朱元璋給南京留下了豐富的文化遺產，除了孝陵，世界現存最長的城牆——南京明城牆，也是朱元璋的傑作。明代內城有門十三座，外郭有門18座，此即所謂“內十三，外十八”。
傳説，朱元璋下葬時，也搞了一個“迷魂陣”，當天，十三城門同時出棺。這個説法已傳述了六百年，是南京民間最經典的段子之一。南京過去有個民謠：“南京有三怪，龍潭的姑娘像老太，蘿蔔當作小菜賣，十三個城門抬棺材。”竟然把朱元葬當年下葬的傳説，當成了南京代表性的一件事。
可能有人覺得是無稽之談，其實並非空穴來風，史料上有記載，如明人朱國楨的《皇明大政記》上便有這樣的文字，朱元璋下葬那天，“而發引，各門下葬”。
各門下葬，是一種障眼法，實行秘葬的步驟之一，屬反盜墓的典型特徵。
在中國盜墓史上，如此這般生前留下遺囑，要求將自己“偷偷處理”的古代君王，非朱元璋一人。最早實施秘葬的是南越王趙佗，趙佗死後有“秘異神密之墓”，下葬時多城門出棺。其墓在哪，至今沒有被發現，孫權當年枉費了心機。
最著名的秘葬傳説，發生在曹操死後。傳説在下葬那天，鄴城的各個城門都有棺材抬出。曹操到底葬於何處，目前也沒有弄清楚，最後落下了“七十二疑冢”之謎。十六國時期的君王也喜歡“秘葬”，如後趙始主石勒，半夜從各個城門出殯，就着黑夜將棺材抬向深山中。
看到這裏，或許有讀者會問，朱元璋不是與皇后馬秀英合葬於孝陵內麼?實行秘葬還有什麼意思?問對了。
有傳説，朱元璋就是要造成自己死後未入葬在孝陵內的效果，絕盜墓賊的念想。在十三城門同時出棺前，朱允炆已將朱元璋的大棺材，從皇宮的秘密通道，直接抬進了孝陵內。
但是，更有人相信，朱元璋下葬時，真身棺材根本就未抬進孝陵內，特別是明成祖朱棣遷都北京後，此説一度傳得很神。
朱元璋下葬後不久即傳出，其真身未與馬皇后合葬，而是獨葬城西的朝天宮。此即過去所謂，“高皇帝龍蜕，在宮不在陵”一説。
朝天宮在城西水西門內，前有三清殿，後有大通明殿，如今是南京博物館所在地。此處原為吳王夫差所築的冶城，五代時吳王楊溥在此建紫極宮。宋元時先後易名祥符宮、天慶觀、玄妙觀、永壽宮等。明洪武十七年(公元1384年)，朱元璋重建此宮，並易今名。建成後，便讓百官“朝賀習儀於此”。
傳説，前面的三清殿下，“為明祖真葬處”。
此後不少人相信此説。清代浙東學派代表人物全祖望在《從朝天宮謁孝陵》一詩稱，“鍾阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功聖德碑。開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人為弼違。”
從全祖望的詩中可知，明清時期對朱元璋的葬於孝陵的正統説法，人們是持懷疑心態的。