雖然明代是宦官專權極為嚴重的一個朝代，但《明史·宦官傳》的纂修者認為明代宦官中也有“賢者”，並列舉三人，其中之一，便是懷恩。
關於懷恩的姓氏、籍貫，史書中有兩種說法。《明史》中說他本姓戴，山東高密人，兵部侍郎戴綸的族弟。他的父親叫戴希文，任太僕寺正卿。宣德年間，戴綸以心懷不滿罪被謫死抄家，戴希文等也因此而遭株連被殺，因懷恩年幼，被列入籍沒為奴的名單，因而被淨身，送入宮內，當了小內侍。懷恩這個名字是入宮後給起的，之所以叫懷恩就是要他終生念念不忘朝廷的大恩大德。而在《獻徵錄》裡則說他本姓馬，是蘇州府人。宣德時入宮，賜姓懷，成為小內侍。至於真正姓什麼，我們攢錢不論。
懷恩幼年入宮，他聰明好學，在內書堂用心讀書習字，學習文化，辦事勤快，不論幹什麼，都非常謹慎小心，經過了二十多年的磨練，逐漸取得了朝廷的信賴。明憲宗即位後，懷恩被任命為司禮監掌印太監。司禮監是宦官衙門中最有實權的一個衙門，在這一時期，宦官汪直控制西廠，梁芳、韋興等無恥之徒，竭力巴結汪直。但是，他們的經歷、年資，都比不上懷恩。再加上懷恩一身正氣，性情耿直，具有一定的文化素養，熟悉朝中典章制度，所以在內侍中頗有一些威望，也為朝中大臣所敬重。
明憲宗朱見深即位時，明朝可謂是多事之秋。層出不窮的內憂外患，擺在這個新天子面前。而這位新天子既無勵精圖治的謀略又無決心。正是在這種形勢下，憲宗身邊的太監往往成為出頭露面的人物，參與軍國政事的議決。
成化三年（1467年），憲宗命戶部尚書馬昂、副都御史林聰與給事中潘禮、陳越負責清理京營文案。但因京營的將官與朝中文武大臣多有聯絡，要對京營弊端進行清查，不是一件容易的事。禮部尚書陳文為了使這次清理取得應有的效果，他提出必須派內臣參與清理，方能保證清查的順利進行。他還推薦讓太監懷恩參與。憲宗採納了這一建議，命懷恩與馬昂等前去清理。在清查過程中，他秉公論斷，不屈服於權貴與邪惡勢力，從而使清查取得了成效。
如何對待建州女真，關係到東北地區的安危。遼東巡撫右副都御史陳鉞貪殘而狡詐。成化十四年三月，他無端殺死建州三衛的友好使者，報功求償，激起變亂。訊息傳至京師，眾議紛紜。無時無刻不在窺測方向，以求一逞的宦官汪直，認為這是大顯身手的好時機，想親赴遼東處理此事。憲宗雖然信賴汪直，可也覺得東北地區情況複雜，不可輕率，於是命懷恩等七人赴內部會同兵部商議如何妥善處理。懷恩與朝中大臣都深知汪直的為人，認為派汪直前去處理，他必然以欽差大員自居，濫施淫威，擴大事態，不僅不能迅速平息變亂，反而會嚴懲陳鉞，導致各邊巡撫、總兵官的不安。為此，他提出選派得力大臣前去處理。這一建議，得到閣臣與兵部官員們的讚許。他馬上奏明憲宗，遂命兵部右侍郎馬文升與通事都指揮詹升等人前往遼東。馬文升一行急速到達遼東，與遼東鎮守、總兵官一起，分析情況，研究解決問題的具體做法，邀請建州三衛的頭目進行談判，向他們申明朝廷對東北各族的撫慰政策，講清和戰的利害，從而迅速地平息了變亂，受到東北民眾和朝中上下的稱讚。
造謠誹謗，排斥正人，捏造罪名，陷害忠良，是古往今來那些奸佞之徒慣用的卑劣伎倆。他們那種陰暗的卑劣無恥的企圖，決定了他們不敢堂堂正正的行動，必然要採取陰謀手段。這樣，就使許多有膽有識的正直之士，往往蒙受不白之冤，遭到殘酷打擊、野蠻迫害，甚至被抄家滅族。
懷恩身在宮中，親眼看到官場上一幕幕令人觸目驚心的鬥爭，對於搞陰謀詭計的宦官奸佞之徒深惡痛絕，對於無辜遭到排斥、打擊的正直之士深表同情。他從維護朝廷的威嚴出發，極力為蒙受冤屈的正直之士申辯。
宦官阿九為憲宗皇帝所信賴。他的哥哥任京衛經歷。因犯罪受到職方郎中劉大夏的笞打責罰。對此，阿九懷恨在心，遂無中生有，向憲宗誣告劉大夏。憲宗不分青紅皂白，下令將劉大夏逮捕，關進詔獄，又傳令東廠進行偵緝、搜查，結果一無所得。懷恩查知其事之原委，得知劉大夏實屬冤屈，於是全力營救，為劉大夏申辯。經過東廠的偵緝、搜查，也未找到劉大夏的任何罪證，於是憲宗決定對劉大夏杖責二十而後釋放。
懷恩對於憲宗可謂一片赤誠，效盡犬馬之力。可是，到頭來仍不能免遭憲宗的斥逐。
這是因為萬貴妃的讒言所致。萬貴妃是一個不尋常的女子。她比憲宗大十九歲。但她卻能使憲宗對她寵愛如一，成為始終最受寵的宮妃。為了不使自己失寵，她把眼睛釘在其他宮妃身上，生怕別的宮妃懷孕、生子。儘管她機關算盡，可是終究也不能禁絕。成化七年，柏賢妃生子朱祐極並被冊立為皇太子，沒多久就被她害死。成化十一年，紀氏所生的朱祐樘立為皇太子。對此，萬貴妃恨在心頭。她與梁芳等合謀，多次勸說憲宗廢掉朱祐樘，另立邵賢妃生子朱祐杭為太子。憲宗寵愛萬貴妃，自然應允，但是國有國法，朝有朝章。朝臣們見萬貴妃居心叵測，想改易太子，都非常氣憤，堅決抵制。這時，萬妃和憲宗也清楚地看到在改易太子問題上，懷恩是一個舉足輕重的人物。如果懷恩同意，便可以透過他的地位與影響去做工作，成功的希望還是有的。反之，如果懷恩堅決反對，那就難度更大，可以說毫無希望。
這天，憲宗召懷恩入見。談話之間，憲宗順便說到改易太子一事，懷恩自然也非常明白聖上的用心。他不由分說，當即脫帽叩頭勸憲宗不能改立太子。說罷，伏在地上，痛哭流涕。憲宗見到這般情景，只好作罷。萬貴妃聞知，為了解下這心頭之恨，她唆使憲宗降旨斥逐懷恩，讓他到鳳陽守陵司香。
兩年之後，憲宗賓天。皇太子朱祐樘奉詔嗣位登基，是為孝宗。孝宗在為太子時，對於懷恩的所作所為及其遭貶都知道的一清二楚。他即位之後，決心修明政治，革除積弊，廣開言路，起用正人。文武百官紛紛為他獻計獻策。恰在這時，一個叫姜洪的御史上疏力薦懷恩，再加上孝宗也知其冤枉，於是降旨召懷恩回京，官復原職，仍掌司禮監事。
沒有多久，這位在宮中勤奮供職終生的老太監，終因積勞成疾長辭人世。為了表彰他的功德，孝宗於弘治元年（1488年）閏正月二十八日，特意批准為他建造顯忠祠。