學碩，學位型別按學科設立，其以學術研究為導向，偏重理論和研究，目的是培養大學教師和科研機構的研究人員。
專碩，其目的是培養具有紮實理論基礎，並適應特定行業或職業實際工作需要的應用型高層次專門人才。就是說專業學位以專業實踐為導向，重視實踐和應用，培養在專業和專門技術上受到正規的、高水平訓練的高層次人才，授予學位的標準要反映該專業領域的特點和對高層次人才在專門技術工作能力和學術能力上的要求。
專碩的培養，原本是要培養能夠去企業工作的高學歷人才。所以在專碩的培養中計劃中，一般要求學生要去公司實習一年，以增強職業技能。但在具體的操作過程中，許多學校都不具有這樣的條件，所以目前專碩和學碩的培養，幾乎是完全一樣的。
但專碩和學碩還是有區別的。從錄取難度來看。學碩的名額少，專碩的名額多，也就是說相比於學碩而言，專碩要更好考一些。再者就是畢業的去向，在有博士點的高校，學碩是可以直接申請碩轉博的，而專碩要念博士的話，也需要另外參加考試。但這一項也沒有被嚴格的執行，在有的學校專碩也可以轉博的。
學碩和專碩兩個之間的比較不能夠用含金量高低來完全地統一評判，只能說他們培訓人才的側重點不一樣。學術碩士側重培養學生的學術能力，而且一般學習時長是三年，但是一般第3年的時候就開始找實習找工作和寫畢業論文，所以真實有效的時間只是兩年。
如果是專業碩士，他們培養人才的目標側重於培養學生學術的運用能力和找工作密切相關。是由於學習時間一般只有兩年，通常最後一年同上，所以真正有效的學習時間基本上只有一年甚至一年不到。
學碩和專碩沒有誰高誰低，更沒有誰的含金量更高一點，它們只是培養目標不同而已。大家都知道，學碩主要側重於基礎理論的學習，重點培養未來的科研人員和創新人員；而專碩則以實際應用為導向，重點培養解決實際工程技術問題，培養工程技術人員為目標的。不過，到目前為止，國內的大部分院校，專碩和學碩都是相同模式培養，區別不大。