一般中國歷史教科書上，總是將元代列為中國朝代之一，也將成吉思汗建立霸權以後的蒙古大帝國，當作中國的帝國。這一論點，有許多需要考慮之處，不能承襲舊習慣，將這一個外族征服的時代，當作中國的朝代歷史。
在遼代，契丹人佔領了草原，在中國的原來領土上，也據有今日內蒙古南部和山西、河北北部；整體言之，契丹人活動方向，主要在草原上繼續擴張，據有的中國領土部分，只是契丹帝國的一部分。宋、遼之間，雖然敵對，卻因為雙方僵持，實際上是一個停滯的對峙。宋國只是同時幾個國家中之一，然而在中國自己本土，宋人確實是一個以中國人治理中國的朝代。
女真從東北崛起，挑戰契丹，並沒有得到契丹全部的領土和勢力範圍。在中國部分，女真的金代，統治了秦嶺、淮河線以北的部分，中國的大部分領土，還是在南宋的治理之下。此前已經説過，遼、金在中國領土上的發展，是半殖民狀態，他們從中國取得資源，有助於建立草原帝國，但並不是他們唯一的領土；他們發展方向，依舊是在廣闊的草原上，中國的部分領土，只不過是他們領土之中的一部分。老家是基地，征服的漢地是新獲的領土：中國與草原帝國，重疊而不相同。
“元”是一個征服王朝
關於成吉思汗建立的蒙古帝國與中國的關係，蕭啓慶認為，這是一個征服王朝，並不是中國的朝代。他的意見是對的。成吉思汗建立的龐大帝國，東到東北亞、西到中亞和部分的中東，南到印度半島的大部分。蒙古大汗，是由若干封建的汗國，共同推舉，作為共主。最初，成吉思汗的幾個大兒子們，各自領有土地，稱為四大汗國。
中國部分，和蒙古草原東半邊的老基地，所謂“腹裏”，按照蒙古習慣，則由看家的小兒子拖雷管理。除了五個領地外，還有一些分封的小汗國，而且原來的四大汗國，經過兩、三代，分分合合，也有許多變化。蒙古大汗國的各個部分，都逐漸和分封地的原有居民逐漸融合，接受了他們的文化，也容納了地方的精英。在這一個多元、共存大集團中，中國雖然已經全部被蒙古征服，然而，只不過是蒙古大汗國中的五分之一，甚至只是較小的部分。
拖雷系統裏有中國和“腹裏”，其實並沒有獲得當家家長的地位。屢次選舉大汗，常常是其他系統的汗，得到大汗的地位。忽必烈曾經和西方諸汗國爭奪汗位，他並沒有經過合法的推舉，就自稱為大汗；因此，西方諸汗國，共同抵制忽必烈，忽必烈的號令，不能行於自己領土之外。他與西部海都大王之間的爭執，十分激烈；海都據有今日新疆一帶的領土，恰好擋住了蒙古大帝國東方領土與西方領土的交通。
元世祖忽必烈
忽必烈在中國建立元代，等於是自成格局，在他治下的漢地部分，可以稱為“中國”，他的朝代，可以是中國列朝的一部分。朱元璋建立明代，在中國歷史上，元代終結了。但是蒙古人在舊日“腹裏”，並沒有被中國人取代。後元或是北元，繼續存在。明代的中國，與蒙古之間建立了從東到西的邊牆，這就是萬里長城。許多人以為，這一條長城，就是秦始皇時代建立的邊塞，其實，明長城劃下的邊界線，比較秦漢的邊界，更向南收縮。
假如我們將大蒙古帝國，與忽必烈以後的元代分別處理，則蒙古征服的大部分地區，其歷史不在中國進行。中國人不能將蒙古人征服的後果，攬為己有；也不必將忽必烈以後的元代，當作中國以外的歷史。
元代的“二元”統治
元代統治中國，有相當部分，承襲了遼、金統治北方的方式。雖然，最初他們曾經打算將整個中國轉變為廣大的牧地；後來知道，中國的大部分地區的自然環境，並不適於放牧，他們才擱下這個政策。元代的政府，終於逐漸傾向於兩元的統治，一方面有不同來源的“籤軍（探馬策軍）”駐防在中國，以維持征服者的控制；另一方面，延續中國人傳統的州縣體制，相當程度地接受漢法，統治中國。這種二元制度，在遼、金也都執行過，只是元代中國，在南宋滅亡後，整個的中國疆域，都處於這一“二元”體制之下。
先説元代的中國人口結構。金代的政策，曾經將大量的漢人人口，遷往東北地區，女真的老家，補足他們男丁在外征戰的勞力不足。女真的戰士，以猛安、謀克駐防制度，在中國各地戍守；那些萬户府轄下的女真和草原來的人口，相對於前面所説，移往東北的漢人，等於是內、外人口的交換。元代的中國，也有大量的“籤軍”，有的來自草原，有的來自西域，甚至有的來自今日中東地區的當地人口。例如，最近烏克蘭附近的克里米亞事件，當時那裏的人口，就有一部分簽發戍守在元代的首都附近，稱為“阿速衞”。今日雲南，還有許多信仰伊斯蘭教的穆斯林，他們也是從中東近東，進入中國的“籤軍”後代。
族羣同化，也是改變人口結構的情況之一。遼、金時代，就有許多漢人的地方武力，不屬於中國管轄，自成勢力；遼、金收編這些武裝力量，給予“公”“元帥”等封號。元代承繼這一傳統，單單以河北、山東，真定至東平之間，就有十餘家漢軍“元帥”，他們長期與征服者合作；只要征服者不進入他們的地區，他們也願意跟隨征服者參加南征的任務。這些胡化的漢人，處於胡、漢之間，乃是人口中歸屬模糊的另一類。
除了因為政治因素移動的人口，還有蒙古與中亞、中東之間，因為貿易，波斯人、阿拉伯人、猶太人，（中國通稱為“胡商”）大量地移入中國。今日南方的通商口岸，揚州、泉州、廣州，都有一些家族是這些胡商的後代。經過同樣的通商路線，許多漢人也因為貿易，進入東南亞，甚至於越過馬六甲，進入印度洋。明初鄭和下西洋，所經各地，幾乎都有中國人小區；他們不是在明代才開始遷移；那些早期的移民，可能是在元代就紛紛移入廣大的海洋地區。
戰爭帶來人口分佈狀況劇變
女真和蒙古的征服過程，不僅戰爭中有大量軍人的死亡，一般平民也死傷不少。成吉思汗征服過程，比女真時代殺戮更多。他崛起之初，兼併草原上的其他族羣，倒是殺的少、收編的多，這才使得他的部落軍不斷擴大。但多次西征，以及南向征服中國的過程，卻是不斷地殺戮。蒙古鐵騎，以殺立威；如果一個城市久攻不下，在破城之後，接着就是屠城。花剌子模破城時，死者數十萬。在蒙古征服的戰爭中，大小城市被屠殺盡淨的，不下二三十個。戰爭帶來的混亂，以及疾病和飢餓，又會造成大量的死亡。因此，單單以戰爭本身而説，女真和蒙古的擴張，死亡不會少於千萬之數。
蒙古擴張的時代，恰巧是歐洲發生黑死病的時代。在歐洲，黑死病延續了三百年之久，造成歐洲人口減少三分之一以上。蒙古軍的長征與戍守，各種大量軍人移動，將黑死病帶到中國北方的草原和中國本部。蒙古軍隊攻城，據説曾經將病死者屍首，用拋石器，投入圍困的城市，造成城內的大量死亡。兩軍交鋒時，傷者、死者的病菌，常使交戰的雙方軍隊，同時感疫。
這三百年的大瘟疫，在人口密度較高之處造成大量死亡。後來，因為蒙古大帝國，與東方的交通，不論陸路還是海運，都比較順暢，疾病又經過海道和商路，擴散蔓延。東方本來沒有黑死病，經過這一次大瘟疫，死者無數。總的數字，無法計算。只是從總人口數字上來看，將宋、明人口，以及同時代本來屬於遼、金、蒙古地區的人口，前後比較，北宋總人口最多時，加上契丹人口，總數已經超過一億。明代據有的中國，在開國時，大約只有六七千萬，總數減少了三分之一以上。
經過遼、金、元三個時代，至少有三次，中國北方不斷的戰亂，逼迫許多中原和北方的人口，逐步移向南方。以變化最激烈的靖康年代，以及後來的南宋，一百多年來，南方人口增加數字，不只二三倍；淮河以北的人口，即使加上征服者遷移進來的族羣，總人口和南方相比，大概只有南方的三分之一左右。人口中心的轉移，在遼、金、元時代，造成了南方一面倒的情勢，南方人口密度遠高於北方。這些內部遷移的漢人，也使人口結構，呈現完全不同的形態。
如前所述，北宋極盛時，人口大概已經超過一億，在忽必烈征服南宋時，南宋人口可能只有七八千萬，北方則不過二三千萬而已，南北比差，從此不再逆轉。中國南北人口成分經過這一次混合，再加上新人口的進入，造成了與過去完全不一樣的人口結構。如果調查人類基因，重建中國人口南北差別，必須理解，凡此差異，乃是這次人口大規模移徙的基礎上，造成基因分佈狀況的劇烈變化。