這次的《寶可夢傳說 阿爾宙斯》故事的發生場景是在神奧地區，而且是過去的深奧地區，在這裡有天冠山以及很壯闊的自然景觀。在這一次的作品中，能夠見到以前的精靈球，這些精靈球是用木頭做的，捕捉寶可夢的時候效果也很有特色。
《寶可夢傳說：阿爾宙斯》神奧地區地圖介紹：
《寶可夢傳說 阿爾宙斯》的冒險舞臺，是過去的神奧地區。
神奧地區是個頗具特色的地方，中央聳立著天冠山，並且擁有廣闊的大自然，同時也是《寶可夢 鑽石/珍珠(ポケットモンスター ダイヤモンドパール)》的冒險舞臺。
而這次的故事則是發生在很久以前的神奧地區，並且當時還沒有寶可夢訓練家和寶可夢聯盟的概念。
在嚴苛的自然環境下，寶可夢以真實自然的狀態在各種各樣的地方生活，但它們會展現出與《寶可夢 鑽石/珍珠》時代的神奧地區有所不同的生態系統。
過去的精靈球會使用很多木材製作，似乎與我們熟知的精靈球構造有些不同，比如在捉住寶可夢時它的上方會噴出蒸汽等等。
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