p兩者雖然屬於一個層次，但是在學習目標上各有側重點，前者更注重學術的研究，側重加強系統指導，重點鍛鍊學生的思考能力和洞察力，後者偏向職業性，注重提高學生本身的綜合素質，理論和實際相結合，提高行動力。
p相對來說，學碩的難度會高一些。例如學碩需考英語一、和公共課的數學，難度程度相對較大。但是專碩只考英語二，很大程度都降低了考試難度。
p學術碩士可以跟自己的導師進行溝通，免去全國統一考試的途徑，透過導師直接升為博士，專業碩士就沒有這麼好的運氣了，一般不能連讀，需要按照當地的政策選擇讀博士的途徑。
p國家承認的畢業生都能參加學碩的報名，而對於專碩來說，某些專業很特別。例如工商管理、教育管理、旅遊管理等管理類學科有某些需要工作經驗的特殊要求。