每個忍者，都有各自的特點，發揮自身優勢，才能在戰鬥中獲勝。其實忍者之間是存在剋制關係的，比如水門與蠍，水門輸的概率會非常大，也就是遠程持續型忍者和近戰忍者的剋制關係。
遠程持續型忍者對近戰忍者剋制並不明顯，代表人物：蠍，蠍的2個技能屬於持續型，一技能鐵礦砂陣雨可以短按攻擊速度快，長按攻擊速度慢，攻擊範圍很大，二技能鐵礦砂結襲，短按直接攻擊，長按，鐵錘會固定在空中5秒，敵人進入攻擊範圍時鐵錘會自動砸下。如果秘卷在選擇鬼燈籠或者地走一類，近戰忍者很難靠近，而且單純長按一個技能來拖延時間，加上一定的走位，敵人很難攻擊過來。但是，如果是遠程忍者，那蠍的優勢就不是很大，敵人並需要靠近，像穢土三代，遠距離釋放技能就行，遠程忍者有點剋制遠程持續型忍者。
飛行忍者剋制技能不對空的忍者，代表人物：七尾楓，普攻和2個技能長按都可以飛行，空中可以釋放技能，尤其是釋放一技能，類似志乃的蟲玉會追蹤人，像中秋佐井的轉筆，就無法對空，打不到七尾楓，兔子的話，在空中很容易躲開，七尾楓打中秋佐井非常輕鬆，只要起飛，遠程消耗就行。很多忍者部分技能無法對空，相當於對戰的時候，有一個技能無法使用，這樣就很難受。迪達拉目前算作不會飛，常規的低空滑行，並不能躲開技能，對比七尾楓的高度，他只能算滑行。
技能追蹤型忍者剋制近戰忍者，代表人物：疾風志乃，二技能蟲玉，可以説是早期最噁心的技能，半場釋放，沒有無敵技能的忍者，很難躲開，尤其是近戰忍者，他釋放蟲玉，你靠近會被打，不靠近還是會被打，如果替身，志乃也替身，一個地走，然後遠距離釋放技能，戰鬥會非常的憋屈。
自帶霸體型忍者剋制無抓取忍者，代表人物：奇拉比，當年的奇拉比可是“天王級”忍者，同期沒抓取的忍者，很難和他對抗，現在沒有抓取的忍者，遇到奇拉比，還是比較難打，奇拉比變身，可以輕鬆的拿先手或者打後手。想對戰二代，雷刀或者秘卷先手，二代交替身後，直接變身，跟進，等無敵消失直接攻擊或者騙了通靈就走。
抓取型忍者剋制霸體類忍者，代表人物：百豪櫻，現在的忍者沒有抓取技能，都不好意思登場，隨着抓取忍者的登場，奇拉比已經退場，霸體秘卷也沒有以前那麼可怕，有抓取的忍者，並不懼怕霸體，尤其像四豆雷影手刀可以打斷霸體。
忍者壓制，在無差別中比較實用，畢竟可以看到對手選擇的忍者，調整忍者出戰的順序，選擇壓制類型的忍者，獲勝的幾率會更大一些，在一定程度上可以彌補技術的差距，這個戰術，其實很類似田忌賽馬。
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