慈寧宮經歷了明清兩朝四百餘年，最初了明朝皇貴妃的所居。1563年，即明嘉靖十五年，在仁壽宮原址上興建慈寧宮。清朝順治帝入關後，沿用了明制，1653年慈寧宮修葺後，迎來了它的第一位主人：孝莊文皇后。此後作為太后所居正宮和太妃的隨居住所。在清朝歷史上，卻只有孝莊文皇后(孝莊太后、孝莊太皇太后)和孝聖憲皇后(崇慶皇太后。雍正帝的貴妃，乾隆帝生母)在此居住過。那麼其它的皇太后因何未選此宮居?歷朝的太后又因何不敢住在此宮哪?
孝莊太后，博爾濟吉特氏，名布木布泰，皇太極之妃，孝端文皇后侄女，順治帝生母，康熙帝祖母。一生培育、輔佐順治、康熙兩代君主。福臨帝即位後，孝莊成為清代第一位太后。順治帝駕崩後，她輔佐康熙帝，成為太皇太后，成為中國歷史上有名的皇太后和太皇太后，是清初傑出的女政治家。
孝莊太后在慈寧宮居住了四十四年。順治帝為祝母后生日，寫下三十首詩獻給孝莊太后。康熙帝繼位後，孝莊太皇太后在慈寧宮頤養天年，而康熙帝一如既往地奉養太皇太后。康熙二十六年，太皇太后病危，康熙帝晝夜不離地侍奉在祖母身旁，隔帷席地而坐。據説，康熙帝還在慈寧宮舉行了祭祀儀式，祈求上天讓自己減壽，以換得祖母的康復。孝莊太皇太后去世後，康熙皇帝悲痛欲絕，於慈寧宮內停放太后的棺槨，並想將慈寧宮改為孝莊太后停靈的享殿，但因清宮無此規制而作罷。從此以後的慈寧宮，便沒有太后敢住了。成了太后們不敢住的太后宮。究其原因，因為孝莊太后是清代最有威望太后，直至去世都在此居住。而此後的太后、太妃們，包括慈禧皇太后，也都覺得自己的身份有點“壓”不住這座令人敬畏的太后宮。
據説，自孝莊太皇太后駕崩後，慈寧宮空置了四十餘年，期間流傳了許多鬼神傳説。到乾隆朝，崇慶皇太后不願再住慈寧宮，就有了1769年，慈寧宮重建。關於慈寧宮鬼神的傳説，孝莊駕崩後，有的住過慈寧宮的太后太妃説，“每天晚上都能聽見奏樂的聲音，有的説在牆上能看到宮女太監們排隊走過的影子，還有的説有一口井，白天往下看井底是石頭、雜草，但晚上再往下看，井底就會有水，水上倒映的卻不是自己的臉……，以致後來的太后、太妃們都不願意在此居住，怕的是説自己的身份“壓”不住孝莊太后居住又安奉過孝莊棺槨的宮殿，而請尋別居。
但無論真假，自孝莊以後，的確慈寧宮再也沒有過一位長居的太后和太妃，而慈寧宮後來成了大宴，受冊、受寶等重要典禮的處所了。
至於慈禧太后因何未住慈寧宮。原因有二。一是在兩宮太后時，慈寧宮是東太后慈安住所，慈禧是西太后只能居長春宮。.慈安死了，慈禧獨攬朝政，按規制可住慈寧宮。但據野史説，因慈安是慈禧害死的，故慈禧不住慈寧宮，以示對尊重。
2016年，包括慈寧宮在內的慈寧花園、壽康宮、大高玄殿等將第一次對外開放，迎來參觀和探訪這座神秘宮殿的來者。