在烏臺詩案中，由於朝中很多大臣對蘇軾評價很高，他們佩服蘇軾的文采和正直敢言的膽識人品，並不想公開陷害蘇軾，因此誰都不願意去逮捕蘇軾，這讓李定等人異常尷尬。
最後，李定一派的太常博士皇甫遵自告奮勇去拘捕蘇軾。他在離京之時請示神宗，可否將蘇軾在路途投宿時關進監獄。神宗皇帝皺著眉擺手說，只不過是想核實下他的一些詩文而已，不至於此，帶回京城即可。
皇甫遵領旨後，立即帶著自己的兒子和兩個公差離開京城，日夜兼程，趕往湖州捉拿蘇軾。
駙馬都尉王詵是蘇軾的好友。得知這一訊息，王詵很著急，立刻派人去通知蘇轍，讓他火速告知蘇軾，好早作應對。蘇轍當時在南京（今河南省商丘市）任暮官，接到王詵的通知後，大吃一驚，急忙派了一名信差，快馬加鞭去報告蘇軾。
△《次韻秦太虛見戲耳聾詩帖》·宋·蘇軾
這簡直成了一場速度的較量。
本來蘇轍所派出的信差比皇甫遵一行人起身晚，加上皇甫遵一行速度非常快，正常情況下信差是趕不過他們的，但也許是天意，皇甫遵趕到潤州（今江蘇省鎮江市）時，兒子生了病，需要找大夫診治，因此耽誤了半天。所以蘇轍的信差才搶先一步，提前到了湖州。
蘇軾剛到湖州任上不久，也很喜歡這裡，準備在這裡做出一番事業，卻突然天降災難，讓蘇軾不知如何應對。他不清楚自己犯了什麼罪，也不清楚朝廷到底要怎麼處罰自己。從報信人所說情形來看，這次欽差來頭不小，而且氣勢洶洶，估計情況相當嚴重。因此蘇軾便委託自己的助手湖州通判祖無頗代理州事，自己來應對皇甫遵。
皇甫遵一行人到達湖州官衙後，直奔公堂。皇甫遵穿著朝服、朝靴，手拿笏板，旁若無人地站在大堂之上兩個差人待立在他兩旁，都身穿白衣，頭戴青巾，面目猙獰，來勢洶洶。湖州衙裡的人都慌作一團，不知道發生了什麼大事。
蘇軾看到這陣仗，就和祖無頗商量，自己還是不出去迎接為好。祖無頗勸慰他說，既然人都已經來了，不論是什麼事情，還是面對為好。如果逃避不見，豈不是罪上加罪？
蘇軾一聽，覺得有道理，下了決心出去迎接。但他擔心自己是罪人之身，不宜再穿朝服出去。祖無頗則認為，在朝廷還沒有明確定罪之前，蘇軾還是一州的太守，自然有資格穿著朝服迎接了。
△宋仁宗後曹氏（1016 — 1079 年）坐像
於是蘇軾穿著朝服、朝靴，手持笏板，到大堂上迎接。祖無頗和其他下屬也都依次排列在蘇軾身後。皇甫遵則臉色陰沉，兩個差人手持御史臺的公文，緊握著一個包裹，裡面似乎藏有刀劍。雙方誰也不說話，僵持了好一會兒。
蘇軾首先發聲，對皇甫遵等人說：「既然我多次得罪朝廷，此次我定然死罪難免了。我蘇軾不怕死，但請允許我同家人做最後的告別。」
皇甫遵這才面無表情地從牙縫裡擠出幾個字：「不至於此。」
祖無頗這才感覺，可能情況沒有預想的那麼嚴重。因此嘗試著向皇甫遵要御史臺的公文。皇甫遵厲聲斥：「你是何人？膽敢看公文？」祖無頗平靜對答道：「我乃湖州通判，現在代理州事。」皇甫遵這才命人將公文遞給祖無頗。
祖無頗展開公文一看，原來只是普通的拘捕文書並沒有具體說什麼罪責。於是，大家提到嗓子眼的心才放了下來，稍微鬆了口氣。
皇甫遵命令蘇軾立即啟程赴京，蘇軾請求同家人告別，被勉強應允。長子蘇邁陪同蘇軾進京，以便路上有個照應。剛一走出湖州衙門，皇甫遵就下令差人用繩子將蘇軾捆了起來，押入囚車。「頃刻之間，拉一太守，如驅犬雞。」堂堂的太守，轉瞬之間便成了囚車中的罪犯。
△《煙江疊嶂圖卷》· 宋 · 王詵
艱難的獄中生活
蘇軾被拘捕進京後，御史臺又派人抄了蘇軾的家，搜查蘇軾所寫的詩文。家中婦孺慌作一團，看到如狼似虎的差人，都嚇得戰戰兢兢，不知如何應對。待差人走後，王夫人氣憤地說：「寫了一輩子的詩文，卻招來這麼大的災禍，留著這些有什麼用？」一氣之下，將蘇軾所殘存的詩文稿件付之一炬。
在被押解赴京的途中，蘇軾心情也非常抑鬱，甚至一度萌生了自殺的念頭。一天晚上，他們乘坐的船隻因故障被迫停留在太湖蘆香亭。夜色漸濃，蘇軾卻輾轉反側，無心入睡。
他遙望著夜空和夜色裡的湖水，悲觀於凶多吉少的前方命運，被拘捕進京後，必然遭受審訊，而且難免還會累及他人，與其這樣受辱，不如一死了之，反而落得乾淨。
想到傷心處，蘇軾起身，欲投湖求死，不過我們門都知道蘇軾並沒有因此真尋了短見，原因為何？是自我掙扎後歸於平靜的處世之法，還是達觀和寬仁的天性讓他不忍自己一了百了卻置兄弟親人於危難之境？求死固然容易，但蘇軾選擇的，是一條更為艱難的路，即勇於面對命運的未知。
△《東坡赤壁圖》宋 · 王詵
八月十八日，蘇軾被押解到京城，立即被投人御史臺的大牢中。二十日正式開始接受審訊。
按照李定、何正臣等人的本意，不但要藉機將蘇軾置於死地，而且要順藤摸瓜，挖出一個反對新法的集團來，好將這些人一網打盡。
蘇軾在被審訊時，為了不連累其他人，僅僅承認自己的詩文，與他人並無瓜葛。但是他同很多大臣、朋友往來的信件、詩文都已經被查抄出來，當朝駙馬王詵、弟弟蘇轍都被停職，張方平、司馬光等人各被罰銅二十斤，牽連人數眾多。
蘇軾被投入大獄，有的大臣怕受牽連，避之不及。但弟弟蘇轍冒死上書皇帝，力陳蘇軾並無譏刺朝廷之意，希望以對自己的責罰來減免蘇軾的罪責。前輩名臣張方平更是直言進諫，派自己的兒子進京遞交奏疏，宰相吳充也積極上書營救，勸神宗皇帝寬恕蘇軾，甚至連「變法派」中的章惇也力主釋放蘇軾。
王安石此時已經罷相，退居金陵。雖然蘇軾反對過他的變法，但他聽說蘇軾被拘捕後，也急著上書神宗皇帝說：「豈有盛世而殺才士者？」這使得神宗皇帝受到了很大觸動。王安石的弟弟王安禮也對神宗說，自古大度之君不以言罪人，如果對蘇軾施以極刑，恐怕後世會說陛下不能容納賢才。
△仿趙伯驌《後赤壁圖》·明·文徵明
當時，仁宗皇帝的皇后曹太后正在病中。神宗皇帝孝順，在探望祖母時，談起蘇軾之事。曹太后說：「當年仁宗在世時，就對蘇軾、蘇轍兄弟二人讚賞有加，說為後世子孫謀得了兩位宰相，何以現在要受如此責罰？」
在獄中的蘇軾，也做了最壞的打算。他覺得自己必死無疑，於是寫了兩首絕命詩託獄卒轉給弟弟蘇轍。
這兩首詩也被送到了神宗皇帝手裡，神宗看了開篇兩句，感嘆道：「蘇軾還是掛念朕的。」於是下詔釋放了蘇軾，將他貶為黃州（今湖北省黃岡市）團練副使。
蘇軾從八月十八日被捕入獄，十二月二十八日出獄，共被關押了一百三十天。
007特集 《幸會！蘇東坡》