
每一個介紹段落的結構（除去最後一段）均會促進空缺發展的這一目標。每一段落首先會引導讀者走向主題（背景），隨後解釋相關文獻中所知所想（內容），然後引導進入至關重要的 “未知”（結論），這一部分使得文章在相關領域十分重要。
在這一過程中，通常會有很多線索提供隱藏在空缺後的秘密，指向未經驗證的假設或者文章中未開發的方法，其中我們瞭解到為什麼填補空缺是具有前途的。介紹中不應含有超越文章動機範圍外的文獻綜述。這種 “空缺專注” 的結構使得經驗豐富的讀者們更為容易地對一篇論文的潛在重要性進行判斷 --- 他們僅需要評估聲明空缺的重要性。這些空缺描述即該篇文章的貢獻將會被以如下條件進行衡量：以文章空缺定義來設定的興奮性、期望值和高質量背景。
介紹的最後一段則十分特殊 --- 它簡單總結了用於填補上述空缺的結果。它同摘要有所不同，不需要顯示背景（已在上述內容中描述過），但需要稍微更準確詳細地闡述結果，如果可能的話可以簡短地預先描述論文的結論。
用多個邏輯相關的陳述句
（可輔以圖表）給出支持論文中心思想的結果
結果章節需要説服讀者相信中心聲明是有數據和邏輯來支持的。每一個科研論據都有它自己獨特的邏輯結構，從而決定要素該如何呈現的順序。舉例説明，一篇文章也許建立起某個假説，核實在研究的體系中測量的某個方法是否有效，隨後運用這種測量手段反證該假説。另一種選擇是一篇論文也許建立了多個可選性（且相互排斥的）假説，除去其中一個能夠提供剩餘解釋的證據外，對其他所有都進行了駁斥。論據的組織結構應當含有整體邏輯所需的對照和方法。
在文章準備的提綱階段（見原則 9），先草擬出這些結果如何支持你的主張的邏輯結構，然後將它們轉變成陳述性語句，用於結果（results）章節的子章節標題。大多數學術期刊允許該類型格式。即使你選擇的期刊不允許，這些標題在寫論文的時候也很有幫助，可以作為段落的開頭介紹，或者在提交之前刪除。這種清晰的邏輯結果使讀者更容易跟上論文的思路。
圖、圖的標題和圖注非常重要，因為他們展示了對論文論點最客觀的支持數據。此外，為了節省時間，有些讀者會略過摘要，直接選擇看圖。因此，圖的標題應該傳達分析結論，圖注應該解釋結論如何得出。理想情況下，這些圖片應該生動的講述整個故事，而不需要閲讀圖例或者文字。製圖本身也是一門藝術。Edward Tufte的書介紹了學習這門技藝的黃金法則。事實上，有些讀者僅閲讀摘要和圖片。理想情況下，這些圖片應該生動的講述整個故事，而不需要閲讀圖例或者文字。
【results】部分的第一個段落特別之處在於，因為它通常概括解決引言所述問題的所有方法，以及論文提出的重要創新方法。大部分讀者不讀 【menthods】部分，因此這一段可以幫助讀者大致瞭解論文使用的方法。
【results】章節後續的每一段都應一兩句介紹這一段要解答的問題，比如“”開頭可以用一兩句話提出這個段落所要回答的問題。例如，“為證明這其中沒有任何人工干預”，“什麼是我們測量的重測信度？” 或者 “我們進一步檢測通過 L 類型 Ca2 + 通道的 Ca2 + 流是否參與其中”。段落的中間部分展示問題涉及的數據和邏輯，然後以問題答案結尾。舉例來説，它也許推斷出沒有任何可能的人工干預被檢測到。這樣的段落結構可以讓有經驗的讀者對論文進行事實核查。每一段的最後一句是總結句，這樣很方便就可以找出哪一個結論值得質疑，以及檢查每一個的邏輯。每段的結果都有一個邏輯陳述，後續的段落則依賴於先前段落的邏輯結論，就如同數學文獻中的定理一樣。
討論空缺如何被填補
説明詮釋中的限制及同領域的相關性
討論章節解釋了為什麼結果能夠填補介紹中提出確認的空缺部分，對詮釋説明提供預警，以及描述該篇論文如何通過開創新的機遇從而推動領域發展。這通常以如下方法完成：對結果進行總結概括，討論限制點，隨後揭示這一中心貢獻如何促進未來的發展歷程。討論章節第一段落的特別之處在於它通常大致總結了結果章節中的重大發現。有些讀者跳過結果章節的大部分內容，因此這一段落至少能夠帶給他們對於上述章節的大致情況。
討論章節接下來的每一個段落都以描述該文的某個缺點或者優點作為開端，隨後通過廣泛鏈接到相關文獻從而對優勢或者弱點進行衡量。最後，它將作者對於結果貢獻的感知進行總結，並探討進一步研究的可能性途徑。
舉例來説，第一段落也許對結果進行總結，專注於它們的含義；第二至第四段落也許講述了潛在的弱勢，該文章如何緩和這些情況或者未來的實驗能夠如何處理這些弱點。第五段落以及普遍存在的第六段落也許以該論文如何推動整個領域前進而告終。如此循序漸進，讀者們最終學會將文章的結論代入到正確的情境中去。
為撰寫一篇優質論文，作者們可以採用具有幫助性的流程和習慣。對於一篇論文的影響力而言，某些方面比其他方面更為重要，因此建議你應該將時間投資到影響最大的問題上。此外，使用從同事那裏獲得反饋進行反覆改進可以讓作者從整體水平上提高文章從而撰寫出強有力的原稿。選擇正確的流程能夠讓文章撰寫更為輕鬆和有效。
將時間分配到重要的部分：
標題、摘要、圖表和提綱
科技文章的中心邏輯至關重要。它同樣是連接論文研究試驗階段和論文寫作階段的橋樑，因此將文章的邏輯結構同正在進行的實驗保持一致十分重要。由此來看，將正在進行的實驗工作的邏輯正式形成某種不斷展開的文檔十分有用，最終它將成為論文提綱的藍圖。
你還應當按照各章節的重要程度分配時間。看題目、摘要、圖的讀者遠遠多於查看論文其他內容的讀者，【methods】部分是閲讀者最少的章節。所以，根據重要程度合理分配時間。
我們可以在寫作之前先進行規劃，從而高校利用各章節所花費的時間。寫一個大綱。我們喜歡為一個計劃要寫的段落寫一個不太正式的句子。這通常有利於開始進行該段落的寫作，而這些句子有可能成為節標題（section header）。文章有一個整體框架，因此每一段都應該擔任推進文章的特定角色。這個角色最好在大綱階段就進行詳細檢查和確認，減少不適合文章的段落上浪費時間。
獲得反饋，對整個
論文進行精簡、再利用和再生
我們可以把寫作看作一個優化問題，你需要同時優化故事、大綱和所有句子。因此，不過分依賴自己原本的寫作內容非常重要。在很多情況下，刪去整段文字和重寫是比在原有的內容上進行編輯更快速的輸出優質內容的方式。
很多信號提醒大家必須修改論文手稿（見表1）。例如，如果你無法在幾分鐘內向同事描述論文的大綱，那麼很明顯讀者也無法釐清大綱。你必須進一步精煉論文內容。找出這些與優秀寫作違背之處進行改正，可以幫助你全面提高文章質量。
表 1. 十條規則以及如何辨別文章違反了這些規則。
完成一篇成功的論文需要多方面人力的投入。測試讀者是必須的，他們可以確保整篇故事起作用，同時他們也能夠給出具有價值的意見，如論文的那一部分看上去進程過快或者過慢，此外他們也能夠明確在什麼時候最好需要重頭再來和重述整個故事。審稿人同樣十分有用。
非科技反饋和冷漠的評審結果通常説明評審沒有【get】整個文章脈絡。非常具體的反饋通常指出某一段邏輯不足。用積極的方式接受反饋非常重要。來自他人的反饋非常必要，因此找幾個可以在這方面提供幫助的同時是提高論文質量的基本方法。為了維持好關係，不要忘了也閲讀他們的文章作為回報。