南明朝廷自建立起，就基本處於風雨飄搖之際，這不僅僅是因為南明朝廷的建立是偏安一隅，還因為皇帝朱由崧承繼大統時候的爭議性，這一點主要體現在南渡三案中。
南渡三案主要指的是大悲案、假太子案、童妃案。其中大悲案指的是1644年12月突然有個和尚說自己是明朝親王，但是在審訊的時候言語錯亂，一會說是齊王，一會說是吳王，最終證明是個騙子。
但是其他兩件，太子案和童妃案則沒那麼簡單了，對於弘光皇帝來說，這兩件案子涉及到崇禎皇帝朱由檢的兒子和朱由崧自己的老婆是真是假，而且兩者影響十分巨大，甚至會威脅到弘光皇帝剛剛坐上的皇位。假太子案指的是1644年12月鴻臚寺少卿高夢箕的奴僕遇到一位內衣中印有龍紋的少年，自稱時皇太子，並經常在周圍炫耀自己的身份，顯露出自己富貴的出身。後來來來回回反覆經過多人的辨認，到最後甚至讓東宮教官進行當面指認，才確認此人是個騙子。大學士王鐸被指定前去辨認，他在回奏的奏疏中說：“臣一見即吒之曰：‘此假人假事，犁丘之鬼也，太子豈其然乎？’臣同舊禮部尚書北京端敬殿中侍班三年，例當考滿升蔭，為妬者沮之。尚記先帝東宮大目方顙，高聲寬頤，厚背首昂，行步莊，立度肅。今臣立於面前曰：‘汝識我不？’應曰：‘不也。’……臣又問：‘講書在何殿？’曰：‘文華。’豈知其在端敬殿也。”
由這段所謂“太子”與東宮教官的見面描述可知，此時乃假太子，否則他怎麼可能不認識教了自己三年的老師呢？而且也不知道自己當年讀書的地點，更加可以證明其是假冒。後來又有擔任東宮講官的劉正宗、李景廉、舊東宮伴讀太監丘執中前去辨認，也都表示不認識，不過他們表示不認識也有可能是迫於弘光帝的壓力，但是我們不能小看明朝知識分子的骨氣，他們如果認出太子是真的，肯定會拼死維護的，而且“太子”本身並不能認出大臣們，且對讀書之事說不明白，可知其必是假冒無疑。當然從這段記載我們也可以聯想到南宋南渡後的柔福帝姬案，當年柔福帝姬趙多富找到了趙構，對於一切事情都說得十分清楚，甚至連趙構的小名都叫得出來，不過韋太后卻硬說柔福帝姬已死。假太子案似乎就反證了柔福帝姬案的冤枉。
在以上三個案件中，每出現一個案件，當地的官員都是誠惶誠恐，在不能明辨的情況下對案件中人給予優待，而這些人也都藉此作威作福，一度鬧到了南明中央朝廷。能夠出現這麼多假冒的人物並要到中央朝廷中進行辨認，有一點可以說明，那就是朱由崧繼承大統的合法性並沒有得到南明勢力範圍的一致認同。
其實，“太子”和“童妃”不過是被別有用心的人利用，利用兩案的影響來動搖弘光皇帝的根基，而且根據動機和種種跡象分析，這些人就是東林黨的一部分人，他們的目標是推翻弘光皇帝，而立他們想立的潞王。
因為，從萬曆年間的“爭國本”事件起，東林黨就以道統的維護者自居，他們極力阻止萬曆立自己喜歡的皇三子朱常洵（後被封為福王，即弘光皇帝朱由崧的父親），而讓萬曆皇帝長子光宗朱常洛順利被立為太子並登上皇位。自從這次勝利之後，東林黨一直以“正人君子”自居，努力去維護他們所認為的正義。
而在崇禎皇帝上吊殉國以後，朱由檢三子均下落不明，在南京議立新帝時，雖然小福王朱由崧的血統比其他候選人都近，但是東林黨認為老福王是自己過去一直反對的物件，如果讓老福王的後人登上皇位，自己之前的努力豈不是前功盡棄，而且也擔心小福王上臺之後會對東林黨進行報復打擊，所以東林黨人反對立小福王，而是支援立血統遙遠的崇禎皇帝的堂叔潞王朱常淓。
後來小福王憑藉軍閥的支援登上了皇位，這就是弘光皇帝，但是東林黨人對弘光皇帝的繼位並不心悅誠服，反而想盡辦法欲將其拉下馬，“太子案”和“童妃案”的真正目的就是將弘光皇帝趕下臺。
首先，“太子案”中如果不能證明太子是假冒的，那麼弘光皇帝就會陷入兩難的境地，退位則心有不甘，正中了東林黨人的計，不退則被世人所詬病，畢竟太子才是崇禎最名正言順的繼承人。而“童妃案”則更加陰險，是要對弘光帝釜底抽薪，東林黨的目的是用“童妃”的真來反證弘光帝的偽。
復社人士錢秉鐙的好友金堡《徧行堂集》記載道：“予聞弘光偽福邸也。福邸已被難，其妃有弟與一內侍偕走，詐稱福邸。既登極，內侍懼福不敢言。童妃至，偽福邸恐事露，遂致之死。馬士英特欲立福邸翻東林之局，遂使東南半壁拱手以奉之清耳。”
由此可見，東林黨人有著這樣的邏輯，即弘光皇帝是假冒的，所以他不敢見童妃，否則一見面童妃就能指出弘光皇帝是假冒的。而實際上，根據考證，福王朱由崧的真實性不容質疑，因為這不是本文的主旨，就不予展開論述。
“太子案”和“童妃案”看似荒唐，但是實際上暗藏殺機，目的就是要將朱由崧趕下臺，以實現東林黨人自身的政治目的。雖然朱由崧最後昏庸無能，但是這並不能代表東林黨此舉就是正義的，畢竟福王朱由崧是當時南明無可奈何的第一選擇。
一年之中大案頻出，由此可見當時南明朝廷並不具備一個強有力的統治核心，朝中依然是互相傾軋，爾虞我詐，即便是大敵當前，依然沒忘了在內部鬥爭中想方設法搶佔先機。這也就證明，南明雖然看上去還有半壁江山，其實也不過是個色厲內荏的紙老虎。