英國退出歐盟(後文全部用 Brexit 簡寫)原本是個政治事件，因此會造成直接影響的只有政策以及市場預期。因此所有關於利率，債券，股市等等都是 Brexit 帶來的間接影響。
在這些影響中，最直接的影響是影響到英鎊和歐元。短期來看，Brexit 是明顯雙輸局面。
對英國：
1，加入歐盟獲得的全部優惠條件全部消失
2，作為主要貿易物件，英國與歐洲大陸之間的貿易將會產生高額關稅
對歐陸：
1，歐盟第三大經濟體退出，同時第三大出資國退出，損失的歐盟經費，導致預算不足。
只能依賴各國增加出資，或者減少對弱國補助來彌補。因此會直接降低歐盟的號召力和吸引力。
2，損失一名軍事政治上的老牌強國，聯合國五常之一，退出之後減少歐盟國際話語權，使歐盟在國際上的地位降低。
3，英國退出使德國在歐盟中的統治力直接增加，導致歐盟內部勢力失衡。
根據英國財政部公開，如果 Brexit 成行，相比於英國留在歐盟情況，英國在 2030 年之前 GDP 可能會減少 3.4% 到 9.5%，並且英國人民生活水準會下降。
Brexit 的對經濟的最直接影響，是對關於英鎊和歐盟的外匯市場的影響。
其他諸如股市，國際經濟，其他國家股市都是由於外匯波動引起。
例如，6 月 13 號，日元爆升，日本股市暴跌，也是由於 Brexit 引起。
由於英國退出歐盟未決，導致英鎊暴跌，各國資金為了避險，紛紛購入日元保值(日元作為可自由兌換貨幣，具有在其他貨幣匯率波動較大時購入避險功能，俗稱避險貨幣)
就在我寫這篇答案的這天(6 月 13 日)，美元對日元暴跌 0.78(截至東京時間晚上 8 點 40)，而日本股市暴跌 3.5%。蓋因市場對英鎊和歐元看空，紛紛買入日元避險。
(一般歐美只要經濟不穩定，世界上的投資客都會大量跑來日本買日元避險)
美元同理，投資客會大量買入美元及其債券避險，正如題目描述中提到導致美元國債收益率降低。
如果作圖說明的話，基本可以如下所示(答主自己畫的……將就看吧……)
至於為什麼影響美國和日本最大。
因為日本和美國是對英國和歐盟直接投資總量第一和第二的國家，日本和美國與歐盟 / 英國的經濟聯絡最緊密，因此美國和日本受到 Brexit 影響最大。
英國退歐會直接影響全世界，不光是美國和日本，同樣也會影響中國，只是影響沒有日本和美國那麼大而已。