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另一方面，明治政府繼承了江户幕府的天主教禁制，也繼承了宗門改制。由於對上述佛教的批判，以及神道教的高漲，明治政府在明治4年發佈了以民眾為神社氏子的氏子調。這是把檀家制度換成神道的宗教改革制度。但是，隨着明治6年（1873年）對於天主教禁止傳教政策的廢除，氏子調也僅隔2年就被廢止了。
前言：
隨着新航路開闢，歐洲各地區紛紛開始了各自的海上殖民冒險，其中最為著名的就是西班牙與葡萄牙的海上軍隊，迪亞士、麥哲倫、達伽馬紛紛聽從國王的指揮，揚帆遠行，奪回了大量的黃金與珠寶。為了更便捷的瓜分殖民地、劃分界限，西班牙與葡萄牙籤訂了《托爾德西里亞斯條約》。
《託德西利亞斯條約》
由於馬可·波羅在《東方見聞錄》裏的記載，將日本形容為了一個充滿黃金的島國，使得葡萄牙人對於日本地域的好奇心產生了前所未有的狂熱，隨着沙勿略在向西班牙貴族請求將更多有教養的傳教士派到印度進行傳教後，沙勿略前往了日本，開始了他的傳教之旅。
黃金島的誘惑與宗教改革的影響，天主教在日本發展的歷程
《東方見聞錄》：兩位國王正在向中間的忽必烈獻上日本的黃金容器。腳邊畫着"非常美味"的日本雞。
1594年，出生於西班牙納瓦拉王國的聖方濟各從印度傳教後來到了馬六甲海峽，在那裏遇到了鹿兒島縣出身的日本人Anjirō，日本譯之為"彌次郎"。從彌次郎口中得知日本，想要來到日本傳教，一行人在彌次郎的帶領下經由明朝的上川島（廣東省江門市台山)，在薩摩半島的坊津登陸，之後來到了現在的鹿兒島市祗園之洲町。
聖方濟各畫像『中公バックス 日本の歴史 別巻2 図録 鎌倉から戦國』
禁教令的盛行，從天正年間到明治時期的禁教運動
天主教由此在高山友照與高山右近父子倆作為高槻城主的時代（1573～1585），開始在大版等關西區域廣泛傳播。當時在日本的耶穌會成員路易斯·弗洛伊斯在其著作《日本史》中，對天正十一年（1583年）時高山右近對天主教的政治態度做了如下記載：
高山右近友 落合芳幾繪
豐臣秀吉頒佈的伴天連追放令
聖菲利普號在東海遭到多起颱風的襲擊，損失慘重，船員們為了減輕重量，將船的主桅杆砍倒，將400個貨物拋向大海，艱難度過難關。同年10月19日，船漂流到四國島土佐海域，在聽到消息的長宗我部元親的指示下，聖菲利普號被強行拖航到浦户灣內，在灣內的沙洲觸礁。大量的貨物流出，船員們被留在了高知市長浜的城鎮中。
元和大殉教
キリシタン殉教圖
與其他宗教混亂的交雜、互爭與及天主教紛亂的平息
德川幕府接下來實行了"宗門改"，命令將民眾統統編入檀那寺，並且需要證明自己不是天主基督教徒。從這以後，以武士、市民、農民等不論階級民眾作為原則，在特定的佛教寺院進行入教屬於羣眾義務，如果沒有寺院發行的寺請手印，就不能在國內旅行，寺院由此掌握所有佛教信徒的登記信息。僧侶的社會地位上升的同時，也站在了平民之上。
寺院掌握大量信息的結果是，佛教在幕府體制中成為了世俗化僧人的温牀，到了明治時代，由於尊皇思想的高漲和神道國教化運動等，形成了神道佔優勢的風潮，一時之間對佛教的批判成了一件平常之事，最終演變成廢佛毀釋運動。明治政府向全國發出"神佛分離不是廢佛毀釋，行動要慎重"的通知，但運動並沒有停止，日本全國奈良時代大量珍貴的佛像、佛具、寺院遭到破壞。其中，僅奈良興福寺就有2000多尊佛像被破壞或燒燬。
廢佛毀釋圖
對幕府直轄地的天主教徒和傳教士進行搜查，另外對諸藩製作天主教。廢教了的天主教徒（默默隱藏在民間的吉利支丹人）也受到監視，井上政重將被捕的天主教徒收容在自己的宅邸（現東京都文京區小日向）建造的房屋中進行盤問。這個被稱作吉利支丹屋敷的地方，到宗門改役被廢止之前，一直作為天主教的審訊所及住所被使用。
結語：
從15世紀來到日本，到19世紀對於天主教的不平等政策被廢除，天主教在日本的傳播與發展受到了許多方面的管制，不僅是當時日本對於外來文化抵制的態度，更是效仿明朝進行嚴格的海禁，進行閉關鎖國的小農經濟統治。
天主教文化作為歐洲長期神學的產物，對日本各類宗教的影響十分廣泛，日本當代廣泛的天主教基礎就是來源於吉利支丹人，他們長期隱瞞身份，為日本天主教文化的延續做出了卓越的貢獻。
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