清晨，李斯醒來發現助手瓊不見了。昨晚他倆同時在巖洞裡鑽進各自的睡袋躺下，她會去哪裡呢？在這茫茫的原始森林中失蹤，後果不堪設想。瓊出身於探險世家，祖父和父親都是著名的探險家，祖父就是因探險遇難的。
突然，前面不遠處的林子裡有異樣的響動，李斯警惕地隱蔽起來。在這樣的環境裡，除了正常的蟲鳴鳥叫、各類小動物的穿梭爬行聲音外，李斯能辨其他很多種聲音，危險動物就不用說了，高等動物的聲音如野人，是他最關心的。
當響聲“呼呼”似一陣旋風在幾米遠的前方穿梭時，他為之一振，急忙貓腰追去。快要靠近時，背上被什麼輕拍了一下，他猛地回頭，原來是一個青年獵人，在這種時候見到人，他激動得直想哭。
獵人告訴李斯，他給一個考察組當嚮導，有一個隊員失蹤了，派他沿途尋找。李斯也把自己的情況如實告訴了他，獵人說，那正好我們結伴找。他問李斯下一步的打算，李斯掏出一張破舊的地圖，指著上面一處紅色標記說，他要去這溪水的源頭。
兩人剛要動身往前趕，突然一張黑網迎面罩來，獵人一見，對著一棵小樹猛砍一刀，小樹倒向黑網。兩人剛鬆了一口氣，另一張黑網再次撒向他倆，這回躲閃不及，給網住了，而且越掙扎越緊，他倆只好放棄掙扎。因疲勞困頓，在網內又動彈不得，堅持了半日，兩人又迷迷糊糊昏睡過去。
午夜醒來時，他倆被捆綁著關在一個破草棚裡，也不知過了多久，李斯直覺有人來到了面前，微弱的月光照進棚裡，他卻看不見來人。突然，他腦子一激靈，莫不是已經遇上了傳說中的隱形人？
不一會兒，屋裡亮起了一盞松明燈，他終於看到一張少女的臉，她朝他微笑著，手捧一個大竹筒喂他倆喝水。這真是生命之水啊，快渴死了，他懷著感激的心情，激動得在心裡給她取名水妹，水喝完，燈滅了，水妹也不見了。
天亮後，李斯發現草棚裡除了幾個簡陋的木墩、竹筒，根本沒人，他真懷疑昨晚是做夢，再看獵人，這傢伙還在呼呼大睡，正要喊他，一隻手伸過來捂住了他的嘴。
“瓊！是你！”眼前的人竟是失蹤好些天的瓊。“老師，我還以為再也見不到你了。”瓊哭了，給李斯鬆了綁後，瓊告訴他，自己是睡夢中被擄到這來的，也不知道對方是什麼人。李斯也把昨晚的情形告訴了瓊，說：“咱們是不是遇到傳說中的隱形人了？”瓊說很像，傳說中，隱形人可按自己的意願現身或隱形，不過昏迷或死亡後一定現身。
李斯指著獵人說，他怎麼昏睡不醒？瓊笑說：“我發現他睡覺睜一隻眼閉一隻眼，怕他使壞，就給他噴了迷藥。”為了自衛，李斯和瓊身上的紐扣都是特製的，對準人擠壓後，裡面的迷幻劑會致對方昏迷。
瓊去她住的草棚裡端來用竹筒盛著的蜂蜜，樹葉包裹的黑米糊，說這裡只有這些吃的。李斯吃過後，精神好多了，又想起水妹，問瓊見過沒有？瓊搖搖頭，說她還沒見到過任何人，但感覺被監視著，因為她只要走遠一點，就有突然冒出的蛇擋著去路，嚇得她不敢離開半步。她吃的東西早上醒來就放在草棚裡了，白天吃了，第二天又有。李斯很驚訝，想如果能解開“水妹”之謎，隱形人的神秘面紗將逐漸被撩開，這也是他倆此行的目的。獵人醒過來了，李斯忙叫他吃東西。
天黑後，李斯祈禱水妹能再次出現，並與她說話。凌晨時，棚外果然傳來一陣特有的響聲，他急忙追出去。靠近響聲時，他按壓了一顆紐扣，瞬間幾步之外倒下一個女子，他急忙扛起她往瓊的草棚跑。
李斯告訴瓊，他那晚見到的水妹就是她。兩人端詳著水妹，感覺她與正常人沒啥差別，只是身材很嬌小，李斯遺憾地說，可惜相機弄丟了。李斯要瓊想辦法儘快取得水妹的信任，與她溝通交流；他先出去，免得水妹醒來受驚。
次日晌午，瓊來告訴李斯說，她終於博得了水妹的好感，令她驚訝的是，水妹會寫很多常用字，彼此說話也能聽懂。
水妹憂慮地告訴她，她不知道自己為啥與正常人不一樣。她從懂事起就住在這樣一個與世隔絕的地方，聽長輩說，他們的族人在一次抵擋外人的捕殺與追剿時，青壯年男人全部陣亡，這之後，為隱形人傳宗接代成了頭等大事。出沒原始森林的男人很少，誘捕男人就更難了。李斯是她在森林裡轉了一個月才發現的獵物，可是，那天去的姐妹少，弄不動他，隱形人的力氣比正常人小得多，她們只是對正常人的氣味很敏感，很遠就能聞到而跟蹤。她先把瓊弄走後，回去叫來姐妹再捉李斯。
瓊懇求水妹幫助他們儘快逃離這裡，因為她擔心水妹的同伴很快會把李斯和獵人擄去行接種之事。水妹同意了，說等時機到了再說。
兩天後，水妹跑來告訴瓊和李斯，她的姐妹誘捕了三個因追捕野象迷路的男人，正在慶賀準備行接種之事，這是逃走的絕好機會，要做好準備等她的訊息。
次日天亮前，水妹悄悄來了，她給了瓊幾顆紫色和黑色的小野果，讓他們三人先吃紫色的，說吃了這個能暫時除去人的氣味，免得被她的姐妹跟蹤追上，逃脫後再吃黑色的恢復“人氣”。水妹把他們幾個送到巖洞口時，突然，獵人大喊肚子痛，接著捂著肚子蹲下身，大家忙走近問他怎麼回事？突然，李斯和瓊也身子搖晃著倒了下去……
待李斯醒來，水妹和獵人不見了，他倆急得臉色煞白，正不知如何是好，細心的瓊捧起地上一塊沾了粉末的泥土說：“我明白了，剛才有人撒了迷藥。”
“這裡沒外人，一定是他乾的！”瓊氣憤地說。“你懷疑是獵人？”李斯驚問。“不是懷疑，肯定是他乾的！”李斯焦急地說：“我們天黑前要找到他們，否則很麻煩。”可兩人剛邁步就頭暈目眩，全身無力。“我忘了，我們還沒吃黑色野果恢復‘人氣’。”瓊說罷從口袋裡掏出黑果，兩人一人吃了兩顆，果然好多了。瓊望著剩下的兩顆，嘴角露出一絲得意的笑。
兩人沒多久就追上了獵人，他正累得直喘粗氣，肩上扛著被綁得結結實實的水妹，水妹還在昏迷中。見他倆追上來，獵人假惺惺地說，水妹施了迷藥暈倒後，大家要把他擄回去，被有防備的他制伏了。
“好，咱們正好把水妹帶回去當活標本賣了發財，對嗎，獵人？”瓊冷笑著說。被揭穿的獵人臉上紅一陣白一陣。“快點給水妹解藥！”瓊厲聲說，“如果讓她的同伴找來，大家都逃不掉！”獵人聽罷不情願地給水妹吃了解藥。
水妹醒來就急著要回去。分手時，三人都哭了，這是他們今生的永別啊！水妹從懷裡掏出一個布包交給瓊，瓊接過後兩人緊緊地擁抱了許久才分開。
“這是什麼？”水妹走後李斯問。“這是我祖父留下的隱形人研究資料，水妹與我是有血緣的堂妹呢，祖父生前常教她寫字，學正常人說話。其實我的祖父沒有如外界傳言的遇難身亡，而是在隱形人裡終老過世的。”瓊含著淚說完這些，李斯也落淚了，他不敢想，老一輩探險家在這裡過的是怎樣的日子。
兩人臨走，獵人問：“黑果呢？”瓊說：“我們會放在前面一個做了記號的樹下，我們得與你保持距離，再見，我們先走了。”
回去不久，李斯和瓊沒想到獵人還是不顧他倆的反對，向媒體披露了隱形人之事，不過外界說這是謊言，還說李斯是偽科學家，瓊也因此遭到非議和質疑。
李斯退休後，瓊也結束了探險生涯，他們從不接受媒體關於隱形人的採訪，他們記著水妹的話，忘了她及她的同類，她們終究會在地球上消失。
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